Первой административной реформой стало создание в 1699 г. особого ведомства городов. Ряд указов вводил местное самоуправление для городского купечества, а также населения поморских (северных) городов. Власть воевод отменялась. Выборные бурмистры должны были ведать судом и сбором казённых денежных платежей. Во главе новых органов местного самоуправления была поставлена Московская ратуша, выбираемая столичным купечеством. В её ведении находились главные поступления государственных доходов с городов, а также общий надзор за действиями органов самоуправления. Возглавил Ратушу в должности «обер-инспектора ратушного правления» бывший дворецкий боярина Шереметева А.А. Курбатов.

Но расходы росли, и постепенно царь стал утрачивать доверие к финансовым возможностям Ратуши. Пётр приходит к выводу, что «человеку трудно за очи всё разуметь и править», а затем и к решению перенести центр тяжести управления на места. Помимо финансовых нужд это диктовалось также и потребностями армии. По замыслу Петра, новые местные органы власти должны были после окончания Северной войны заняться расквартированием войск (т.е. их размещением и обеспечением в мирных условиях). Практическое осуществление реформы началось в конце 1707 г. В 1708 г. было провозглашено создание восьми губерний: Московской, Ингерманландской (впоследствии – Санкт-Петербургской), Киевской, Смоленской, Архангелогородской, Казанской, Азовской и Сибирской. Во главе губернии стоял губернатор. В его подчинении были вице-губернатор (заместитель), ландрихтер, ведавший судом, провиантмейстеры для сбора хлебных доходов, другие назначаемые государством чиновники. Губернская реформа фактически упраздняла преобразования 1699 г.: города были подчинены уездным комендантам (так с 1710 г. стали именоваться воеводы), а Московская ратуша превратилась из общегосударственного в губернское учреждение.

Подворная перепись населения 1710 г. привела к ещё одной перекройке местного управления. Была установлена особая платёжная единица в 5536 дворов, обеспечивавшая одну «долю» всех средств, необходимых для покрытия военных расходов. Комендантства (старые уезды) отменялись, а вместо них вводились «доли» во главе с новыми чиновниками – ландратами. Предусматривалось, что в соответствии с числом таких «доль» каждая губерния должна будет содержать определённое количество полков.

Главная задача губернской реформы – обеспечение армии за счёт местных учреждений – выполнена не была, т.к. Северная война, несмотря на Полтавскую победу, затянулась до 1721 г. и разместить в губерниях «приписанные» к ним полки не удалось. Да и возможности губернаторов по сбору денег с населения оказались не безграничными. Очень скоро рост военных расходов привёл к хроническому недостатку средств, и многие губернаторы, стремясь продемонстрировать царю своё радение о «казённой прибыли», пускались на всяческие ухищрения. Так, например, казанский губернатор Апраксин придумывал новые «доходы» и предъявлял царю фальшивые ведомости по ним.

Все эти преобразования вызвали полное расстройство центрального управления. В результате губернской реформы прекратили своё существование приказы (кроме военных). В начале XVIII в. в России фактически не было даже столицы, т.к. Москва уже перестала быть ею, а Петербург ещё не стал. Единственной центральной властью был сам государь со своими сподвижниками, которые могли называться то «ближней канцелярией», то «консилией министров» и т.п. И вот в 1711 г., отправляясь в турецкий поход, Пётр издал коротенький указ, гласивший: «Определили быть для отлучек наших Правительствующий сенат для управления». Так одним росчерком пера было основано учреждение, в том или ином виде просуществовавшее в России около двухсот лет. Первоначально Пётр хотел создать лишь временный орган власти, который управлял бы страной во время его частых разъездов по стране и военных походов. В первое время сенат состоял из девяти ближайших сотрудников царя, и его задачи были довольно неопределёнными. С одной стороны, он был призван осуществлять высший надзор за судом и заботиться об умножении доходов, с другой – Пётр требовал от своих подданных признания сената высшим государственным органом, которому все лица и учреждения были обязаны повиноваться как самому царю.

Петра очень заботило отсутствие надлежащего контроля за управлением. Поэтому в 1711г. была создана должность обер-фискала, которому подчинялись местные фискалы. Их обязанностью было доносить сенату и царю о всех злоупотреблениях, проступках и любых неблаговидных деяниях должностных лиц. Если донос подтверждался, фискал получал половину имущества осуждённого, если нет – никакого наказания фискал не нёс. Очень скоро слово «фискал» стало внушать ужас русским чиновникам. Сами небезгрешные по части взяток и злоупотреблений, фискалы вовсю пользовались своим положением для сведения личных счётов, а то и просто для вымогательства и обогащения. Особенно отличался этим обер-фискал Нестеров. Дело дошло до того, что царский указ о фискалах осудил в проповеди назначенный Петром местоблюститель патриаршего престола Стефан Яворский. Но и это не помогло. В 1722 г. была учреждена должность генерал-прокурора, которому было передано руководство фискалами. Однако главная его задача состояла в том, чтобы играть роль «ока государева» в сенате, т.е. надзирать за работой сенаторов и обо всём доносить императору. Отныне только генерал-прокурор мог предлагать сенату вопросы для обсуждения. Введение этой должности означало резкое уменьшение самостоятельной роли сената в государственном управлении.

Само по себе учреждение сената ещё не означало создания нового центрального аппарата управления, призванного заменить уже в значительной степени развалившуюся систему приказов. Ещё в 1712 г. у Петра появилась идея организовать по шведскому образцу «коллегии», которые должны были ведать отдельными отраслями управления. Для изучения иностранного опыта царь отправил за границу специальные экспедиции. Прошло несколько лет, и в 1718 г. был подписан указ об учреждении девяти коллегий: Чужестранных дел, Камер-коллегии (ведала сбором доходов), Юстиц-коллегии, Ревизион-коллегии (ведомство финансового контроля). Воинской, Адмиралтейской (военно-морские силы), Коммерц-коллегии (торговля), Берг-коллегии и Мануфактур-коллегии (горнозаводская и фабричная промышленность). Штатс-коллегии (ведомство государственных расходов). С появлением коллегий прекращали своё существование многие из ещё сохранившихся приказов. Некоторые из них вошли в состав новых учреждений. Так, в Юстиц-коллегию было включено семь старых приказов. Особенностью коллегий по сравнению с приказами стало более чёткое разграничение сфер их деятельности и, главное, – совещательный, «коллегиальный» порядок ведения дел. «В коллегии предложенную нужду разбирают умы многие, и, что один не постигнет, то постигнет другий, а чего не увидит сей (этот), то оный (тот) увидит» – так объяснял это сам Пётр. Вскоре, однако, выяснилось, что и здесь многое, как самокритично признавал царь, «не рассмотря учинено было». Поэтому и количество коллегий, и их состав, и сферы деятельности каждой из них не раз изменялись при Петре. Тем не менее, основные принципы их работы оставались неизменными.

После учреждения коллегий Пётр I решил реформировать на шведский манер и местное управление. В 1719–1720 гг. началась очередная реформа административно-территориального устройства. Были отменены не оправдавшие себя ландратские "доли". Губернии теперь делились на провинции, а те в свою очередь – на дистрикты, в основном соответствовавшие старым уездам. Правители дистриктов – земские комиссары – назначались Камер-коллегией. Единственное, что русское правительство решило не заимствовать из шведского опыта, – это крестьянское самоуправление. «В уездах из крестьян умных людей нет», – объясняли правители России.

Претерпело изменения и городское управление. Должность бурмистров, учреждённая реформой 1689 г., отменялась. Все посадское население отныне делилось на три части: 1-ю гильдию (богатые купцы, владельцы ремесленных мастерских), 2-ю гильдию (мелкие торговцы, зажиточные ремесленники) и «подлый люд», составлявший подавляющее большинство городского населения. Резко сократился круг людей, принимавших участие в выборах; новые органы городского самоуправления, магистраты, теперь состояли лишь из представителей 1-й гильдии. Деятельность городских магистратов контролировал и координировал Главный магистрат, подчинённый сенату. )