Название этого селения, находившегося на месте нынешнего Кронштадтского бульвара и Смольной улицы, происходит, по мнению некоторых исследователей, от прозвища боярина И.В Ховрина-Головы.
В Смутное время Головино превратилось в пустошь. В 1614 г. она была в поместье "за Гаврилом Васильевым сыном Хлоповым". Захудалый дворянский род Хлоповых едва не возвысился в годы царствования первого Романова - Михаила Федоровича, который выбрал себе в жены Марию Хлопову. Но интриги Салтыковых, родственников со стороны матери молодого царя, расстроили свадьбу; невесту сослали в Сибирь, и опала легла на весь хлоповский род. Лишь спустя много лет Хлоповы оправились от этого удара.
В 1635 г. Г. Хлопов покупает часть земли, приписанной к Головину, а через два года выкупает и все поместье. Головинскую вотчину он передает своему сыну Ивану Несправе, но тот владеет ею недолго и "во 147 (1639) год та Иванова вотчина Хлопова справлена за детьми ево за Дмитрием, за Иваном да за Василием Хлоповым". В 1683 г. Головине отмечается как деревня, а в писцовых книгах Московского уезда 1685 и 1686 гг. пишется сельцом. Небольшое, в несколько дворов, сельцо делится многократно среди Хлоповых, пока один из них - Иван Иванович - не продает доставшуюся ему часть сельца в 1737 г. советнику Семену Молчанову.
В 1750 г. камергер Алексей Андреевич Хитрово покупает часть Головина у одного из владельцев, Николая Хлопова, а через три года еще одну часть - у Молчанова. Таким образом, ко времени Генерального межевания сельцо Головино находится в руках у двух хозяев: большая часть принадлежит А.А. Хитрово, который владеет 113 десятинами 377 саженями земли с 4 дворами и 19 крестьянами, и меньшая - Федосье Александровне Хлоповой, имевшей 41 десятину 1 868 саженей земли и 12 дворовых (крестьян у нее не было). Стояли в сельце два господских дома, окруженных садами. Сельцо располагалось на суходоле, "земля иловатая, хлеб и покосы средственные".
Головино на протяжении XVIII столетия очень часто меняло владельцев. Сын А. Хитрово, полковник Николай Алексеевич продал имение Г. И. Бестужеву, от которого оно перешло к бригадиру Алексею Ивановичу Голохвастову. А в 1788 г. надворный советник И.П. Перелывкин продал сельцо за 2 000 рублей лейтенанту Михаилу Родионовичу Хлебникову, семья которого владела сельцом довольно продолжительное время. Жили Хлебниковы на Маросейке. Здесь Михаил Родионович скупил несколько владений и в 1782 г. выстроил трехэтажный дом по проекту, как утверждают, В. И. Баженова. А в 1793 г. продал этот дом за 120 000 рублей серебром своему шефу - генерал-
фельдмаршалу графу П.А. Румянцеву-Задунайскому, у которого служил секретарем. Сейчас здесь (Маросейка, 17) размещается посольство Белоруссии. На рубеже веков хозяином сельца становится майор Иван Михайлович Хлебников. Экономические примечания отметили в это время "сад регулярной с ран-жерею копаной". По 7-й ревизии (1816) сельцом владеют "подполковница Агапия Филипповна и сын ея майор Петр Михайлович Хлебников". Сельцо увеличилось незначительно - 11 дворов с 72 крестьянами и 16 дворовых.
В 1850 г. Головином владеет полковник Михаил Михайлович Обольянинов. Сельцо словно остановилось в своем развитии - те же 11 крестьянских дворов, а число душ даже уменьшилось до 60 крестьян и 7 дворовых. Часть крепостных помещик перевел в другое свое имение, в Калужскую губернию.
Ко времени перехода усадьбы в руки Головиных она выглядела типично помещичьей. Главный дом - одноэтажный с парадного фасада и двухэтажный со двора. С домом соединялся крытой террасой длинный деревянный флигель, предназначенный для торжеств и балов. На парадный фасад выходили огромные окна, протянулась во всю его длину терраса, которая служила танцевальным залом. В старинном парке с широкими липовыми аллеями находился маленький пруд, а за ним была небольшая роща.
При входе в парк, справа, была построена небольшая оранжерея. Она особенно славилась своими персиковыми деревьями, подобных которым не было даже в Царскосельских дворцовых оранжереях. Придворный садовник Хейдерн был специально командирован в Головине за ними. Этот чудный сорт совершенно зеленых, крупных персиков "Венус" отличался особенным вкусом и ароматом.
Садовник Гаврила, живший с семьей при оранжерее, всегда имел наготове ярко вычищенный самовар к услугам окрестных дачников, прибывавших целыми семьями в Головинский парке корзинами, запасами всякой снеди, чтобы расположиться на лужайке под тенью вековых деревьев и пить чай.
Очень религиозная, склонная к мистицизму, В. И. Головина совершала паломничества в Троице-Сергиеву лавру, Оптину пустынь, вела активную переписку с видными деятелями церкви. В подвале ее московского дома (Б. Успенский пер., 10) она устроила приют для странников и богомольцев.
С 1869 г. в усадьбе поселился крестьянин Рязанской губернии И. И. Гулин. Отвергнув мирскую жизнь, он тайно был пострижен в монахи под именем Михаила, а затем и в схимонахи под именем Николая. С разрешения Головиной ему поставили небольшую хижину в глубине рощи.
По просьбе Николая владелица приняла двух девиц, его духовных сестер, крестьянок М.М. Стрельникову и Е.Я. Муравьеву, посвятивших свою жизнь Богу. Вскоре к ним присоединилась еще одна девица - Е.К. Репина. Они привезли с собой икону Казанской Божией Матери, написанную академиком византийской живописи В.В. Васильевым (1828-1898). В честь этой иконы получил название и сам монастырь.
В 1872 г. в усадьбе поставили двухэтажный терем, в верхнем этаже которого устроили домовую Спасскую церковь, а нижний был занят кельями, где жили послушницы. В этом же году Гулин, совершая паломничество в Оптину пустынь, скончался. Девицы, похоронив учителя, вернулись в Головине.
Однажды в доме Головиной встретились иеродьякон Данилова монастыря Серафим, юродствовавший во Христе, пользовавшийся большим уважением среди московского купечества, и купец Н.И. Сидоров. Результатом их общения стала покупка Сидоровым 8 десятин земли, на которой он устроил дом-богадельню на 20 человек.
В.И. Головина умерла в 1880 г.; ее дочь С.Н. Слепцова, выйдя замуж, была представлена ко двору; ее мало интересовала головинская община; В мае 1881 г. еще 75,5 десятин земли с лесом и постройками перешли к Сидорову.
Купец обратился с просьбой к Московскому митрополиту Макарию учредить в сельце Казанскую женскую общину. В прошении он указывал, что жертвует свое имение в пользу общины. Вскоре Синод вынес решение об учреждении общины.
В следующем году за очень короткий срок возвели деревянную на каменном фундаменте церковь Казанской иконы Божией Матери. Сидоров на свои деньги снабдил церковь всем необходимым для богослужения. 19 октября 1882 г. церковь была освящена Московским митрополитом Иоанни-кием. Начальницей общины выбрали одну из первых насель-ниц - М.М. Стрельникову, позже она стала и первой настоятельницей под именем Магдалины. Муравьеву посвятили в казначеи, а Репину-в благочинные. В 1885 г. именным указом Александра III за общиной была закреплена подаренная земля; 7 марта 1886 г. Синод постановил переименовать общину в Казанский Головинский общежительный монастырь со штатом из 15 монашествующих и стольких же послушниц. Этот год и считается годом основания монастыря.
Каменный соборный храм Живоначальной Троицы с двумя приделами - Марии Магдалины и Черниговской Божией Матери - построил в 1887 г. вологодский купец М.Н. Киселев в память умершей жены, и он же на свои деньги снабдил его всем необходимым. Своды и стены храма расписаны за счет рогачевского крестьянина П. В. Корнева. В монастыре построили двухэтажное здание, нижний этаж которого заняла больница, а верхний - богадельня. В этом же корпусе находилась церковь св. Акилины, построенная на деньги Воскресенской купчихи Акилины Смирновой, принявшей тайный постриг под именем Рафаилы. На средства благотворителей возвели еще два корпуса: для настоятельницы и для братии с трапезной и пекарней. В 1901 г. здесь появилась школа. Обитель постоянно росла и благоустраивалась; перед первой мировой войной в монастырских стенах жили 150 монахинь и послушниц. Деревянные постройки сменились каменными строениями, была возведена каменная ограда. Монастырь сдавал в аренду свою землю под застройку дач. Всего монастырю принадлежало 63 с лишним десятины земли и 75 десятин дровяного леса в соседней Ростокинской волости. )