Командованием и военной прокуратурой практикуются заранее запланированные совместные выезды в отстающие по состоянию воинской дисциплины части. В этом случае каждая из взаимодействующих сторон выполняет комплекс мероприятий, относящихся к ее компетенции, чем достигается всестороннее воздействие на причины и условия, порождающие правонарушения[41], на сознание военнослужащих, склонных к нарушениями воинской дисциплины. Работники военной прокуратуры при этом проводят прокурорские проверки, ознакомление с состоянием сохранности, учета и расходования имущества, соблюдением в подразделениях требований воинских уставов, распорядка дня, снабжения положенным довольствием, условиями быта и отдыха военнослужащих, их медицинскими обслуживанием; уделяют внимание осуществлению борьбы с недоброкачественными поставками продовольствия, материалов, медикаментов в войска и осуществляют другую профилактическую работу.

В ходе этой работы военные прокуроры знакомятся с состоянием дисциплинарной практики военных комендатур и других воинских частей, проверяют законность содержания арестованных на гауптвахтах, проводят при необходимости другие мероприятия . На выявленные нарушения законности военный прокурор реагирует присущими ему правовыми средствами и при возможности через представителей командования, входящих в состав комиссии, осуществляет меры по устранению причин и условий, способствующих правонарушениям.

Работа военных прокуроров по укреплению законности и правопорядка и борьбе с преступностью осуществляется в тесном взаимодействии с соответствующими военными судами.

Наиболее распространенные формы этого взаимодействия:

- совместное участие в профилактической работе в связи с конкретным делом (организация открытого судебного процесса в расположении войсковой части в присутствии личного состава, устранение причин и условий, способствовавших преступлению, разъяснение приговора, правовая пропаганда и др.);

- совместное изучение прокурорской и судебной практики, разрешение дел и назначения наказаний;

- участие совместно с командованием в выездах в части, отстающие по состоянию дисциплины;

- совместная или согласованная подготовка материалов по правовой пропаганде, участие в ее проведении.

Военный прокурор должен поддерживать деловые связи и с другими правоохранительными органами. Важное значение имеют, например, взаимный обмен информацией с соответствующими органами прокуратуры и милиции по вопросам борьбы с преступностью, согласование мер для раскрытия преступлений и розыска преступников. Примером такого взаимодействия может служить деятельность военной прокуратуры Пограничных войск Российской Федерации. Всего в 1995 году на основе информации, представленной органами ФСБ, возбуждено 118 уголовных дел на 137 военнослужащих и гражданских лиц; в группе погранвойск в Республике Таджикистан , в результате тесного взаимодействия с органами военной контрразведки привлечено к уголовной ответственности и осуждено 34 военнослужащих; в 17 случаях сотрудники отделов ФСБ принимали участие в мероприятиях по возбужденным уголовным делам и выполняли поручения военных прокуроров о проведении оперативно - розыскных мероприятий в отношении лиц, проходивших по материалам дел.[42]

Правильная координация усилий вышеуказанных органов и военной прокуратуры позволяет не только раскрывать уже совершенные преступления, но и предотвращать преступления и тяжкие последствия путем совместного проведения проверок и выявления грубых нарушений закона При этом работа военной прокуратуры и отделов ФСБ не дублируется и не подменяет друг друга. Используя свои специфические формы и методы работы, сотрудники органов ФСБ оперативным путем получают сведения о нарушениях закона, информируя о них работников прокуратуры, помогают объективно закреплять их.

В частности, по информации 8 отдела Управления военной контрразведки ФСБ России военной прокуратурой Федеральной пограничной службы совместно с оперативными сотрудниками ФСБ в декабре 1994 - январе 1995 г. проведены проверки исполнения должностными лицами Тихоокеанского пограничного округа, Дальневосточного пограничного округа и центрального аппарата Федеральной пограничной службы России уставных обязанностей по обеспечению боевой готовности техники и вооружения, обучению личного состава. Выявлены многочисленные нарушения, повлекшие направление из этих пограничных округов в составе мотоманевренных групп в район боевых действий в Чечне неисправной боевой техники и необученного личного состава. Только в связи с принятыми Директором Федеральной пограничной службы России по информации 8 отдела Управления Военной контрразведки ФСБ России и представлению военного прокурора Федеральной пограничной службы мерами по замене и ремонту боевой техники, доучиванию личного состава удалось избежать тяжких последствий в войсках.

Военной прокуратурой Тихоокеанского пограничного округа и отделом ФСБ по этому округу в связи с имеющими сигналами в сентябре-октябре 1995 г. проведена проверка исполнения законодательства о сохранности оружия и боеприпасов. Выявлены многочисленные нарушения, которые могли привести к их хищению: комнаты для хранения оружия и склады РАВ были оборудованы с серьезными нарушениями, периодические проверки наличия оружия начальниками пограничных застав, начальниками службы РАВ отрядов и начальниками отрядов не проводились, учет оружия и боеприпасов в ряде частей не соответствовал действительности, допускались факты безучетной выдачи оружия, передачи его гражданским лицам для охоты и др. По представлению военного прокурора и информации начальника отдела ФСБ командующим войсками Тихоокеанского пограничного округа приняты меры к устранению этих нарушений.[43]

Вместе с тем есть и примеры неудач, причина которых заключалась в разобщенности и несогласованности действий военной прокуратуры и оперативных работников вышеуказанных органов.

Порой информация из отделов ФСБ о совершенных или готовящихся правонарушениях поступает в военную прокуратуру с опозданием, что не позволяет оперативно закреплять доказательства в установленном уголовно-процессуальном порядке и ведет к их утрате, создает предпосылки к затягиванию сроков проведения следствия. Иногда материалы, представляемые в военную прокуратуру содержат поверхностные и не конкретные объяснения, а явки с повинной получены с нарушением требований закона и не оформляются протоколами, изъятие вещественных доказательств производится ненадлежащим образом и т.п.

При выезде в военную прокуратуру Группы пограничных войск Российской Федерации в Республике Таджикистан вскрыты факты когда сотрудники ФСБ уклонялись от оперативных мероприятий по поручениям следователей. В частности, 20 декабря 1994 г. из военной прокуратуры Северо - Западного пограничного округа в адрес начальника отдела военной контрразведки 48-го пограничного отряда подполковника Потемкина А.П. поступило отдельное поручение с просьбой провести оперативно-розыскные мероприятия с целью установить связи обвиняемого Кормагина с местным населением и возможным получением им от них вознаграждений за отключение участков сигнализационной системы. Несмотря не неоднократные напоминания со стороны помощника военного прокурора Группы пограничных войск в Республике Таджикистан капитана юстиции Усарова Б.Ш. данное отдельное поручение выполнено не было и только в апреле 1995 г. поступило в прокуратуру сообщение о невозможности проведения оперативно-розыскных мероприятий, без разъяснения каких-либо причин.

Допускались случаи когда военные прокуроры неохотно принимали к производству материалы о злоупотреблениях должностных лиц в сфере хозяйственно-финансовой деятельности. В частности, из направленных в 1995 г. военному прокурору Дальневосточного пограничного округа 4-х информаций о фактах злоупотребления с признаками хищения материальных ценностей со стороны должностных лиц 75-го и 78-го пограничных отрядов, прокурорские проверки до сего времени не окончены и законного решения не принято.[44]

Контакты с местными территориальными прокурорами и милицией осуществляются при решении таких вопросов, как взаимоотношение военнослужащих с местным населением, поддержание порядка в общественных местах, посещаемых военнослужащими, безопасность дорожного движения и т.д. )