Подготовка крестьянской реформы проходила в обстановке дальнейшего нарастания крестьянского движения. Если за 1857 г. властями было зафиксировано 192 разного рода крестьянских выступлений, то за 1858 г., когда подготовительные мероприятия правительства приобрели гласность, — уже 528. Сам факт начала подготовки реформы послужил толчком к крестьянским выступлениям. В донесениях губернаторов, губернских предводителей дворянства, офицеров корпуса, жандармов и полиции за 1858 г. постоянно указывалось, что крестьяне чаще всего восставали, «увлекаемые слухами о свободе», «прослышав о вольности из крепостного состояния», «превратно толкуя распоряжения правительства об улучшении их быта». Но о размахе крестьянского движения за последние предреформенные годы следует судить не только по числу отдельных волнений. Здесь особое значение приобрело массовое брожение в крестьянстве, готовое перейти в общее восстание. Донося о случаях открытых крестьянских выступлений, местные власти сообщали, что еще большее количество крестьян охвачено «скрытым волнением». Это никак не согласуется с успокоительным отчетом Департамента полиции за 1858 г.: «С обнародованием предположений об улучшении быта помещичьих крестьян они с большим терпением и доверием к правительству ожидают окончания этого дела, не выказывая никаких особенных признаков неприязни к владельцам».
Хотя судьбы крестьянства решались в губернских комитетах и центральных учреждениях, готовивших реформу, а сами крестьяне были устранены от участия в деле, касавшемся их жизненных интересов, тем не менее, ни помещики, ни правительство не могли не считаться с настроением крестьянства, которое оказывало значительное воздействие на ход подготовки реформы. Большое впечатление на царское правительство произвело восстание крестьян в 1858 г. в Эстонии. Еще в 1816 г. эстонские крестьяне получили личную свободу, но без земли — ее они должны были арендовать у своих бывших помещиков за прежние феодальные повинности. В 1856 г. было издано новое «Положение», которое явилось даже шагом назад по сравнению с реформой 1816 г., так как усиливало зависимость крестьян-арендаторов от помещиков и лишало перспективы приобрести землю в собственность. Восстание охватило десятки тысяч крестьян. На усмирение его были посланы крупные воинские силы. Это восстание воочию показало опасность безземельного освобождения крестьян. В связи с этим 4 декабря 1858 г. Главный комитет принял новую программу реформы, предусматривавшую предоставление крестьянам их наделов в собственность посредством выкупа, правительственное содействие выкупу путем организации кредита и введение крестьянского самоуправления в рамках сельской общины. Именно эта программа и легла в основу проекта «Положений о крестьянах, выходящих из крепостной зависимости».
Вместе с тем еще в начале 1858 г., в связи со сложившейся в крепостной деревне напряженной обстановкой, Александр II одобрил проект «Положений о временных генерал-губернаторах», которые наделялись, по сути дела, неограниченной властью на местах. Проект, однако, не был реализован, ибо встретил недовольство дворянства, усмотревшего в нем подрыв своих позиций в местном управлении.
4 марта 1859 г. в качестве «рабочего» органа при Главном комитете были учреждены Редакционные комиссии, на которые возлагалось рассмотрение материалов, представленных губернскими комитетами, и составление проектов законов об освобождении крестьян. Одна комиссия должна была подготовить проект «Общего положения о крестьянах», другая —«Местных положений о поземельном устройстве крестьян». Но фактически обе комиссии в своей деятельности слились в одну, сохранив множественное наименование — Редакционные комиссии. Это был вневедомственный, «нетрадиционный» орган, который проделал основную работу по подготовке проекта «Положений о крестьянах». Хотя он и числился при Главном комитете, но пользовался самостоятельностью, будучи подчинен непосредственно императору. Редакционные комиссии подразделялись на финансовый, юридический и хозяйственный отделы. В их состав входили 38 человек: 17 — представители министерств и ведомств и 21 эксперт — от местных помещиков и ученых. Это были компетентные и в своем большинстве либерально настроенные деятели. Председателем Редакционных комиссий был назначен Я. И. Ростовцев — близкий к Александру II и «беспоместный» (не имевший ни земли, ни крепостных крестьян, следовательно, не принадлежавший ни к какой «помещичьей партии»). Он последовательно проводил правительственную линию, не поддаваясь влиянию ни «справа», ни «слева» и пользуясь постоянной поддержкой Александра II.
Ростовцев собрал все законодательные акты о крестьянах, все поступившие проекты крестьянской реформы, материалы секретных комитетов, специальные журналы и оттиски статей по крестьянскому вопросу, в том числе и запрещенные в России заграничные герценовские издания, которые посылались ему из III отделения императорской канцелярии. «Колокол» Герцена постоянно лежал на столе Ростовцева. В 1859—1860 гг. было издано 25 томов «Материалов Редакционных комиссий» и 4 тома «Приложений» к ним (статистических данных о состоянии помещичьих имений). После смерти Ростовцева в феврале 1860 г. председателем Редакционных комиссий был поставлен министр юстиции В. Н. Панин, известный своими крепостническими взглядами. Однако он не мог сколько-нибудь существенно изменить деятельность комиссий и повлиять на содержание подготовленных к тому времени проектов.
Обилие разнообразной документации по крестьянскому вопросу, поступавшей в Главный комитет, вызвало необходимость создания в марте 1858 г. при Центральном статистическом комитете Министерства внутренних дел Земского отдела, призванного заниматься разбором, систематизацией и обсуждением всех дел, связанных с подготовкой реформы. Первоначально председателем Земского отдела был назначен А. И. Левшин, позже Н. А. Милютин — один из самых образованных и талантливых государственных деятелей той эпохи, сыгравший немалую роль и в Редакционных комиссиях, где он являлся, по свидетельству современников, «правой рукой» Ростовцева и «главным двигателем реформы».
Губернские комитеты занимали в целом консервативные позиции, обусловленные корыстными интересами местного дворянства. Большинство губернских комитетов выступало за сохранение на неопределенный срок временнообязанного состояния крестьян и требовало при его прекращении возврата помещикам крестьянских наделов. Редакционные комиссии не пошли навстречу этим притязаниям. Но и в самих Редакционных комиссиях не было единства мнений: шла острая борьба по вопросам конкретных норм наделов и повинностей, о функциях крестьянского сельского управления.
В августе 1859 г. проект «Положений о крестьянах» Редакционными комиссиями был в основном подготовлен. Предполагалось сначала обсудить его с депутатами от губернских комитетов. Решено было вызывать их в Петербург отдельными группами. В конце августа 1859 г. было вызвано 36 депутатов от 21 комитета, а в феврале 1860 г. — 45 депутатов от остальных комитетов. Вызванным в Петербург депутатам было запрещено собираться вместе, подавать коллективные мнения, даже общаться между собою (за этим следила полиция).
Проект «Положений о крестьянах», представленный депутатам, был, подвергнут ими резкой критике. Депутаты «первого приглашения» считали установленные Редакционными комиссиями нормы крестьянских наделов завышенными, а повинности за них — заниженными. Депутаты «второго приглашения», представлявшие главным образом черноземные губернии, настаивали на сохранении в руках дворянства всей земли, а также вотчинной власти помещиков. Редакционные комиссии вынуждены были пойти на некоторые уступки этим требованиям: в ряде черноземных губерний были понижены нормы крестьянских наделов, а в нечерноземных, преимущественно с развитыми крестьянскими промыслами, повышены размеры оброка и предусмотрена так называемая «переоброчка» — пересмотр размеров оброка через 20 лет после издания «Положений о крестьянах». )