Захват Восточного Туркестана и Семиречья открыл монголам путь в Среднюю Азию через Южный Казахстан. С целью выяснения обстановки в Мавераннахре Чингиз-хан направил хорезмшаху Мухаммаду послание с извещением о своих победах в Северном Китае и покорении «страны тюрков» и предложением мирного договора с гарантиями безопасности торговых сношений между обоими государствами. Султан Мухаммад выразил свое согласие на мирный договор с владыкой Монголии.
После возвращения послов Чингиз-хан отправил в Среднюю Азию торговый караван во главе с Омар-Ходжой Отрари, Джамалом Марата, Фахр ад-Дином Дизаки Бухари, Амин ад-Дином Харави. Всего в караване, состоявшем из 500 верблюдов, нагруженных золотом, серебром, шелком, мехами и другими предметами, было 450 человек, включая и монголов-лазутчиков, по приказу Чингиз-хана присоединенных к среднеазиатским купцам. Многолюдный караван в своем необычном составе прибыл в середине 1218 г. в Отрар. Правитель Отрара, наместник султана Мухаммада, Гайр-хан Йиналчук, очевидно, обеспокоенный странным для торговцев поведением людей этого каравана, объявил, по словам ан-Насави, что прибывшие в Отрар, хотя и прибыли в обличье купцов, но не купцы. То ли с ведома хорезмшаха, то ли самовольно он задержал купцов, а затем истребил их. Караван был ограблен, все богатство убитых перешло к Йиналчуку. Удалось бежать только одному человеку из состава каравана, который и доставил весть об отрарской резне Чингиз-хану. Повелитель монголов отправил к хорезмшаху посольство во главе с Ибн Кафрадж Бorpa, в сопровождении двух татар, с требованием выдачи Гайр-хана Йиналчука и с обещанием в этом случае сохранить мир. Хорезмшах не только не исполнил этого требования, но велел убить неповинных послов, вероятно, считая войну с Чингиз-ханом неизбежной.
Война между Чингиз-ханом и султаном Мухаммадом действительно была неизбежной и причиной тому был не поступок хорезмшаха или его отрарского вассала Йиналчука. Для крупных скотоводческих хозяйств необходимы обширные пастбища, и стремление кочевой знати приобрести новые пастбища неизбежно порождало завоевательные войны. Чингиз-хан понимал, что только завоевательная политики может обеспечить ему верность монгольской знати, удержать ее от измен, заговоров, междоусобий, а созданную империю - от быстрого распада.
В этой политике, которую монгольские феодалы осуществляли на протяжении десятилетий, поход на земли Казахстана и Средней Азии был лишь одним звеном в общей цепи запланированных обширных завоеваний. Как показывают данные источников, Чингиз-хан и не думал ограничиваться захватом империи хорезмшаха; в его планы входили завоевание всей Западной Азии и Восточной Европы, и он заранее отдал в удел своему старшему сыну Джучи еще не покоренные страны к западу от Иртыша и Аральского моря.
Чингиз-хан придавал походу в мусульманские страны большое значение и готовился к нему с особой тщательностью. Началу военных действий предшествовал подробный гбор, посредством мусульманских купцов и перебежчиков, находившихся на службе у монголов, сведений о внутреннем состоянии и военных силах государства хорезмшаха. Изучив добытые сведения и составив на их основе глубоко продуманный план действий, Чингиз-хан и люди его окружения сумели так подготовить войну, что имели возможность в глазах мусульман-современников возложить вину на хорезмшаха.
В сентябре 1219 г. начался поход войск Чингис-хана. Они насчитывали до 150 тысяч воинов, из них монголов — 111 тысяч, остальную часть армии составляли воины вассалов Чингис-хана - уйгуры и карлуки. Маршрут движения монгольских войск в Мавераннахр пролегал от р. Иртыша через самые заселенные и освоенные в хозяйственном отношении районы Казахстана — через Семиречье в район городов Средней и Нижней Сырдарьи. Первой на пути движения монгольских войск на запад оказалась территория Южного Казахстана, где им был дан решительный отпор местным населением. Монголы применили здесь массовый террор и насилие, опустошили целые области и разрушили города. В арабских и персидских исторических сочинениях приведены наименования около тридцати городов в разных странах, где население почти полностью уничтожено монголами. В их числе три южно-казахстанских города — Отрар, Сыгнак, Ашнас.
Падение городов Южного Казахстана.
Источники не дают нам точного определения времени, когда монгольские войска появились перед стенами Отрара. Правитель Отрара Гайр-хан, знавший, что ему нечего ждать пощады от монголов, защищался отчаянно, до последней возможности. Под его началом, согласно ан-Насави, было 20 тысяч воинов. По Джувайни, хорезмшах дал ему 50 тысяч «внешнего войска». «Цитадель, внешние укрепления и городская стена были хорошо укреплены, и было собрано большое количество оружия для войска», - писал историк XIII в. Ала ад-Дин Ата Малик Джувайни. На исходе пятого месяца героической обороны Отрара Караджа-хаджиб, незадолго перед осадой посланный хорезмшахом на помощь Гайр-хану с десятитысячным отрядом, пал духом и, покинув город через ворота «Суфи хане», сдался со своим войском монголам; по приговору царевичей Чагатая и Угедея он был предан вместе с приближенными казни за измену. Но монголы успели ворваться в город и, выгнав из города его жителей «словно стадо баранов», начали повальный грабеж. Однако Отрар еще упорно защищался; Гайр-хан с 20-тью тысячами «подобных львам» смельчаков укрепился в цитадели, для взятия которой монголам понадобился еще месяц. Когда цитадель была взята и все ее защитники полегли, Гайр-хан с двумя оставшимися в живых боевыми товарищами продолжал оказывать сопротивление на кровле здания. Когда пали и эти двое, и уже не оставалось стрел, он бросал в своих врагов кирпичи, которые рабыни подавали ему «со стены дворца»; когда не осталось и кирпичей, монголы, имевшие приказ взять правителя в плен живым, окружили его и связали. «Цитадель и стены были сравнены с землей, и монголы удалились. А тех из простолюдинов и ремесленников, которые избежали меча, они увели с собой для того, чтобы воспользоваться их искусством в ремесле». Чагатай и Угедей в феврале 1220 г. присоединились к Чингиз-хану, когда тот находился на пути между Бухарой и Самаркандом, и доставили ему живого Гайр-xaна Йиналчука. Чингиз-хан приказал расплавить серебро и влить ему в уши и глаза, и тот был умерщвлен в наказание за его «безобразное деяние и мерзкий поступок».
Старший сын Чингиз-хана, Джучи, выделенный для покорения городов по нижнему течению Сыр-Дарьи, прежде всего подошел к Сыгнаку, с жителями которого начал переговоры. В качестве своего представителя он отправил и город мусульманского купца Хасан-хаджжи с тем, чтобы он уговорил жителей сдаться без боя, но «злодеи, чернь и бродяги» возмутились и, умертвив предателя, приготовились к «великой, священной войне». Монголы семь дней и ночей непрерывно осаждали город, наконец, взяли его приступом и, «закрыв врата пощады и милосердия», перебили все население. Управляющим той местности был назначен сын убитого Хасан-хаджжи.
На дальнейшем пути монголы взяли Узгенд и Барчылыгкент, население которых не оказало сильного сопротивления, и потому всеобщей резни не было. Затем монгольский отряд подошел к Ашнасу; город, «большинство воинства которого составляли бродяги и чернь», оказал упорное сопротивление, но пал в неравной борьбе, и множество жителей было перебито. После этого монголы подступили к Дженду, который к тому времени был покинут войсками хорезмшаха во главе с Кутлук-ханом, бежавшим в Хорезм. Узнав об этом, Джучи отправил в город для переговоров Чин-Тимура. Посланник монголов, однако, был дурно принят жителями и получил возможность вернуться живым только потому, что напомнил джендцам о печальной судьбе, постигшей Сыгнак, из-за убийства Хасан-хаджжи, и обещал им удалить монголов от города. Выпустив Чин-Тимура, жители заперли ворота, но не оказали никакого сопротивления. Монголы, подготовив предварительно осадные орудия, приставили лестницы, спокойно взошли на стены и без кровопролития заняли город; затем всех жителей выгнали в поле, где они оставались в течение девяти дней, пока продолжалось разграбление города. Убиты были только несколько лиц, которые своими речами оскорбили Чин-Тимура. Управляющим городом был назначен бухарец Али-Ходжа. Тогда же корпус в один тумен, посланный Джучи, занял Янгикент, и монголы посадили там своего шихнэ — «блюстителя порядка». Все это произошло в течение зимы 1219-1220 гг. и весны 1220 г. )