В Чагатайском улусе, причем главным образом на территории Семиречья, шли бесконечные войны претендентов на власть из числа Чагатаидов и потомков Угэдэя - Чингизидов. В междоусобную борьбу втягивались группировки кочевых феодалов, поддерживавших тех или иных Чингизидов.
В 1251 г. Улус Угэдэя был ликвидирован. Земли были розданы сторонникам великого хана Мунке (сына Тулуя, младшего сына Чингис-хана). Перераспределение владений произошло и в Чагатайском улусе. Феодальные междоусобицы в нем усилились после смерти Мунке, когда великими ханами объявили себя в 1260 г. Ариг-Буга и Хубилай. Продолжавшиеся усобицы и войны вконец разорили местные города и земледельческие оазисы. Рашид ад-Дин отмечал, что в 60-х годах XIII в. «воины Ариг-Буги до такой степени притесняли народ, что в Илийской долине наступил голод, от которого погибло много народа».
Образование независимо от великого хана Хубилая Государства Хайду в 1269 г. означало восстановление влияния феодальной верхушки местного населения. Ими были предприняты попытки на курултае, состоявшемся в этом же году на Таласе, оградить оседло-земледельческое население от дальнейшего разорения. Однако усобицы Чингизидов и длительные войны Хайду оставили решение курултая невыполненным.
Междоусобицы при преемниках Хайду в первой половине XIV в. довершили процесс экономической разрухи в Семиречье. Махмуд ибн Вали писал о борьбе сыновей Хайду и правнука Чагатая Дува-хана: «В то время, когда наши отцы враждовали с вашими и вели борьбу, много людей погибло, области были опустошены, владения (икта) превратились в мираж, а земля на пашнях иссохла . города и строения были разрушены, а люди покинули их и превратились в бродяг». Многие из известных городов Юго-Восточного Казахстана, достигших в домонгольское время высокого уровня развития - Баласагун, Тараз, Алмалык, Алмату, Каялык, Илибалык, Ики-Огуз и другие большие и малые города и поселения, - практически исчезли с карты.
Среди монгольских ханов были сторонники централизованной власти, опирающейся на местную правящую верхушку, на традиции оседло-земледельческой и городской культуры. Наиболее видным из них был сын упомянутого Дува-хана Кебек-хан (1318— 1326 гг.). Он порвал с кочевыми обычаями, переселился из Семиречья в Мавераннахр, провел денежную и административную реформы, содействовал восстановлению и строительству городов Средней Азии. Благодаря его деятельности были восстановлены южно-казахстанские города, входившие в государство Чагатаидов. В середине XV в. от Государства Хайду отделился Могулистан.
Последствия монгольского нашествия для Казахстана.
Монгольские завоевания сопровождались разрушением производительных сил, массовым истреблением людей. Были разрушены города и селения, дворцы и мечети, уничтожены ирригационные системы, заброшены обработанные поля. Тысячи мастеров-ремесленников были угнаны в рабство. Население голодало. Установились более жесткие, чем раньше, формы эксплуатации.
Был прерван завершающий этап формирования кыпчакской народности.
Господство монгольских завоевателей надолго задержало экономический и культурный прогресс народов покоренных ими стран. Тяжелейший урон был нанесен земледельческой и городской культуре Казахстана. По свидетельству Марко Поло (XIII в.) после установления монгольского господства в покоренных странах городам не разрешалось «иметь стены и ворота, дабы не могли препятствовать вступлению войск . Так взнузданные народы остаются спокойны и не возмущаются».
В Семиречье прямого уничтожения городов в момент нашествия не было. Но огромная армия, проследовавшая через Семиречье, не могла не оказать губительного влияния на хозяйство этой области уже во время нашествия, которое сопровождалось беспорядочными грабежами. Значительный упадок городов и земледелия и превращение культурных земель в пастбища произошли уже в ближайшие десятилетия после установления монгольского господства в этом крае.
Вильгельм Рубрук, проехавший через Илийскую долину всего лишь тридцать лет спустя после этого события, засвидетельствовал: «На вышеупомянутой равнине прежде находилось много городов, но по большей части они были разрушены татарами (монголами), чтобы иметь возможность пасти там свои стада, так как там были наилучшие пастбища».
Мирза Мухаммад Хайдар дуглат (XVI в.) пишет, что на огромных просторах Могулистана не осталось ни одного сколько-нибудь значительного города или селения, что все сведения о ранее существовавших городах в его время можно получить только из книг или преданий.
За полтора столетия господства монгольских феодалов некогда цветущая, густонаселенная территория этой части Казахстана с развитой городской культурой и оседло-земледельческим и скотоводческим хозяйством потеряла свое былое экономическое, политическое и культурное значение. Причин этому было несколько.
В силу своего стратегического положения Юго-Восточный Казахстан оказался важной частью захватнических планов монгольских ханов. Здесь находились главные ставки улусных ханов с их многолюдной свитой и многочисленными войсками. Сюда стекались массы монгольских кочевников (до 200 тыс.), сохранявших свою форму хозяйства, которая требовала обширных земельных угодий. Это вызвало резкое сокращение посевных обрабатываемых площадей. Разрушение селений, вытаптывание полей табунами, уничтожение садов и ирригационной системы, замирание торговой жизни городов и прекращение их экономических связей с соседними городами и земледельческими округами - все это постепенно подорвало экономическую и социальную основу существования городов в Семиречье. Долгое время здесь господствовала та группировка монгольской феодальной знати, которая враждебно относилась к городской и оседло-земледельческой культуре и придерживалась методов хищнической эксплуатации населения покоренных стран. Нестабильность политической обстановки на территории Семиречья также способствовала дальнейшему упадку хозяйства и культуры на этой территории. Завоеватели не смогли установить здесь ни твердой власти, ни законности, ни прочного мира.
Покоренное население облагалось тяжелыми податями и повинностями. Поземельный налог, откупы, почтовая повинность, содержание гарнизонов и проезжих воинских отрядов — до двадцати (!) видов, в том числе и воинская повинность — население обязано было поставлять ратников для монгольского войска.
Монгольское завоевание имело и некоторые положительные стороны. Монгольские власти стимулировали развитие торговли, международных связей, ввели повсеместно систему почтовой и ямской службы. Были установлены торговые и культурные связи между прежде далекими народами. По территории улусов двигались торговые караваны, дипломатические миссии, путешественники отправлялись в дальние края и привозили в Европу сведения о далеких странах и народах ранее неведомой Азии.
Монголы, благодаря своей идее централизованной власти объединили прежде неорганизованные племена. Нормы кочевой жизни стал регулировать «Яса» Чингиз-хана - свод обычного права, приспособленного к новым условиям. Впоследствии нормы «Ясы» были в определенной степени использованы при создании казахского кодекса законов «Жеты-жаргы». Многие формы государственности были также использованы впоследствии в государствах, возникших на территории Казахстана в послемонгольскую эпоху. Монгольское завоевание оказало сильное влияние на этнические процессы на территории Казахстана. Однако в целом войны Чингиз-хана и его преемников привели к упадку производительных сил не только завоеванных стран, но и самой Монголии.
Монгольское нашествие и господство разрушили экономическую основу развития хозяйства Семиречья и Южного Казахстана, дестабилизировали процессы объединения этих районов, хозяйственного, этнического, культурного их взаимодействия между собой и с прилегающей обширной степью. В общественных отношениях закрепились самые отсталые формы, вплоть до рабовладельческого уклада. Монголы не внесли ничего нового в общественные отношения в завоеванных земледельческих странах, в частности в Ср. Азии и Южном Казахстане, где феодализм с развитой системой уделов и условных земельных пожалований господствовал уже давно. В степных скотоводческих районах монгольское завоевание привело к укреплению и консервации наиболее отсталых форм феодализма. Кочевое и полукочевое население покоренных стран вошло в улусы Чингизидов и было поделено на десятки, сотни, тысячи с учетом родоплеменной структуры местного населения, что явилось немаловажным фактором, способствовавшим ее закреплению на долгое время. )