Русские войска действовали на территории Казанского края, не переходя башкирской границы. Вместо войск к башкирам, были направлены послы с грамотами, которые известили: пусть никто не убегает и пусть каждый остается при своей вере, соблюдает свои обычаи. Политика правительства Ивана IV по отношению к башкирам оказалась верной. Положение их было таково, что принятие подданства Русского государства стало неизбежным.

После взятия русскими войсками Казани в различных частях Башкирии обратилась борьба с ногайскими и татарскими мурзами, которые поддерживала часть башкирских феодалов.

В основе этой борьбы лежало стремление башкирского народа освободиться от многовекового гнета чужеземных ханов.

Первыми приняли подданство Русского государства западные башкирские племена, входившие ранее в Казанское ханство. Документы, по которым можно было бы точно дотировать присоединение западных башкир, не сохранились. Это событие произошло, видимо, некоторое время спустя после взятия Казани, так как московское правительство, занятое подавлением движения в Казанском крае, не могло до 1554 г. активно осуществлять свою политику в Башкирии. Можно предположить, что западные башкирские племена вошли в состав России примерно в течение 1554 - начало 1555 гг.

3. Присоединение племен центральной и южной Башкирии.

Вслед за западными башкирами подданство Русского государства, приняли племена центральной и южной Башкирии. Но если западные башкирские племена с падением Казани получили возможность свободного выбора нового сюзерена и через некоторое время получили подданство Русского государства, то башкиры, которые находились под властью ногайских мурз и князей, не сразу освободились от их господства. В середине XVI в. Ногайская Орда пережила процесс распада, от главной орды отходили подчиненные ей улусы. Среди ногайских мурз появились сторонники, как Русского государства, так и Крымского ханства. Русское правительство не раз посылала послов к ногайцам, пытаясь склонить их на сторону Москвы. В результате длительной дипломатической борьбы князь Исмаил, возглавлявший Большую Орду, В 1557 г. признал себя вассалом Русского государства.

Орда быстро теряла свое могущество. Положение Большой Орды усугубилось еще и тем, что в 1554 г. стихийные бедствия привели к сильному голоду в Поволжье и Приуралье, результаты которого были катастрофичны. Засуха, чума, голод, свирепствовали в течение ряда лет, это привело к гибели десятки тысяч людей.

В напряженной обстановки борьбы с ногайцами, упорно цеплявшимися за сохранения своей власти над башкирами, в 1555 г. в состав Русского государства вошли башкиры племен мин.

За несколько лет до падения Казани, минцы подчинялись ногайскому хану Тюря – Баба - Туклясу, ставка которого располагалась на территории современной Уфы. В связи с успешным продвижением русских на Восток и Казанскими событиями, хан и его мурзы бежали на Кубань. Они пылись силой увести с собой подвластных им башкир, однако натолкнулись на упорное сопротивление.

Следующим крупным этапом было вхождение в состав России одновременно группы юга - восточных племен: бурзян, кыпсак, усерган. Их племенной союз занимал обширную территорию на Южном Урале, восточная и южная границы которой шли примерно от современного Верхнеуральска по течению реки Урал до ее поворота на юг, западнее Оренбурга. Северные границы тянулись по верхнему течению реки Белой до ее поворота на север.

Накануне принятия русского подданства племена бурзян, кыпсак, тимьян и усерган, были подчинены жестоким правителям ногайскому мурзе Бусаю и Бию Актулиму. Ослабление Ногайской Орды, доброжелательное отношение русского правительства к башкирам, вхождение северо-западных племен в состав Русского государства позволили башкирам юго-восточных племен, открыто подняться против своих угнетателей. В результате выступления четырех башкирских племен, власть ногайских мурз была сломлена.

В обстановке острой борьбы с ногайскими властителями, башкиры четырех племен выбрали представителей и послали в Казань с челобитьем о принятие в русское подданство. Это было не позднее конца 1555 - начала 1556 года. Большим следствием присоединения юго-восточных башкирских племен к Русскому государству, явилось получением силы от царя Ивана IV жалованных грамот на владения землями.

В течение 1556 г. и начала 1557 г. в составе русского государства оказалось почти вся территория Башкирии, кроме северо-восточной зауральской части.

Обстановка, обусловившая историческую закономерность добровольного присоединения башкирских племен к России, настолько назрела, что вхождение всей европейской части Башкирии в состав Русского государства произошло в исторически короткий срок, начиная с момента падения Казанского ханства до середины 1557 года.

4. Принятие русского подданства северо-восточного (зауральского) башкирами.

Вхождение северо-восточных башкирских племен в состав России с присоединением к Русскому государству Западной Сибири.

В середине XVI века присоединение огромных зауральских пространств становится одной из важнейших задач внешней политике России. Интерес к Сибири обуславливался как возросшими экономическими потребностями государства, так и интересами безопасности его восточных границ. После падения Казани, Россия оказалась в непосредственном соседстве с Сибирским ханством, куда входили зауральские башкиры.

Под постоянной угрозой вторжения со стороны Сибирского ханства была основная часть Башкирии, вошедшая в состав России. Кучум и его вассалы организовали набеги на русские поселения, грабили торговых людей и сборщиков ясаков. По сообщениям летописей, в составе отрядов Кучума, совершивших крупные походы в Прикамье и на Западный Урал в 1572 и 1581 гг. были и башкиры, которые еще не приняли русского подданства. Возможно, они участвовали в набегах сибирского хана по его принуждению.

Политика Кучума и возросшие экономические потребности Русского государства, убедили Москву в необходимости активной борьбы против Сибирского ханства. Первый серьезный удар по Сибирскому ханству, был нанесен казачьим атаманом Ермаком, отряд которого после многочисленных боев с войсками Кучума (26 октября 1582 г.) занял столицу Кучума (Кашлык).

Часть населения Сибирского ханства, начала переходить на сторону Ермака. Положение Кучума стало критическим, он оставил свою столицу и скрылся в степях. Однако сибирский хан мог еще собраться салами и в любой момент напасть на ослабевших в боях казаков. Ермак обратился в Москву за помощью к Ивану IV, но, несмотря на воинское подкрепление, Ермаку не удалось закрепить победу. В августе 1585 г. он попал в засаду и погиб, а остатки его дружины покинули Сибирь. К осени 1585 г. власть в ханстве вновь перешла Кучуму.

В конце XVI века русское правительство приступило к более прочному освоению Сибири, создавая там укрепленные опорные пункты, города, остроги с военными гарнизонами и содействуя переселению в Сибирь крестьян из центральных областей страны. В 1586-1587 гг. в самом центре Сибирского ханства были построены город Тюмень и острожек глобальск, а в 1598 г. на р. Туре, в Западной Сибири, возникла крепость Верхотурье, которая стала официальными "воротами в Сибирь".

По свидетельству сибирских летописей уже в 1582 г население Сибири стало принимать русское подданство. В лице русских служивых людей и казаков народы Сибири видели защитников от грабежа и эксплуатации со стороны татарских феодалов и соседних феодальных государств.

Строгановская летопись (Спасский список) называет реки, по которым жили народности принявшие русское подданство в 1586 г. по Каме и по Чюсовой, и по Усве и по Сылве, и по Яйве и по Обве, и по Инве, и по Косве и по иным рекам” В районе этих рек жили также и башкиры, которые, как известно по сохранившимся источникам, участвовали в набегах хана Кучума в 1572 и 1581г. на русские поселения в Пермском крае. Значит, вместе с другими народностями указанного края и башкиры в 1586 г вошли в состав русского государства. В том же году приняли русское подданство и остальные башкиры, ранее находящиеся под властью Сибирского ханства. Исключение составили лишь отдельные группы башкир табынцев, сынрянцев и мякотинцев, которые оставались приверженцами Кучума и его сыновей. )