В следующем году он едва не разошёлся с Новгородом из-за князя Довмонта. Тогда в Литве, по убиении князя Миндовга, начались сильные междоусобия, от которых бежали Литовцы. Около 300 литовцев бежали во Псков с жёнами и детьми. Новгородцы хотели их избить, но Ярослав не допустил до этого; сын его Святослав крестил всех этих беглецов. Псковичи даже сделали своим князем Довмонта, одного из беглых литовских князей, вскоре прославившегося своими подвигами и сделавшегося любимым князем псковитян. Ярославу Ярославичу не понравилось такое предпочтение Довмонта Святославу. Ярослав из Владимира пришёл в Новгород с большим войском, чтобы идти на Псков. Но новгородцы до этого не допустили. Они сказали ему: «князь, прежде чем идти на Псков, переведайся с нами». Князь не ожидал такой помехи и отослал свои полки назад, а вскоре и сам уехал, оставив в Новгороде своего племянника Юрия Андреевича. С этим князем новгородцы в 1268 году ходили за Нарову на датчан к Раговору (Везенберг), землю опустошили, но города не взяли и вернулись назад. Они задумали повторить поход в том же году, но только с большими силами. Новгородцы послали просить помощи у Дмитрия Александровича Переяславского и у великого князя Ярослава. Ярослав на помощь новгородцам послал не только своих сыновей, Святослава и Михаила, с полками, но кроме того ещё некоторых других князей. В Новгороде отыскали стенобитных мастеров и начали владычном дворе чинить стенобитные машины. Когда ливонские немцы узнали о таких приготовлениях, то прислали сказать новгородцам: «у нас с вами мир, перемогайтеся с Колыванцами и Раковорцами, мы к ним не пристаём, на том и крест целуем». После такого клятвенного договора с немцами, новгородцы выступили в поход вместе с союзными князьями, в числе которых был и Довмонт Псковский. Они всё опустошили по дороге к Раковору, и наконец под этим городом произошла знаменитая Раковорская битва, в которой они должны были иметь дело и с немцами, обманувшими их и нарушившими клятву. Новгородцы выиграли битву, преследовали врагов 7 вёрст, но и сами понесли большие потери: многие были убиты, в том числе посадник Михаил, многие без вести пропали, например тысяцкий Кондрат (когда-то ездивший звать Ярослава в Новгород). Князь же Юрий в этой битве «вда плечи, или первет был в нём, то Бог весть».

Вернувшись из похода, новгородцы вместо убитого посадника выбрали нового – Павшу, сына того Ананьи, который когда-то был во главе меньших, призвавших Ярослава (в 1255 году). Место же тысяцкого осталось не занятым, ибо думали, что Кондрат может быть спасён от смерти и вскоре вернётся. Новгородцы ещё не примирились окончательно с немцами. В Новгороде сделался мятеж: одни полагали, что только великий князь Ярослав может примирить с немцами и что без него обойтись нельзя, и потому хотели послать за ним во Владимир; другие же против этого. Ярослав Ярославич хотел отнять должности у некоторых бояр, на поддержку которых он не мог рассчитывать, и заместить их своими сторонниками. Он думал, что новгородцы всё сделают по его желанию, потому что он им много помог в походе на Раковор, да при том и тогда ещё они сильно нуждались. Великий князь полагал, что для такого удаления неприязненных ему лиц было тогда самое удобное время. В 1269 году он приехал в Новгород и стал жаловаться на Жирослава Давыдовича, на Михаила Мишинина, на Юрия Сбысблавича; он требовал, чтобы у них были отнята власть на том основании, что будто бы они поссорили Новгород с немцами. Новгородцы не соглашались на это, но вместе с тем просили князя не гневаться на них и от них не уезжать, потому что они ещё не примирились с немцами. На это-то князь конечно и рассчитывал; он хотел запугать вече и выехал из города. Новгородцы послали за ним владыку с лучшими мужами, которые и догнали его в Бронницах. Князь вернулся, но за то новгородцы на вакантное место тысяцкого выбрали Ратибора Клуксовича, одного из его сторонников. В тот же год, зимою, Ярослав помог новгородцам заключить мир с немцами. Он велел сыну своему Святославу привести в Новгород низовые полки; призвал также и татар, которые пришли под начальством «великаго баскака Владимирскаго Амрагана» и его зятя Айдара. Ярослав хотел идти на Колывань, но немцы испугались и прислали сказать: «кланяемся на всей воле вашей, отступаемся всей Наровы, только крови не проливайте». Был заключён мир на всей воле новгородской. Князь хотел было пойти пограбить Корелу, но новгородцы отклонили его от этого, потому что считали Корелу за своих. Князь согласился и отослал свои и татарские полки; сам же остался в Новгороде.

Борьба с немцами была окончена успешно благодаря Ярославу. Сам Ярослав думал, что Новгород без него обойтись не может. Он показал Новгороду, что и сам он в случае надобности может собрать большие полки, да и татары придут к нему немедленно на помощь. Посадником был Павша Ананьевич, а тысяцким его любимец Ратибор. Ярослав полагал, что Новгород теперь ему сопротивляться не будет, да и не в состоянии. И вот теперь Ярослав начал в Новгороде поступать самовластно, подобно своему отцу и брату Александру.

Ярослав самовольно захватил двор какого-то Алексы Морткинича; взял деньги у Никифора Манускинича, Романа Болдыжевича и Варфоломея; отнял некоторые вотчины у храма Святой Софии; стал перевершать прежние грамоты; захватил грамоту своего отца Ярослава касательно посылки осетринника и мёдовара в Ладогу; захватил новгородских купцов в Костроме и других городах; стал вмешиваться в немецкую торговлю в Новгороде и таким образом её стеснять; его «гогольные» ловцы мешали судоходству по Волхову. Княжеские любимцы, рассчитывая на его поддержку, также стали теснить народ.

Новгородцы не могли выносить таких притеснений. Народ восстал в 1270 году и собрался на вече на ярославском дворе. Убили какого-то Иванка, хотели добраться и до других княжеских сторонников и советников. Некоторые скрылись в церкви Святого Николая, а другие с тысяцким Ратибором и каким-то Гаврилой Кияновым убежали к князю на Городище. Народ не успел их схватить, но зато разорил и разграбил их дома. К самому же князю народ посылал грамоту, в которой были прописаны все его вины: «зачем отнял Волхов гогольный, а поле заячьими ловцами? зачем взял двор Алексы Морткинича? зачем взял серебро на Никифоре Манускиниче, и на Романе Болдыжевиче, и на Варфоломее? зачем выводишь от нас иноземцев, которые у нас живут? и зачем делаешь многое другое незаконное? а теперь, князь, мы не можем терпеть твоего насилия, поезжай от нас, а мы себе князя промыслим». Когда князь увидел такое решительное восстание, то стал делать уступки. Он послал на вече сына Святослава и своего тысяцкого Андрея Воротиславича сказать, что он отступается от всего того, в чём его обвиняют, и даже готов целовать крест на всей воле Новгородской. Уступить сейчас же князю – значило дать ему возможность повторить в другой раз подобные же поступки, а между тем при князе не было войска, которое могло бы грозить новгородцам, а потому последние стояли на своём: «князь, поезжай прочь, не хотим тебя, говорили они, а не то всем Новгородом пойдём прогнать тебя». Делать было нечего. При виде такого единодушия со стороны народа, князь увидел свою слабость, малое число своих приверженцев, и выехал из города по неволе.

Новгородцы стали звать к себе Дмитрия Переяславского, но тот не решился идти против великого князя, а потому прислал сказать новгородцам, что он не хочет взять стола пред дядею. «И быша новгородци печални», замечено в летописи.

Между тем Ярослав во Владимире готовился к походу на Новгород: к нему пришли на помощь Дмитрий Переяславский и Глеб Смоленский со своими полками. Кроме того Ярослав стал просить войска у татар и чтобы вернее в этом успеть, он хотел оклеветать новгородцев перед ханом. Его любимец Ратибор Клуксович, ушедший вместе с ним из Новгорода, поехал в орду и по приказанию князя так говорил хану Менгу-Тимуру, преемнику Берке: «новгородцы тебя не слушают, мы дани просили для тебя, а они нас выгнали, иных избили, наши дома разграбили и Ярослава безчествовали». Хан также послал на Новгород татарскую рать. Положение Новгорода было затруднительное. Но они нашли себе защитника там, где может быть и не ожидали, именно в лице брата Ярослава, Василии Мезинном, князе Костромском. Костромскому князю не выгодно было усиление Твери, одного из близких княжеств. Тверской князь был и великим князем Владимирским. Если бы Тверской князь подчинил себе Новгород, то что могло помешать ему захватить и Костромское княжество. Притом же Ярослав недавно поступил насильственно и в самой Костроме, веливши там захватить новгородских купцов. Теперь представился случай Василию и отплатить Ярославу за обиду, и его ослабить, вмешавшись в новгородские дела, да кстати и расположить новгородцев в свою пользу, прикинувшись их доброжелателем. В Новгород он послал своих послов, которые на вече от имени своего князя сказали: «кланяюсь святой Софии и мужам новгородцам; слышал, что Ярослав, Дмитрий и Глеб идут на Новгород со всею силою; жаль мне своей отчины». Сам же поехал в орду и объяснил хану, что новгородцы правы, а наоборот Ярослав виноват. Хан вернул свои войска, но оставил при Ярославе своих послов, Чевгу и Баиши, конечно для наблюдения за ходом дел, впрочем дал им свой ярлык, то есть грамоту. Таким образом Ярослав получил от хана не помощь, а каких-то надсмотрщиков за своими поступками. Новгородцы между тем укрепили город острогом по обе стороны, а имение своё ввезли в город. Весь Новгород от мала до велика вооружился. К Новгороду пришли на помощь псковичи, ладожане, корелы, ижора, вожане. Всё новгородское ополчение двинулось к Городищу, и стояло два дня – пешие за Жилотугом, а конные за Городищем. Ярослав пошёл мимо прямо к Новгороду, но, при виде новгородских полков, отступил к Русе, а в Новгороде на вече послал сказать: «отказываюсь от всего того, за что вы меня не взлюбили; все князья в том поручаются за меня». Но новгородцы видели свою силу и не шли на мировую, а к великому князю послали Лазаря Моисеевича сказать: «князь, ты надумал на Святую Софию; уезжай, или мы честно умрём за Святую Софию; У нас князя нет, но Бог, и правда, и Святая Софья, а тебя не хотим». Всё новгородское ополчение двинулось на Голино, где и стало на броде не доходя Русы. Целую неделю стояли новгородцы на одном берегу, а Ярослав на другом. Ни та, ни другая сторона не решилась первая начать битву. Вся новгородская волость встала как один человек, а татары к Ярославу не пришли. Тогда Ярослав решился действовать другим, оружием, которое было подействительнее всяких татарских ратей и ханских ярлыков. Он обратился к духовной власти митрополита (Кирилла II). Духовная власть по самому свойству своему должна была заботиться о мире. В последствие времени духовная власть много и успешно помогала Москве, а на этот раз такую же действительную поддержку оказала Тверскому князю. Митрополит прислал в Новгород следующую грамоту: «мне поручил Бог архиепископию в Русской земле, вы должны слушаться Бога и меня; вы крови не проливайте, а Ярослав перестанет гневаться; я в том ручаюся; если вы даже и крест целовали, то я принимаю эпитемью на себя и отвечаю за то перед Богом». В случае же непослушания новгородцев, митрополит в конце грамоты грозил наложить запрещение на новгородцев, на своих духовных сынов. Митрополичья грамота поразила новгородцев: они боялись поссориться с духовную властью и тем навлечь на себя гнев божий. И потом, когда Ярослав послал в новгородский полк с поклоном, то новгородцы отступились от своего прежнего слова – не принимать его князем. Теперь обе стороны сделали уступку. Новгород признал его опять своим князем, но за то заключил мир на всей своей воле, в чём Ярослав целовал крест. )