Началась каторга – вместе с остальными заключенными Королев трудился с утра до ночи, добывая золотоносный песок. Но больше всего угнетали Сергея Павловича, жгли душу сознание судебной несправедливости, предвзятость и надуманность обвинения и этот ярлык – «враг народа». Королев писал письма в Москву с просьбой пересмотреть его дело. За облегчение его участи боролись депутаты Верховного Совета СССР, знаменитые летчики В. С. Гризодубова и М. М. Громов. А. Н. Туполев, сам находившийся за решеткой в стенах Центрального конструкторского бюро, созданного НКВД, настаивал на том, чтобы к нему перевели нескольких инженеров и конструкторов, в том числе и Королева. Но решающее значение в этом деле сыграло назначение наркомом внутренних дел Л. П. Берии, который – чтобы снять народную напряженность – приступил к частичному пересмотру дел. В их числе оказалось и дело Королева.13 июня 1939 года он был возвращен в Москву. Но еще год пребывания в Бутырской тюрьме оказался напрасным – Королев снова был признан виновным и осужден на «восемь лет в исправительных трудовых лагерях».

Казалось, этого удара Королев не вынесет, но несгибаемая воля и вера в собственную правоту взяли верх. После долгих размышлений Королев решает обратиться лично к И. В. Сталину. В этом письме Сергей Павлович ставил акцент не на личном положении, а на интересах страны, ее обороны, на которую он не покладая рук, не щадя себя работал. Видимо, голос Королева был все-таки услышан. 13 сентября 1940 г. его перевели в Особое техническое бюро НКВД в группу А. Н. Туполева.

Там тридцатитрехлетний Королев уже не урывками, как во время диплома, а в повседневной работе проходил туполевскую высшую школу авиастроения. Работал Сергей Павлович, по воспоминаниям «сокамерников», неистово, органически влившись в общее дело. Вместе с другими учеными он работал над созданием пикирующего бомбардировщика – 103. Все специалисты работали не на страх, а на совесть, понимая, что дело их необходимо стране, и свято веря, что скоро разберутся в их делах и убедятся в их невиновности.

В июле 1941 года туполевское КБ вместе с заводом было эвакуировано за Урал – в Омск. Вскоре Королев был назначен заместителем начальника сборочного цеха, где шла работа по строительству бомбардировщика ТУ-2. Досконально разобравшись в делах, он составил четкий план работы каждого подразделения, фактически каждого из ста пятидесяти работающих.

К середине декабря 1941 года начались летные испытания ТУ-2, а в августе 1942года государственная комиссия приняла ТУ-2 к войсковым испытаниям, а затем и к серийному производству. Этот самолет признан намного лучшим немецких и итальянских бомбардировщиков.

В пригороде Омска параллельно с Туполевым работал научный коллектив В.М.Мясищева. Они завершали разработки дальнего высотного бомбардировщика ДВМ-102. Конструктор искал опытного человека в технологический отдел и пригласил Сергея Павловича. Чем глубже вникал Королев в суть технологии производства, тем чаще возвращался к мысли об использовании в авиации могучих сил, таящихся в реактивном движении, и тем энергичнее трудился над проектом ракетного самолета.

Но работа над 102-м вскоре прервалась. Мясищева перевели в Казань на авиазавод № 22. От него Королев узнал, что в Казани на авиамоторостроительном заводе № 16 есть «шарашка» где работают над реактивным двигателем. Он стал хлопотать о смене места заключения, чтобы быть поближе к реактивной технике, и добился своего – в ноябре 1942 года состоялся перевод Королева в Казань в КБ Глушкова.

В КБ его приняли прекрасно, хотя и оставался он по-прежнему заключенным. Но жизнь постепенно налаживалась. Королев вплотную занялся ракетным делом, разработкой авиационного реактивного ускорителя.

Проект Королева специалисты оценили по достоинству. 1 января 1943 года его назначили руководителем отдельной группы, которой поручалось конструирование авиационной ракетной установки. Но, отрывая время у сна и отдыха, одновременно с АРУ Королев продолжал совершенствовать проект реактивного самолета-перехватчика, начатый еще в Омске. Еще в декабре 1942 года С. П. Королев представил руководству моторостроительного завода 58 листов расчетов, эскизов, компоновок самолета-перехватчика и приложил объяснительную записку. В ней предельно лаконично определил назначение и применение проектируемого самолета «как средства борьбы с немецкой авиацией в воздухе при обороне наземных объектов – городов, укреплений и т.д., а также для внезапной и быстрой атаки наземных целей противника – танков, батарей, зенитных точек, переправ».

Через несколько дней руководство завода, несмотря на очень заманчивые характеристики предлагаемого самолета, все-таки потребовало от Королева не отвлекаться от поставленной первоочередной задачи и сосредоточить усилия на доработке проекта ракетной установки-ускорителя ПЕ-2. Королев со своей группой выполнил приказ в беспрецедентно короткий срок – за четыре месяца. В окончательном проекте АРУ отмечалось: «РУ-1 является совершенно новым техническим аппаратом, впервые осуществленным на самолете с целью испытания и отработки реактивного двигателя в летных условиях». Королев, хотя это и не входило в его обязанности, опробовал двигатель лично, непосредственно в полете на различных высотах и скоростях.

Ракетные установки, разработанные Королевым, составляли основу аналогичных экспериментальных АРУ, которые использовались затем на самолетах Лавочкина, Яковлева, Сухого.

Возвращение

В августе 1944 года произошло долгожданное и вместе с тем неожиданное событие – С. П. Королева и остальных участников работ АРУ освободили из заключения. Но шла война, и освобожденные не могли пока разъехаться по домам. Королев остался: он не мог бросить испытания, не доведя их до конца. Теперь вольнонаемный Сергей Павлович жил в собственной комнате, которую ему выделило руководство завода.

Королев начал атаковать Наркомат авиационной промышленности: 14 октября 1944 года и 30 июля 1945 года он посылает письма, в которых настойчего предлагает строить твердотопливные баллистические ракеты дальнего действия на твердом топливе. С этой целью Сергей Павлович считает необходимым создать специальное конструкторское бюро с экспериментальной и опытной базой. Основной работой предполагаемого коллектива СКБ в 1945-1946 гг. может стать предлагаемая им твердотопливная ракета, способная доставить боеголовку на расстояние 70 километров. Предложения Сергея Павловича не остались без внимания, и он получил проектное задание именно такое, на которое рассчитывал.

Война длилась еще длинных четыре месяца. 8 мая 1945 года был подписан Акт о безоговорочной капитуляции Германских вооруженных сил.

Еще три месяца оставался Королев в казанском КБ, заканчивая дела, подводя итоги более чем двухлетней работы, после того, как покинул Омск и А. Н. Туполева. Тома документов. В одних – все о ракетных ускорителях, в других – наброски, эскизы, проекты, чертежи реактивных самолетов различных типов, деловые записки в высокие инстанции с предложениями о необходимости развертывания ракетостроения. Скрасила жизнь Королева последних казанских дней волнующая неожиданность: Указом Президиума Верховного Совета СССР Сергей Павлович, как и миллионы тружеников тыла был удостоен Государственной награды – медали «за доблестный труд в Великой Отечественной Войне 1941–1945 гг.». а через несколько дней пришел долгожданный вызов в Москву.

12 августа 1945 года Сергей Павлович вошел в свой дом. Дочка, вбежавшая в дом, увидев сидящего рядом с мамой мужчину, улыбающихся бабушку и дедушку, сначала растерялась, но быстро сообразив, что перед ней ее отец, которого она знала лишь по старой фотографии да по рассказам матери, бросилась к нему и крепко обняла.

— Папа, почему ты так долго был в командировке?

—Так случилось, Наташа, - это все, что мог ответить ее отец.

Жена Сергея Павловича Кеана тоже много изменилась за последние семь лет. Стала строже, молчаливее, почти седая, а ведь ей всего тридцать семь…

Все эти годы она трудилась в больнице имени Боткина, лечила раненых, защитила кандидатскую диссертацию. Ее ценили, как прекрасного хирурга травматолога. После возвращения в Москву Королева привлекли к работе над созданием военной ракетной техники, подобной трофейной немецкой ракете «фау». В сентябре 1945 г. Сергей Павлович в составе Межведомственной комиссии прибыл в Берлин. Перед командировкой ему присвоили звание подполковника, и он впервые за много лет одел военную форму. Предстояло полностью разобраться в конструкции и производстве «фау», попытаться собрать хотя бы несколько немецких ракет. В этих условиях было принято единственно верное решение – каждый из специалистов, в зависимости от направления его деятельности, отвечал за один из компонентов ракеты. )