Джефферсон с интересом наблюдает за происходящим. Вся эта подспудная борьба, ее правила и ее участники ему слишком хорошо знакомы. В отношении Вашингтона он пишет: «Я хотел бы, чтобы его честь и его политические ошибки не могли создать повторения ситуации, в которой следует сказать: «Умалите его достоинства, иначе они погубят его страну».

Президентская кампания 1796 года прошла под знаком борьбы федерализма и республиканской партии. Не принимая в борьбе прямого участия, Томас Джефферсон стал лидером республиканцев и ее кандидатом. Он победил в Пенсильвании, повел за собой часть Мэрилэнда, возглавив список во всех южных штатах, за исключением Южной Каролины, где голоса разделились поровну. До победы ему не хватило 4 голосов и президентом стал Джон Адамс – кандидат федералистской партии и старый знакомый Томаса Джефферсона. Второе место давало ему право на пост вице-президента. В беседах два государственных деятеля сумели найти общую платформу их будущего временного сотрудничества. Адамс нуждался в лидере республиканцев для усиления правительственной власти. Томас Джефферсон стремился заручиться обещанием будущего президента не входить в возглавляемую Англией антифранцузскую коалицию, так как обстоятельства последних месяцев, и прежде всего разрыв дипломатических отношений с Францией говорили о такой возможности. Политическая доктрина Джефферсона к тому времени принимает все более отчетливые формы. Говоря кратко, он стал в определенной степени лидером средней и мелкой буржуазии, фермерских масс, глашатаем требований держателей небольших земельных участков. Именно в фермерах он видел основную силу будущей Америки и надеялся увеличить их влияние на федеральное правительство.

Томас Джефферсон волею судеб опять оказался в центре политической борьбы, когда президент колебался, а мощная англофильская фракция была готова придти к союзу с прежней метрополией ради войны. Джефферсон предлагал установить дружеские отношения с Францией, готовящейся к последним битвам с коалицией монархов. Очевидна была перемена в мировоззрении Джефферсона. Два года назад он и слышать не хотел о политической борьбе, теперь же он не мыслит без нее своего существования. Не страшась неизбежных трений партийной борьбы, он встает во главе республиканцев. И делает это вовремя, так как партия на некоторое время лишилась своего координатора действий – поступая по примеру старшего друга Джон Мэдисон удаляется в свой загородный дом. Прежде всего Томас Джефферсон сплачивает республиканскую фракцию конгрессменов. Важную и главную роль в деле консолидации масс Джефферсон отдавал прессе. Постепенно, рассылая во все концы страны письма крупным политическим фигурам с предложением войти в оппозицию, превращают его из символического главы партии в ее главного стратега. В июле 1797 года он уже стоит во главе партии. Вокруг него образуется круг доверенных лиц. Касаясь политической карьеры Джефферсона следует заметить, что его многогранная натура и проницательный ум никогда не испытывали полного удовлетворения от одной лишь политики. Даже в момент наивысшего напряжения душевных сил в политической борьбе он стремится найти отдушину в ученых занятиях. Однажды он сказал, что привязанности его души принадлежат «свободе и науке – кровной дочери свободы». Свободу он рассматривает как первое и непременное условие исследование. Как и все великие представители Просвещения, Томас Джефферсон считал, что «у истины нет отчизны, она абсолютна для всего рода человеческого», поэтому он всячески поощрял расширение контактов между учеными различных стран. В марте 1797 года Джефферсон занимал не только пост вице-президента, но и место президента Американского философского общества – пост первого ученого страны. Занимая эту почетную должность он сказал, что его горячим желаем является «видеть знания, распространившиеся среди человечества до таких пределов, что они наконец достигнут противоположностей общества, нищих и королей». Этот пост он занимал до 1814 года.

1797-1798 годы были для Джефферсона очень напряженными и проходили под знаменем борьбы с федералистской партией, которые в закамуфлированном виде проводили политику изменения характера правления США. Он выставляли многочисленный требования к Адамсу. В результате анализа развития событий 1798 года Джефферсон приходит к выводу, что следует нанести реакции ответный удар. К тому времени создалась уже достаточно громоздкая система республиканской партии. В основном она существовала как оппозиция правящему федерализму, не имела широкой программы конструктивных реформ и в будущей позитивной деятельности полагалась скорее не на согласованные единые проекты, а на убеждения своего руководства. Широкие взгляды Томаса Джефферсона, соединившего в своей политической философии немало противоположных начал, давал партии ту платформу, в которой она нуждалась для борьбы пред избирательными урнами. Однако, в программе Джефферсона можно было выделить три основных принципа:

1. избежать превращения республики в монархию, то есть сохранение феодальной конституции и прав штатов;

2. свобода слова, совести, право народа подвергать критике власти и противостоять им; поощрение развития науки;

3. свободная торговля со всеми нациями, никаких политических союзов с одной из них;

Главным же принципом было стремление «держаться подальше» от воюющей Европы. Это единственных шанс сохранения независимости.

С такими требованиями подошла партия республиканцев во главе с Томасом Джефферсоном к новым политическим выборам 1800 года. К ним Джефферсон готовился активно, использовал не применяемые ранее способы. В частности, была опубликована краткая биография Джефферсона с комментариями – первая биография Джефферсона. Насколько известно, ни одна из последующих президентских кампаний в США не потребовала специального биографического освещения жизни претендента.

Раскол и ослабление партии федералистов, а также продуманная политика и тактика действий в предвыборных условиях позволили Джефферсону победить на выборах. 12 декабря 1800 года было объявлено об итогах президентских выборах с перевесом в 8 голосов. Он стал третьим президентом США.

Государственная деятельность заполнила уже половину жизни Томаса Джефферсона, когда в возрасте 57 лет он готовился занять высший пост в стране. Испытав взлеты и падения, горечь долгого и унизительного молчания и радость мимолетного триумфа, он смотрел на будущие, самые трудные годы спокойно и просто, готовый выполнить свой долг.

Программа, изложенная Джефферсоном, достойна внимания. Во внешней политике: «Мир, торговля, честная дружба со всеми нациями, обязывающих союзов – ни с кем». О началах распределения между федеральным правительством и штатами говорилось: «Поддержка правительств штатов во всех их правах как наиболее компетентное разрешение наших внутренних задач и как наиболее надежный оплот против антиреспубликанских тенденций; сохранение общего управления в его полной конституционной силе как залог мира внутри страны и внешней безопасности». Демократический способ правления, полагал Томас Джефферсон, требует минимального бремени налогов: «Экономия общественных средств, чтобы ослабить налоговый пресс на трудящихся». Общедемократические принципы: «Распространение информации, предоставление главных вопросов на суд общества; свобода религии; свобода прессы; свобода личности». Таким представил свое политическое кредо Джефферсон и таким, по его словам, были убеждения большинства американцев. Страна должна высказать и сделать законом свои убеждения, она должна идти за республиканцами, так как «республиканцы – это нация». Также он решился привлечь на свою сторону низшие и умеренные слои партии противника и сделал широкий примирительный жест: «Мы все – республиканцы, мы все – федералисты». Итак, предлагая объединиться на началах демократии, Томас Джефферсон признает эти начала основополагающими не только для одной партии, но и для всей страны. Как глава демократического движения он стремился к такому федеральному устройству, которое поощряло бы внутреннее самоуправление, увеличивало бы, насколько это возможно, социальную базу государственной власти. Вступив на пост президента, он сделал доступным для чтения и осмысления свое инагурационное послание –«Великую хартию вольностей» в политике, как называли ее республиканцы. Этот документ отразил веру Томаса Джефферсона и его окружения в то, что, добившись равенства граждан пред законом, они вместе со всей страной вступают в новый этап развития, где не будет сверхбогатства и злосчастной бедности. Это была политическая платформа, рассчитанная в значительной степени на избирателей, ждавших от нового правительства реформ и перемен. )