Относительно его прямых обязанностей — наркома иностранных дел — Троцкий признавал впоследствии, что «дело все же оказалось несколько сложнее, чем я предполагал». Надежда на близкую европейскую революцию порождала уверенность, что дипломатическая работа для Советской республики — лишь кратковременный эпизод. Отсюда знаменитая фраза Троцкого: «Вот издам несколько революционных прокламаций к народам и закрою лавочку». Первой крупной акцией Троцкого на новом посту была публикация тайных договоров, заключенных Россией со странами Антанты. Непосредственной организацией расшифровки и издания этих документов занимался помощник Троцкого матрос Николай Маркин. В течение нескольких недель вышло семь желтых сборников, вызвавших ажиотаж разноязычной прессы. Предварительно их содержание опубликовали газеты. Этим большевики доказывали свое обещание покончить с тайной дипломатией. Но сам Троцкий с конца декабря находился в Брест-Литовске, возглавляя российскую делегацию на переговорах с Германией, Австро-Венгрией, Турцией и Болгарией. Там он выступал с пламенными речами, которые были рассчитаны не столько на партнеров по переговорам, сколько на широкие массы. Речи Троцкого печатали и немецкие газеты, а советская печать публиковала полные стенограммы заседаний.
Между тем в большевистском руководстве вспыхнули острые разногласия по вопросу заключения сепаратного мира на тяжелейших условиях с германской стороны. Если Ленин обосновал необходимость мира на любых условиях, то «левые коммунисты» агитировали за революционную войну. С особой позицией выступил Троцкий, выдвинув лозунг «Ни мира, ни войны», который означал прекращение войны, отказ от подписания мира и демобилизацию армии. Расчет был на скорую революцию в Германии и Австро-Венгрии и неспособность Германии провести крупномасштабное наступление. Пользуясь отсутствием решения ЦК по этому вопросу, 10 февраля нарком по иностранным делам отказался принять немецкий ультиматум и сделал заявление, соответствовавшее его взглядам. Надо заметить, что расчеты Троцкого не были беспочвенными. Министры иностранных дел Германии и Австро-Венгрии Кюльман и Чернин были готовы согласиться с формулой советского наркома. Но на совещании у кайзера 13 февраля победу одержала «военная партия». 18 февраля началось немецкое наступление. Концепция Троцкого оказалась ошибочной. В этих условиях он при голосовании вечером 18 февраля поддержал предложение Ленина о немедленном обращении к немецкому правительству с целью подписания мира. При обсуждении 23 февраля в ЦК новых, еще более тяжелых условий с немецкой стороны Троцкий считал ленинские доводы недостаточно убедительными, но воздержался, что означало принятие ленинской резолюции о готовности немедленно заключить мир.
Одновременно Троцкий уходит с поста наркома по иностранным делам и тут же получает новое назначение. 13 марта он становится народным комиссаром по военным делам, сменив на этом посту И.И. Подвойского. 6 апреля он возглавил и Наркомат по морским делам, а 6 сентября Троцкий стал председателем Реввоенсовета республики, созданного для руководства армией, флотом и всеми учреждениями военного и морского ведомств. Эти посты он занимал до 26 января 1925 г. В условиях жесточайшей гражданской войны, охватившей огромную территорию бывшей Российской империи, деятельность его безусловно имела решающее значение. Именно эти годы поставили Троцкого рядом с Лениным, сделали его имя известным каждому жителю страны.
Как же случилось, что человек, никогда не служивший в армии, не имевший военного образования, не только оказался в роли верховного военачальника, но и, при всех своих недостатках, справился с этой задачей? Прежде всего Троцкий был политическим руководителем, предоставившим решение военных задач профессионалам. Сам же решал главные проблемы — создание постоянной армии и ее аппарата, привлечение специалистов, офицеров и генералов царской армии, борьба с «партизанщиной» и установление железной дисциплины.
Большевики шли к власти, уверенные в скоротечности будущей гражданской войны, в поддержке подавляющего большинства широчайших масс, в колоссальных возможностях государства-коммуны. Им казалось возможным справиться с политическими противниками достаточно ограниченными средствами. 25 октября 1917 г. Троцкий говорил в Петросовете: «Мы все люди партий, и не раз нам придется скрестить оружие. Но мы будем руководить работами Петроградского Совета в духе права и полной свободы всех фракций, и рука президиума никогда не будет рукою подавления меньшинства».
Первые дни Октября, казалось, оправдывали эти ожидания: бескровное взятие Зимнего, освобождение плененных здесь юнкеров, а через несколько дней — генерала Краснова, первые судебные приговоры новой власти с их пафосом «морального осуждения», освобождение из тюрьмы деятелей старого режима — С.П. Белецкого, П.Г. Курлова, А.А. Вырубовой и других. В 1918 г. первомайская амнистия принесла освобождение даже В.М. Пуришкевичу. Но одновременно реальность все более рушила первоначальные иллюзии: стачка служащих и интеллигенции, не желавших признавать новую власть, взаимные жестокости во время боев в Москве и при подавлении выступления юнкеров в Петрограде, успех эсеров при выборах в Учредительное собрание, «самостийность» мест, не желавших выполнять распоряжения центральной власти, нарастающая волна анархии и разложения с их «пьяными бунтами» и бессмысленными убийствами, обоюдные расстрелы пленных на Дону и Кубани, жесточайшее подавление финляндской революции в мае 1918 г. — все это ставило вопрос: как удержать власть, как обуздать стихию? К этому добавлялась общая усталость от войны, справедливое раздражение крестьянства продовольственной политикой Советской власти, произволом многих ее представителей на местах. Война приобретала огромные масштабы, затяжной характер и невиданную жестокость. Достаточно сказать, что в 1919-1920 гг. в Красной Армии насчитывались сотни тысяч дезертиров. Реальной были проблемы мятежей, измены отдельных лиц и целых частей. С 26 июня по 4 июля 1918 г. на сторону противника перебежали один за другим трое командующих 2-й армией на Восточном фронте. Это, безусловно, случай уникальный, но весьма показательный. В феврале 1918 г. отказался выполнять приказы матросский отряд, выехавший на фронт под Нарву, а командир его, нарком П.Е. Дыбенко, не смог восстановить порядок.
В этих условиях репрессии становятся неотъемлемым элементом политики, в первую очередь военной. Троцкий был убежден в необходимости этого. Позже он писал: «Нельзя строить армию без репрессий. Нельзя вести массы людей на смерть, не имея в арсенале командования смертной казни. До тех пор, пока гордые своей техникой, злые бесхвостые обезьяны, именуемые людьми, будут строить армии и воевать, командование будет ставить солдат между возможной смертью впереди и неизбежной смертью позади. Но армии все же не создаются страхом». Последняя фраза показывает, что он считал репрессии важным, но вовсе не главным моментом.
Наиболее отчаянным был 1918 г. В начале августа белочехи взяли Казань и готовились перейти Волгу. 8 августа организованный накануне поезд председателя реввоенсовета прибыл в Свияжск. Здесь Троцкий находился 25 дней, агитируя, организуя, угрожая, наказывая и требуя. 30 августа им был издан приказ № 31. В нем, в частности, говорилось: «Вчера по приговору военно-полевого суда . расстреляны 20 дезертиров. В первую голову расстреляны те командиры и комиссары, которые покинули вверенные им позиции. Затем расстреляны трусливые лжецы, прикидывавшиеся больными . Да здравствуют доблестные солдаты! Гибель шкурникам! Смерть изменникам-дезертирам!» Тогда же, не упуская случая подчеркнуть героизм и преданность кадровых офицеров, невозможность обойтись без их знаний, Троцкий 30 сентября 1918 г. предупреждает: «Пусть же перебежчики знают, что они одновременно предают и свои собственные семьи: отцов, матерей, сестер, братьев, жен и детей», и приказывает «представить . списки всех перебежавших . лиц командного состава со всеми необходимыми сведениями об их семейном положении». За неустойчивыми частями выставляются заградотряды, обязанные не допускать отхода без приказа. В своем знаменитом поезде председатель Реввоенсовета носится по всем фронтам, привозя небольшие запасы снаряжения, командиров и агитаторов, поддерживая постоянную связь с Москвой. Его сообщения в Центр полны решительности и не ведают сомнений. Он телеграфирует Ленину и Свердлову осенью 1918 г.: «Причина постыдных неудач на Воронежском фронте — в полной распущенности восьмой армии. Главная вина лежит на комиссарах, не решавшихся принимать крутые меры. .Полевые трибуналы приступили к работе. Произведены первые расстрелы дезертиров. Объявлен приказ, возлагающий ответственность за укрывательство дезертиров на совдепы, комбеды и домохозяев . Надеюсь, что перелом будет достигнут в короткий срок». )