Случаи и порядок его отставки установлены Конституцией РФ (ст.117). Правительство РФ само может подать в отставку; решение о его отставке может принять Президент РФ; недоверие ему может быть выражено Государственной Думой, которая выносит по этому вопросу постановление, принимаемое большинством голосов от общего числа депутатов Государственной Думы; вопрос о доверии Правительству РФ может быть поставлен перед государственной думой его Председателем. При отказе в доверии Президент может принять решение об отставке Правительства РФ.

Основания для отставки Правительства в Конституции РФ не обозначены.

В случае отставки или сложения полномочий Правительство РФ по поручению Президента РФ продолжает действовать до сформирования нового Правительства РФ.

В обеспечении моральных условий повседневного функционирования Правительства РФ важная роль принадлежит его аппарату. Своеобразие аппарата в том, что он не является структурным подразделением Правительства РФ. Согласно положению об Аппарате Правительства РФ, утверждённому постановлением Правительства РФ от 1 июня 2004г. №260, это государственный орган, образованный для обеспечения деятельности Правительства РФ и организации контроля за выполнением органами исполнительной власти принимаемых им решений. Значимость аппарата подчеркивается тем, что он работает под руководством Председателя Правительства РФ, возглавляется руководителем в ранге федерального министра, назначаемым, следовательно, Президентом РФ. Руководитель обладает правовым статусом члена Правительства РФ.

В соответствии со своим назначением Аппарат выполняет различные функции, открытый перечень которых дан в Положении об Аппарате. Так, Аппарат контролирует соблюдение требований Регламента Правительства при внесении в Правительство проектов федеральных законов, указав и распоряжений Президента РФ, постановлений и распоряжений Правительства РФ, международных договоров РФ и других документов, требующих рассмотрения в Правительстве; подготавливает экспертные заключения на поступившие в Правительство проекты актов и других документов, по которым требуется решение Правительства; организует контроль за выполнением органами исполнительной власти решений Правительства; осуществляет организационное обеспечение заседаний Правительства и его Президиума; обеспечивает взаимодействие Правительства с палатами Федерального Собрания при осуществлении законопроектной деятельности и организует участие представителей Правительства в деятельности палат Федерального собрания; обеспечивает представление интересов Правительства в Конституционном Суде РФ, Верховном Суде РФ, Высшем Арбитражном Суде РФ, а так же организует представление интересов Правительства в судах федеральными министерствами, федеральными службами, федеральными агентствами и д.р.

На осуществление функций и полномочий Аппарата ориентирована его структура. Она включает: а) руководство о составе Руководителя Аппарата и его заместителей, б) подразделения Аппарата, в том числе департаменты, секретариаты Председателя Правительства, его заместителя и Руководителя Аппарата. В составе департаментов создаются отделы.

Структура Аппарата, его подразделений устанавливается Правительством РФ. Председатель Правительства РФ имеет помощников.

В Аппарат входят: а) сотрудники, являющиеся федеральными государственными служащими; они наделяются правами, обязанностями и несут ответственность в соответствии с нормативными правовыми актами о федеральной государственной службе и Положением об Аппарате, б) работники, не являющиеся федеральными государственными служащими; они выполняют обязанности по замещаемой должности и несут ответственность в соответствии с законодательством РФ о труде на общих основаниях.

Работа Аппарата организуется в соответствии с Регламентом Правительства, Положением об Аппарате, Инструкцией по делопроизводству в Аппарате, а также приказами и поручениями Руководителя Аппарата.

Аппарат не вправе издавать правовые акты в адрес федеральных органов исполнительной власти и других организаций, подведомственных Правительству. Его сотрудничество с ними основано на конкретных предписаниях правовых норм, предусмотренных правовыми актами (например, Регламентом Правительства РФ) исполнении конкретных поручений Председателя Правительства и гарантируется статусом Правительства, в том числе и властью его авторитета. Немаловажно также то, что Руководитель Аппарата является членом Правительства.

До 2004 г., т.е. начала административной реформы в системе федеральных органов исполнительной власти, в правовом положении данных органов мелось как общее, так и специфическое, характерное для их видов либо конкретных органов. Многие принципиальные вопросы реформой решены иначе, а часть из прошлого в порядке концептуального правопреемства воспринята и воплощена в обновленную организационно-правовую систему исполнительной власти.

Среди наиболее важных общих черт правового положения федеральных органов исполнительной власти, которое они имели до реформы, выделяются следующие:

а) эти органы представляли собой в организационно-правовом отношении самостоятельные, обособленные звенья, неподведомственные другим федеральным органам исполнительной власти. В этом смысле по своему правовому положению они были федеральными органами исполнительной власти одного и того же правового уровня. Различие между ними проявлялось лишь в зависимости от того, осуществлялось ли непосредственное руководство ими Президентом РФ или Правительством РФ. Только в последние годы имели место случаи, когда вопреки ФКЗ о Правительстве РФ отдельные федеральные органы исполнительной власти были соподчинены федеральным министерствам (Государственный комитет РФ по финансовому мониторингу – Минфину России; Госкомоборонзаказ действовал при Минобороны России);

б) на Правительство РФ были возложены координация и контроль подведомственных ему федеральных органов исполнительной власти. Отдельные их блоки непосредственно курировали заместители Председателя Правительства РФ;

в) в своей деятельности они руководствовались Конституцией РФ, федеральными законами, правовыми актами Президента РФ и Правительства РФ. Правовые акты других федеральных органов исполнительной власти были для них обязательными постольку, поскольку они имели межведомственный характер и принимались по определенным вопросам, подведомственным соответствующим органам;

г) они ведали комплексом или отдельными функциями, которые формировались по отраслевому принципу либо специализированным видам (направлениям) деятельности;

д) в их руках одновременно концентрировались функции по нормативно-правовому регулированию, правоприменительной деятельности, контролю и надзору в объеме, соответствующим содержанию деятельности данного органа, характеру его компетенции;

е) совпадали основные правовые формы их деятельности. Ими являлись приказы, инструкции, распоряжения. Некоторым органам было предоставлено право принимать постановления, правила и др. Но различия в формах вовсе не выражали их особой разновидности.

Наряду с общими правовой статус федеральных органов исполнительной власти включал специфические черты. Формально они были закреплены применительно к их организационно-правовым формам в Указе Президента РФ от 14 августа 1996 г. «О системе федеральных органов исполнительной власти». Различия имелись в характере их деятельности:

а) министерство РФ являлось федеральным органом исполнительной власти, призванным осуществлять различные по своему характеру виды деятельности; проводить государственную политику в установленной сфере; осуществлять управление в соответствующей области; координировать здесь деятельность иных федеральных органов исполнительной власти, но только в случаях, устанавливаемых федеральными законами, указами Президента РФ и постановлениями Правительства РФ.

Юридические особенности функций и полномочий федеральных министерств определялись, во-первых, прежде всего тем, было ли министерство органом отраслевого или межотраслевого управления либо выполняющим специальные задачи, во-вторых, спецификой порученных ему сфер, отраслей или задач. Министерства межотраслевой компетенции осуществляли преимущественно функции координации и регулирования, а также решали конкретные вопросы в порядке реализации данных функций. Некоторые из них осуществляли также функции в отношении подведомственных им отраслей, например, Министерство экономики и торговли. Отдельные министерства ведали комплексом отраслей, выполняли при этом по отношению к ним общие функции в сочетании с отраслевыми, например, Министерство транспорта. Министерства РФ, созданные для выполнения специальных задач, осуществляли соответствующие им специализированные функции, не имевшие отраслевого или межотраслевого профиля, например, Министерство налогов и сборов. )