Третий фронт гражданской войны находился в Восточной Сибири. Десятки тысяч чешских и словацких солдат, отказавшись защищать австро-венгерскую империю, объявили себя военнопленными по отношению к «русским братьям» и получили разрешение добраться до Владивостока, чтобы затем присоединиться к французской армии. Согласно договору,, заключенному 26 марта 1918 г. с советским правительством, эти 30 тыс. солдат должны были продвигаться «не как боевое подразделение, а как группа граждан, располагающая оружием, чтобы отражать возможные нападения контрреволюционеров». Однако во время продвижения участились ее конфликты с местными властями. Поскольку боевого оружия у чехов и словаков было больше, чем предусматривалось соглашением, власти решили его конфисковать. 26 мая в Челябинске конфликты перешли в настоящие сражения, и чехословацкие войска заняли город. Через несколько недель они взяли под контроль многие города вдоль Транссибирской магистрали, имеющие стратегическое значение, такие, как Омск, Томск, Екатеринбург и другие. С этого времени мощная армия (в то время 30 тыс. вооруженных людей являлись крупной воинской группировкой на советской территории) перерезала жизненную артерию, связывающую европейскую часть России с Сибирью.

Наступление чехов получило незамедлительную поддержку эсеров, организовавших в Самаре Комитет из депутатов разогнанного Учредительного собрания (Комуч), который призвал крестьян к борьбе «против большевизма, за свободу». Казань, Симбирск, Уфа примкнули к Комучу. Однако мобилизация, объявленная Комитетом, продлилась недолго: население не желало служить в какой бы то ни было армии. Только рабочим Ижевска и Воткинска, разогнавшим большевистские Советы, удалось собрать народную армию в 30 тыс. человек. В результате реквизиции местных арсеналов она была неплохо вооружена. Ижевско-Воткинский комитет заявил о своей солидарности с Комучем.

8 сентября после нескольких неудачных попыток Комучу удалось созвать в Уфе совещание оппозиционных сил. На нем присутствовало около 150 делегатов, половина из них - эсеры. Были представители кадетов, три меньшевика и члены группы «Единство», близкой к Плеханову. Делегаты разделились на две группы. Левое крыло требовало создания правительства, которое признавало бы Учредительное собрание и на него опиралось; правое во главе с кадетами настаивало прежде всего на создании сильного коллегиального органа власти, независимого от какого бы то ни было выборного собрания. Споры продолжались две недели - наконец победила вторая точка зрения. На совещании было создано Временное всероссийское правительство - Уфимская директория, кудд вошли эсеры Авксентьев и Зензинов - лидеры Комуча, кадет Астров, генерал Болдырев умеренных взглядов и Вологодский - премьер-министр Временного сибирского правительства, недавно созданного в Омске и гораздо более правого, чем Комуч. С самого начала директория была обреченным на провал компромиссом. 8 октября пала Самара, вновь взятая большевиками, что окончательно ослабило позицию левых. Влияние правых сил в Омске, наоборот, возросло. Вологодский потребовал возврата земель их бывшим владельцам. ЦК эсеров резко осудил эту меру и порвал с директорией. 19 ноября 1918 г. адмирал Колчак и присоединившиеся к нему офицеры царской армии свергли директорию. Разобщенная и бессильная демократическая оппозиция была поглощена военной контрреволюцией.

Помимо трех уже установившихся большевистских фронтов - Дона, Украины и Транссибирской магистрали, - на территории, контролируемой центральной властью, вели борьбу разрозненные подпольные группы, в основном эсеры. Они действовали теми же методами, как и против царского режима: их арсенал по-прежнему состоял из покушений, забастовок, террористических актов. Самые активные противники новой власти объединились в Союз защиты Родины и свободы во главе с Савинковым. Эта организация была косвенно связана с Добровольческой армией. 6 июля 1918 г. группы Савинкова захватили Ярославль (250 км от Москвы). Затем, согласовав свои действия с наступлением Добровольческой армии, группы Савинкова должны были выступить на Москву. Но операция провалилась. Группам Савинкова пришлось оставить Ярославль, где в течение двух недель они снискали расположение населения, боявшегося контрнаступления большевиков.

По советским официальным данным, летом 1918 г. в районах, находившихся под контролем большевиков, из-за политики продразверстки, которая велась продовольственными отрядами и комитетами крестьянской бедноты, созданными в июле, произошло 108 «кулацких бунтов». Разворачивалась настоящая партизанская война, свидетельствующая о возобновлении вечного конфликта между двумя общественными силами, на которые делилась русская нация: деревня повернулась против города, а город - против деревни. После революции было столько же крестьянских бунтов, сколько и до Октября.

24 июня 1918 г. ЦК левых эсеров, резко выступавших против подписания Брест-литовского договора и все больше критиковавших аграрную политику Ленина, решил «в интересах русской и международной революции . организовать ряд террористических актов в отношении виднейших представителей германского империализма».

Это решение не должно было оставаться в тайне, «чтобы в этой схватке партия не была использована контрреволюционными элементами, постановлено немедленно приступить . к широкой пропаганде необходимости твердой, последовательной интернациональной и революционно-социалистической политики в Советской России». Левые эсеры - неисправимые утописты, верные последователи политических воззрений Лаврова и Бакунина и террористических традиций народничества, подготовили покушение на немецкого посла фон Мирбаха. Он был убит 6 июля левым эсером, сотрудником ВЧК Блюмкиным. После этого эсеры безуспешно попытались осуществить государственный переворот, арестовав большевистских руководителей ВЧК Дзержинского и Лациса. Поскольку не было предварительного плана действий воинских частей, верных эсерам, они оставались на месте, продолжая охранять ЦК своей партии. Только одному отряду из 20 человек удалось захватить Центральный телеграф и отправить несколько телеграмм в провинции, приостанавливающих действие всех приказов, подписанных Лениным. Эсеры даже не попытались захватить другие стратегические пункты столицы, и через несколько часов восстание было подавлено. Большевики отдали приказ о срочном аресте всех эсеровских руководителей и левоэсеровских депутатов съезда Советов, сессия которого проходила в Большом театре. Мария Спиридонова была арестована, приговорена к одному году тюремного заключения, но потом помилована. Большевики не решились спровоцировать народное негодование чрезмерной строгостью по отношению к виновным в покушении на Мирбаха, одобренном народом. Большевики воспользовались восстанием, о котором, по некоторым источникам, Дзержинский был заранее информирован, и решили избавиться от эсеров в политическом отношении. Их газеты были запрещены. На заседании съезда Советов было разрешено остаться лишь тем эсерам, кто согласился «категорически отказаться от своего участия в событиях 6 и 7 июля». Многие левые эсеры дезавуировали свой ЦК в надежде остаться в Советах. На практике их участие в политической жизни свелось к минимуму, и через несколько месяцев эсеров удалили из всех местных органов.

Силы, оппозиционные большевикам, были очень неоднородны. Они сражались с большевиками так же, как и между собой.

Левые эсеры не имели ничего общего со сторонниками Савинкова, а самарский Комуч - с царскими офицерами, собиравшимися свергнуть омское правительство. Тем не менее летом 1918 г. оппозиционные группы, казалось, объединились и стали реальной угрозой большевистской власти, под чьим контролем осталась только территория вокруг Москвы. Украину захватили немцы. Дон и Кубань - Краснов и Деникин, Ярославль - Савинков. Народная армия, собранная Комучем, занимала территорию вплоть до Казани, белочехи перерезали Транссибирскую магистраль. 30 августа террористическая группа (савинковского толка) убила председателя петроградской ЧК Урицкого, а правая эсерка Каплан тяжело ранила Ленина. Ко внутренней оппозиции прибавилась вскоре иностранная интервенция. )