Многих студентов-медиков и студентов-лесников издавна объединяла дружба, вызванная отчасти территориальной близостью учебных заведений. Кружок М. Натансона был связан с отдельными революционно настроенными студентами Земледельческого института. Позднее, в октябре 1871 г., АЛ. Натансон перешел в Земледельческий институт и числился студентом института до ноября 1872 г. С. Л. Перовская во время ее жительства на Кушелевке, неподалеку от Земледельческого института, была препаратором в химической лаборатории института, работая там по предложению профессора А. Н. Энгельгардта, предоставившего временный заработок четырем слушательницам Аларчинских женских курсов, на которых он читал лекции по химии.
Первоначальная деятельность кружка была направлена на революционную пропаганду и политическое самообразование учащейся молодежи, на распространение среди передовой части студенчества тенденциозно подобранной легальной литературы, к которой присоединялись по возможности и запрещенные издания. Кружок стремился к тому, чтобы самообразование молодежи шло по единой в общих чертах программе с тем, чтобы готовить таким путем молодое поколение для будущей революции.
1 декабря 1870 г. был арестован и заключен в Петропавловскую крепость профессор Земледельческого института А. Н. Энгельгардт. Вместе с ним были арестованы профессор П. А. Лачинов, студенты Николай и Петр Чирвинские, В. Карпека, Г. Софийский, К. Щербак и еще несколько человек. Началось особое следствие III отделения по поводу беспорядков в Земледельческом институте.
В материалах специально назначенной царем следственной комиссии, расследовавшей дело, говорится «о вредном и опасном политическом настроении воспитанников Земледельческого института, о бывших в нем противозаконных сходках и собраниях, имевших характер агитационных сборищ». По отзывам агентов III отделения, в Земледельческом институте господствует такой дух и такое напряженное состояние, что можно ожидать серьезных беспорядков от самой маловажной причины. Политические взгляды студентов в высшей степени неудовлетворительные. Число студентов, выражающих самые крайние убеждения, велико.
Следствие обнаружило, что воспитанники института имеют кассу взаимопомощи, студенческую библиотеку, кухмистерскую, мелочную лавочку; существуют комиссии: экзаменационная, по распределению пособий и др. Это сплотило студентов в самостоятельную корпорацию со своего рода самоуправлением и вызвало необходимость сходок для обсуждения и решения возникающих вопросов. Все это происходит, говорится далее в следственных документах, на глазах у директора института Е. А. Петерсона и его помощника декана А. Н. Энгельгардта вопреки существующим университетским правилам, распространяющимся на все высшие учебные заведения, а также вопреки временным правилам, изданным в самом институте. Обыском в студенческой библиотеке (заведовавший ею студент К. Щербак был арестован) ничего запрещенного не было обнаружено, однако установлено, что для библиотеки в последнее время приобретались не учебники, необходимые для занятий, а преимущественно книги социально-политического содержания. Почти у всех обысканных студентов были найдены сочинения политико-социального и экономического характера.
Директор института Е. А. Петерсон объяснил комиссии, что он считает существование названных учреждений с самостоятельным ведением дел в них студентами «полезным и необходимым для них практическим упражнением, незаменимым никаким слушанием лекций». Кроме того, следствием было выявлено, что на ходатайство студентов перед руководством института о разрешении вечеров с музыкой, танцами и чтением директор заявил, что в аудиториях и залах вечера не разрешены, но в собственных номерах общежития им не запрещается принимать гостей. Такое попустительство привело к тому, что студенты устраивали по субботам вечера, для чего выбирали два-три соседних номера, из которых в одном танцевали и пели, в другом находился буфет, в третьем читались статьи и обсуждались разные вопросы. Вечера посещались студентами и других учебных заведений, а также некоторыми служащими института, бывали на них и профессора А. Н. Энгельгардт и П. А. Лачинов.
Самая примечательная особенность вечеров состояла в чтении статей и обсуждении вопросов, имевших исключительно политический и социальный характер. На вечерах были прочитаны статьи Ф. Лассаля «Программа работников» и «О сущности конституции», «Очерки по истории труда» Д. И. Писарева, «Цена прогресса» П. Л. Лаврова и другие произведения. Чтения сопровождались прениями, в которых принимали участие и посторонние. Часто случалось, что студенты пели революционные песни. На одном вечере был провозглашен тост: «За Французскую республику, за успех красного знамени, за революцию!»
Временные правила института, изданные в 1868 г., вызвали после их опубликования большое недовольство, вылившееся в шумные студенческие сходки, на которых было принято решение: правил не подписывать, а в случае принуждения подать всем прошения об увольнении из института. По этому поводу профессор А. Н. Энгельгардт предупредил студентов, что правила не могут быть отменены, а подача прошений об увольнении приведет их подателей к безоговорочному исключению из института. После этого студенты правила подписали, предполагая, что строго применять их на деле институтское начальство не будет (так оно и было). Кроме знакомства с политической литературой, на субботних вечерах, по инициативе студента Петра Чирвинского осенью этого же года было организовано чтение лекций самими студентами. Многие из них были посвящены Н. Г. Чернышевскому, некоторые излагали содержание книги А. П. Щапова «Социально-педагогические условия умственного развития русского народа», давали обзор современных конституций по книге А. Лохвицкого и т. д. Следует отметить, что обсуждавшиеся темы и названия политических книг, обнаруженных при обыске у студентов и в студенческой библиотеке, совпадали с программой самообразования и перечнем книг, рекомендованных чайковцами.
У П. Чирвинского при обыске были отобраны его заметки и записки «о покушениях разных лиц на жизнь коронованных особ, о казни декабристов, о больших революциях». В III отделении имелись сведения о его «в высшей степени дерзких и преступных суждениях о правительственных лицах и даже о священной особе государя».
В итоге проведенного следствия Александр II повелел А. Н. Энгельгардту, «принимавшему участие в студенческих сборищах и внушавшему воспитанникам института безнравственность и демократические идеи, воспретить педагогическую деятельность и учредить за ним полицейский надзор. Ввиду же вредного его направления и прежних предосудительных поступков, удалить его из Петербурга и, воспретив выезд за границу, предоставить ему избрать себе место жительства внутри империи за исключением столиц, столичных городов и губерний, где находятся университеты». Профессора П. А. Лачинова «за необнаружением вины» от ареста освободить. Семь студентов были исключены из института и высланы из Петербурга на родину. Среди них К. Щербак, М. Девель, А. Коленко, Г. Софийский и др., отправлен в ссылку в Холмогоры П. Чирвинский, восемь студентов взяты на «замечание».
Е. А. Петерсон был отстранен от должности директора института. Нельзя не отметить прогрессивность взглядов Е. А. Петерсона, его принципиальность и доброжелательное отношение к молодежи. В эти годы Егор Андреевич Петерсон был уже пожилым человеком. В прошлом воспитанник Лесного института, затем преподаватель, один из первых ученых лесничих и позднее профессор, он, по воспоминаниям Н. В. Шелгунова, слушавшего в студенческие годы его лекции, «был новатор, и прогрессист… Только ему мы были обязаны тем, что у нас читалась политическая экономия, изгнанная в то время даже из университетов ., называлась она у нас официально «энциклопедией камеральных наук». Свои взгляды и убеждения Е. А. Петерсон сохранил до преклонных лет и какое-либо отклонение от них считал невозможным. )