Тем не менее, положение народа не улучшалось. В 1606г. начались волнения на юге России. Восстание Ивана Болотникова в советской историографии называют крестьянской войной. В настоящее время доказано, что крестьянской войны как таковой не было, поскольку крестьяне не составляли большинство восставших, народ не видел в нём своего защитника, не было призывов изменить существующий строй. Это восстание было частью гражданской войны в России. Сам Болотников называл себя воеводой царевича Дмитрия. В восстании активное участие принимали и дворяне (Ляпунов, Трубецкой). Заняв ряд городов, Болотников отступает к Туле. Там в 1607г. он терпит поражение, дворянские отряды ему изменили. Шуйский обещает Болотникову жизнь. Но его сослали в Каргополь, ослепили и утопили.
Уже в 1607г. появляется новый самозванец. Связано это было в первую очередь с тем, что правительство Шуйского не могло улучшить социально-экономическую ситуацию в стране. Вообще, период правления Василия Шуйского (1606-1610) всегда является важнейшим аргументом абсолютной самодержавной власти в стране. Общество окончательно раскололось, создалась реальная угроза потери независимости страны. Лжедмитрий II, собрав огромное количество сторонников, обосновался в селе Тушино. У него там был собственный патриарх, Боярская Дума, Земский Собор. Мало того, Марина Мнишек признала Лжедмитрия II своим мужем.
Не имея собственных сил для борьбы с самозванцем, Василий Шуйский обратился за помощью к Швеции. Это немедленно привело в 1610г. к войне с Польшей, а главное - Россия потеряла суверенитет. 17 июня 1610г. бояре и дворяне потребовали отречения Василия Шуйского от царского престола. Одновременно должна была прекратиться какая бы то ни была деятельность Тушинского лагеря. Стороны договорились о выборе нового царя. Было образовано правительство из 7 бояр (наиболее знатных родов - семибоярщина). Оно пригласило на русский престол польского королевича Владислава. Фактически 1610-1613гг. русским царём был польский королевич. Этот факт был выброшен из истории Российского государства. Сложилась уникальная ситуация, когда отец воевал с сыном. Сигизмунд посчитал, что русский трон - это слишком много для Владислава.
Для России, наверное, в последний раз в истории, сложилась уникальная альтернатива развитию. Ведь если бы Владислав и Сигизмунд смогли бы договориться о прекращении войны, Владислав не спешил бы вводить польские порядки, не тронул бы православия. После смерти Сигизмунда был вариант вхождения России в Европу. Объединения не произошло бы. Владислав постепенно мог бы приобщить Россию к Европейской культуре. Но этого не произошло. Прежде всего, православная церковь реально почувствовала наступление на свои права. Со своей стороны сделала всё, чтобы не допустить Владислава к русскому престолу.
В 1611г. в Рязани собирается первое ополчение. К марту оно осаждает Москву, создаёт высший орган власти Совет всей земли. Когда встал вопрос о штурме Кремля, был выпущен документ "Приговор всей земли", по которому крестьяне и холопы должны были вернуться в крепостную зависимость, казаки не имели права занимать какие-либо должности. Т.е. всё возвращалось к ситуации до смуты. Казаки позвали Ляпунова на круг и убили его. Осаду Москвы продолжали казаки во главе с Заруцким и князем Трубецким. В это время поляки развили наступление, взяли Смоленск.
Осенью 1611г. в Нижнем Новгороде было созвано второе ополчение, его возглавил князь Пожарский, а инициатором был Козьма Минин. Второе ополчение осаждает Москву, и после длительной осады Кремля в октябре 1612г. польский гарнизон во главе с Ходкевичем капитулировал. Польских интервентов удалось изгнать из России, а Владислав остался королём (по крайней мере, он так считал).
В январе 1613г. состоялся Земский Собор. Было несколько претендентов на русский престол. Владислав был одним из первых. От него требовали принятия православия, признания "крестоцеловальной записи" Василия Шуйского. На это он отвечал отказом, к тому же его отец Сигизмунд был против царствования своего сына в России. Владислав боялся потерять как русский, так и польский престол. Другим претендентом был сын шведского короля Карла IX Карл Филипп. Когда шведы захватили Новгород, новгородцы вынуждены были признать его русским царём, даже без признания его остальными землями. Таким образом, создавалась реальная угроза отпадения Новгородских земель от России. Среди других претендентов были Дмитрий Иванович Пожарский, сын Лжедмитрия II и Марины Мнишек - "Ворёнок" и сын митрополита Филарета Михаил Романов.
В советской историографии существует точка зрения, что Михаила Романова выдвинуло на престол боярство с главным аргументом: "Миша, де, Романов молод, разумом ещё не дошёл и нам будет поваден". На самом деле причины избрания Михаила на русский престол значительно глубже. Его фигура представляет собой классический компромисс. Он был удобен всем и каждому. Поскольку Романовы - один из самых знатных и старых боярских родов (причём среди них были и жертвы опричнины и сами опричники, следовательно, он гарантировал безопасность сторонникам и противникам Бориса Годунова), он был удобен для бояр. Казачество видело в нём сына своего "патриарха" Филарета (Тушинский лагерь), значит, амнистия была им обеспечена. В своё время значительная часть дворянства поддержала польского королевича Владислава, а Филарет возглавлял делегацию в Польше. Этот факт мог бы вспомнить кто угодно, но только не Михаил, т.к. Филарет - его отец. Таким образом, для дворянства Михаил был не менее удобен, чем для других сословий в России. Для крестьянства и посадских людей новый царь был символом независимости и православной веры.
Михаил Романов дал обязательство, подтверждённое "крестоцеловальной записью" не править Земским Собором и Боярской Думой.
В 1617г. был подписан Столбовский мир, согласно которому шведы возвращали России Новгород, Псков, Старую Руссу, Ладогу, а русские уступали Швеции Ивангород, Ям, Копорье, Корелу. Кроме того, Россия должна была выплатить Швеции 20 тыс. руб. Условия мира были тяжелы для России, но необходимы для восстановления разрушенного хозяйства. В 1616г. Владислав вновь заявил о своих претензиях на русский престол. Русский народ не желал повторения польской интервенции. В 1618г. между Россией и Польшей было заключено Деулинское перемирие, (на 14,5 лет), но Владислав не отказался от претензий на русский трон и царский титул, но Романовых признал. Россия отстояла свою независимость, хотя лишилась Смоленска и Чернигово-Северских земель. Из Польши вернулись русские пленные, в т.ч. и Филарет.
Итоги смуты: в экономике - разорение и запустение страны, около 50% пашни заросло лесом, такого не было даже после нашествия Золотой Орды, особенно пострадали юг и запад; во внешней политике - исконный русские земли потеряны, их возвращение заняло целый век.
Кобрин утверждал: "Романовы устроили всех - таково свойство посредственности. Страна нуждалась не в ярких личностях, а в людях, способных спокойно и настойчиво вести консервативную политику. Почти на целый век оказалась отложена модернизация страны". )