В итоге Писсаро отправляется ко двору Атауальпы. Девять из его людей, напуганные перспективой оказаться в гористой местности, во владениях инков повернули назад.

Испанцев удивляли дороги инков, мощенные каменными плитами, с высаженными по краям деревьями, создающими тень, а так же каналы, выложенные камнем.

Узнав о передвижении белых людей внутри его страны, Атауальпа приглашает их к себе в гости. Со слов посла он понял, что испанцы выглядят и настроены дружелюбно. Во время встречи с послом Писсаро сделал подарки монарху и много говорил о мире.

Писсаро разместил своих людей на открытом пространстве, на главной площади города Кахамарк. Он отправил Эрнандо де Сото засвидетельствовать своё почтение Атауальпе, с тем, чтобы тот попытался соблазнить его своим предложением, встретиться лично.

Атауальпа упрекнул испанцев за разграбление его складов и за пренебрежительное отношение к некоторым индейцам на побережье. На что испанцы начали восхвалять своё воинское искусство и предложили воспользоваться их услугами. Атауальпа соглашается нанести визит Писсаро в Кахамарке.

Во время этой встречи Эрнандо де Сото, хотел напугать Атауальпу и почти наехал на него на своём коне, остановившись от него в непосредственной близости, так что капли слюны скакуна попали на одежду инка. Но Атауальпа не дрогнул. Позже он приказал казнить тех придворных, кто выказал страх.

Писсаро же следуя примеру Кортеса, который завоевал могущественную империю ацтеков с помощью похищения императора, начал готовить свою засаду.

Ночью Атауальпа послал 5000 воинов, чтобы перекрыть дорогу к северу от Кахамарка. По разработанному им плану, как он позже признался испанцам, он хотел захватить в плен живыми Писсаро и всех его воинов, чтобы принести в жертву богу Солнца - Инти, а лошадей их оставить на развод.

На рассвете Писсаро разместил своих людей в строениях вокруг площади. Ожидание было томительно для испанцев, так как десятикратное численное превосходство инков пугало и подавляло. Позже, как признался один из очевидцев "многие испанцы безотчётно из-за сковавшего их ужаса мочились в штаны".

На закате к площади приблизился императорская процессия. Атауальпу несли 80 слуг на деревянных носилках, инкрустированных золотом и со всех сторон украшенных перьями попугаев. Монарх в одеждах с золотыми нитями и весь в украшения, восседал, держа в руках золотой щит с геральдическим изображением Солнца. Тут же были танцоры и аккомпанирующие им музыканты. Его свита насчитывала более 5000 человек воинов (основные силы, порядка 80000 воинов, были за городом). Все они пришли без оружия.

На площади они увидели лишь одного доминиканского монаха в сутане с крестом в одной и Библией в другой руке. Королевский совет в Испании постановил, что язычникам нужно предоставить возможность принять христианство добровольно, без кровопролития, и конкистадоры решили не нарушать букву закона. Монах объяснил смысл христианской веры правителю инков, а переводчик объяснил ему, что его просят принять религию чужеземцев. "Вы говорите, что ваш Бог принял смерть, - ответил на это Атауальпа, - а мой всё ещё живёт", - подчеркнул он, показав на уползающее за горизонт Солнце.

Атауальпа взял в руки протянутый ему молитвенник. Насколько он понимал, испанцы ценили эту вещь так, как индейцы "уака", талисман в котором обретался дух богов. Но этот предмет казался ему игрушкой по сравнению с их громадным каменным "уака", которому поклонялись инки, поэтому он швырнул его на землю. Как утверждают очевидцы, после этого монах повернулся к Писсаро и сказал ему и его людям: "Можете напасть на них после такого. Я заранее отпускаю вам все ваши грехи".

Писсаро подал сигнал к атаке. Две пушки дали залп по толпе индейцев. Испанские всадники, выехали из зданий в полном вооружении и атаковали безоружных воинов-инков. За ними под звук труб последовали пехотинцы с боевым кличем - "Сантьяго!" (имя святого помогающего, по убеждению испанцев, одержать верх над противником).

Это была жестокая резня безоружных индейцев. Писсаро с трудом вытащил из неё Атауальпу. В течение нескольких часов 6000 воинов инков погибло в Кахамарке и вокруг него, но не один испанец не был убит. В число немногих раненных попал и сам Писсаро, получивший ранение от своего же солдата, когда пытался прорваться к царственному противнику, чтобы захватить того живым.

Многие исследователи пытались понять, почему Атауальпа совершил такую роковую ошибку, выйдя к испанцам с безоружными воинами. Возможно вождь даже не рассматривал такой вариант хода событий, когда столь малочисленных отряд попытается напасть на его громадную армию. Или же поверил в речи испанцев о мире.

В плену Атауальпе позволили сохранять все королевские привилегии. Все его жёны и слуги находились возле него. К нему являлись вельможи и исполняли его приказания. Менее чем за месяц он научился говорить по-испански и даже немного писать.

Поняв, что белых людей манит золото, он решил откупиться, предложив за свою свободу наполнить комнаты, в которых он находился, золотом, а так же дважды "набить серебром индейскую хижину". Вместо освобождения Атауальпа таким предложением подписал свой смертный приговор. Приказав, сорвать всё золото в Куско, и доставив его испанцам, он лишь разжёг их страсть к драгоценному металлу. В то же время, боясь, что его брат сможет предложить за свою свободу ещё больше золота, он приказал казнить его. Инки не воспринимали золото и серебро как что-то ценное. Для них это был просто красивый металл. Золото они называли "потом Солнца", а серебро "слезами Луны". Для них ценными были ткани, так как на их изготовление уходило много времени.

Испанцы начали подозревать, что Атауальпа готовит заговор против них. Это порождало панически страх в их рядах. Писсаро долгое время противился настрою своих соотечественников. Но в итоге паника сломила и его решительный настрой.

Атауальпа начинал осознавать неминуемость своей гибели. Его религия гарантировала ему вечную жизнь при правильном исполнении обряда.

На заседании совета, возглавляемого самим Писсаро, было решено сжечь Атауальпу. Когда испанцы сообщили вождю о своём решении, он расплакался. Уничтожение тела означало лишение бессмертия.

Монах перед смертью ещё раз попытался обратить язычника в христианскую веру. Понимая, что если он примет христианство, то его не сожгут, а удушат с помощью гарроты (обруч с винтом, для медленного удушения жертвы), он согласился пройти обряд посвящения, предполагая, что тело будет передано народу для мумификации. Но испанцы и здесь обманули его. После того как вождь был задушен, они сожгли его одежды и часть тела на костре. Остальную часть они предали земле.

Писсаро понимал, какие выгоды ему сулит местный правитель под испанским контролем. Он остановил выбор на сыне Уайны Капака - Манко Инке. Когда испанца прибыли в Куско их встречали как доброжелателей, восстановивших законную правящую ветвь инков, хотя все мумии до их появления были надёжно спрятаны.

Конкистадоры не отличались великодушием и всячески унижали Манко, проявляя наплевательское отношение к обычаям инков. Самое худшее произошло, когда Писсаро отправился на океанское побережье, с целью основания новой столицы Лиму. Главными он оставил своих братьев Гонсало и Хуана. Гонсало относился к Манко с нескрываемым презрением. Похитив его любимую жену, он надругался над ней.

Бесчинства, творимые испанцами, привели к тому, что Манко наотрез отказался от сотрудничества и предпринял попытку покинуть Куско. Испанцы вернули его в столицу закованным в цепями. В заключение подвергали разного рода унижениям.

В итоге Манко уговаривает одного из братьев Франциско, Эрнандо, который совсем недавно приехал в Куско из Испании, выпустить его временно из тюрьмы, чтобы он мог помолиться в святилище, за что обещал подарить золотую статую изображающую его отца. Как только Манко выбрался за пределы Куско, он призвал свой народ к мятежу. Дело кончилось осадой Куско, которая продолжалась почти целый год. Во время этой осады среди индейцев находились предатели как в Куско, так и за его пределами, которые тайно таскали пищу захватчикам. Среди них были даже родственники самого Манко, которые боялись расправы за их прежнюю поддержку европейцев, со стороны нового правителя. Безнадёжность осады стала ясна, когда из Испании прибыло подкрепление. Некоторые сторонники Манко даже откололись от него, поняв, что удачный момент упущен. )