Главный центр казачьей организации находился на днепровском Низу, вне пределов досягаемости польской шляхты, властей и войск, и здесь, на свободе развивалось казацкое устройство. Центром является Запорожская Сечь (Сеча, Сеч). Это была огромная и мощная крепость, переносимая то на тот, то на другой из мелких днепровских островов. Земляные валы и деревянный частокол снаружи обвивал ров с водой. В крепостную систему укрепления входили высокие башни с бойницами для пушек, мушкетов и ружей. В укромных местах припрятывались пушки и разные военные принадлежности. Казацкая артиллерия была невелика, но отличалась большой исправностью. Сечь распоряжалась казачьими силами, разбросанными на Запорожье и расселенными на волости. Посередине крепости была большая площадь, а в её центре– церковь Святой Покровы, недалеко стоял столб, возле которого наказывали нарушивших закон Сечи. В пределах форта находилось 38 куреней, каждый имел свое название в зависимости от того, из какой местности были казаки, проживавшие в этом курине. Вне Сечи возле речного порта находился "греческий дом", в котором жили заграничные послы и купцы. Много маленьких островов на Днепре образовали запутанные лабиринты, во глубине которых располагалось место, которое казаки называли Сечевой сокровищницей. В ней стояли казацкие суда (чайки), стояли пушки. Место, расположение сокровищницы, знали только несколько человек.

Основное вооружение казаков составляли: мушкеты, пистолеты, которые казаки всегда носили за поясом, сабля, боевые ножи, кинжалы, келепы, спицы, багры, которыми они стягивали всадников с коней.

Вся численность казацкого войска исчислялась в 1590-х годах в 20 тысяч. Погром 1596 года уменьшил его численность, но с первым десятилетием 17-го века она снова возвращается к прежнему и продолжает затем возрастать. Но большинство казаков проживало и хозяйничало "на волости"; на Низу весной и летом находилось по несколько тысяч казаков, приготовляясь к походам или занимаясь различными промыслами: рыболовством, охотой, соляным промыслом; вели также торговлю с татарами и турками, в определённых пограничных городах. На зиму расходились по разным местам "волости" и мало кто оставался на зимовках. Несколько сот казаков оставалось на Сечи для охраны артиллерии и военных припасов. Зимовать было нелегко– приходилось жить в куренях, кое-как устроенных из лозы или дерева, и прозимовавшие здесь несколько зим считались особенно испытанными и опытными товарищами.

Войско делилось на полки. Официально считалось в начале 17в. четыре полка и в каждом по 500 душ– столько считалось казаков на службе польского правительства. В действительности и полков этих было больше, и казаков в них бывало неодинаковое число– иногда по несколько тысяч (например, в Хотинской войне казачье войско имело 11 полков, и в некоторых полках число доходило до 4 тысяч казаков). Полком правил полковник. Каждый полк имеет своё знамя, своего трубача и довбыша. Он делится на сотни, сотни на десятки или иначе курени. Куренями правят атаманы, сотнями сотники. Разные поручения гетмана исполняет есаул. Артиллерией заведует обозный, её местопребыванием считается город Терехтемиров со своим старым монастырём, пожалованным казакам Баторием для приюта увечных и для военных надобностей; но так как он был слишком удалён от Запорожья и слишком доступен для польских властей, то обыкновенно артиллерия стояла поближе к Низу, а не в этой официальной казачьей столице. Войсковой канцелярией заведовал писарь. Бумаги от имени войска скреплялись войсковой печатью. В своих письмах войско обычно называет себя "войском Запорожским", но часто употребляет также такие обозначения как "рыцарство Запорожское", или "рыцарство войска Запорожского"; в полномочии, данном казацким послам для переговоров с императором, войско называет себя "вольным войском Запорожским". Сами себя казаки называли "товарищами", а всё войско "товариществом". С польской стороны казаков называли вежливо "молойцами" (молодцами), "панами молойцами".

Во главе казацкого войска стоит выборный старшина, которого обыкновенно называют гетманом, часто и сам он именуют себя так в письмах, не только в адресованных к своим, но и к самому правительству, и даже к королю. Правительство же обычно называет их "старшинами": "старший войска Запорожского" таково, собственно, официальное название казацкого вождя. Хмельницкий первый получил официальный титул гетмана, и до него этот титул официально принадлежал лишь главнокомандующим польскими и литовскими войсками.

Казаки очень дорожили правом избирать себе старшого: это была основа казацкого самоуправления. Правда, начиная с первой реформы 1570г, правительство назначало от себя разных начальников над казацким войском, но войско смотрело на них как на комиссаров, назначенных правительством для управления казаками, и к управлению войсковыми своими делами их никогда не допускало.

Все важнейшие вопросы обсуждаются всей старшиной или "радой". Это со правительство гетмана, старшины и войсковой рады подчёркивается в принятых формулах войсковых атак, где выступает не один гетман, а старшина и войско.

Морские походы. У казаков был очень быстрый и манёвренный флот, который состоял из лёгких галер (казацких чаек). Поражали в особенности те ничтожные средства, с какими казаки вступали в борьбу с могущественным турецким флотом. Вот что упомянуто в летописях о морской технике казаков:

Прежде всего высылают они на Запорожье всякие принадлежности,

необходимые для похода и для постройки лодок, затем отправляются сами на Запорожье и занимаются постройкой лодок. За одну лодку принимаются человек шестьдесят и изготовляют одну в две недели так как они мастера на все руки. Основой служит ивовый или липовый челн, длиной в 45 футов; на него набиваются из досок борта так, что получается лодка в шестьдесят футов длины, 10-12 футов ширины и такой же глубины. Кругом челн окружается валиком из плотно и крепко привязанных пучков камыша. Затем устраивают два руля, сзади и спереди, ставят мачту для паруса и с каждой стороны по 10-12 весел.

Палубы в лодке нет, и при волнении она вся наполняется водой, но упомянутый камышовый валик не дает ей тонуть. Таких лодок в течение двух- трех недель 5- 6 тысяч казаков могут изготовить 80- 100. В каждую лодку садилось 50- 70 человек. На бортах лодки укрепляются 4-6 небольших пушек. В каждой лодке квадрант (для определения направления пути). В бочках провиант– сухари, пшено, мука. )