Президенту Джефферсон предназначал роль проводника внешней политики, функции же внутреннего управления фактически предавались в руки штатов. Полагаясь на практику местного самоуправления, он стремился привлекать к делу решения политических и экономических проблем сами штаты. Децентрализация внутреннего руководства казалась ему необходимой предпосылкой демократии. Он писал: «Наша страна слишком велика для того, чтобы всеми ее делами вершило одно правительство. Слуги общества, находящиеся на далеком расстоянии, без надзора со стороны своих избирателей, окажутся по причине этой отдаленности неспособными управлять и не будут уделять должного внимания всему, что необходимо для справедливого управления гражданами. Это же обстоятельство, лишающее избирателей возможности контролировать своих избранников, толкает слуг общества к коррупции, казнокрадству и мотовству». Также сразу он принял четкий внешнеполитический курс: всемерно избегать вольного или невольного вмешательства в европейские дела, справедливо полагая, что в любом случае опасности вмешательства превышают возможные преимущества.

Получив власть, Томас Джефферсон с немалой грустью замечает, что не всесилен в создании желанной для него Америки фермеров. Вообще же, философ 18 века сокрушается, когда видит, что желанное «царство разума» обращается откровенным царством капитала. Он негодует при виде господства власти денег, но признается в своем бессилии. Пребывание Джефферсона на вершине власти означает для него трагедию и крах его личных концепций. Вступив в должность президента, он пренебрегает своими прежними идеалами, правилами и представлениями, отражая интересы буржуазного государства и его правящего класса. Не согласием управляемых, а силой государственной власти представлен он теперь на половине территории Соединенных Штатов. Таким же образом оказались попранными интересы гуманности в отношении индейцев Луизианы, которая была приобретена в 1803 году. Поддержка Джефферсона массами и политиками, а также его активная политическая деятельность позволили ему остаться в должности президента и на второй срок. На третий срок, несмотря на просьбы и достаточно крепкие позиции республиканской партии, он не остался.

Оценивая годы президентства Томаса Джефферсона, Адамс писал ему в 1813 году: «Характер вашей оценки в истории нетрудно предсказать. Ваша администрация будет подаваться философам как пример глубокой мудрости; политикам она будет подаваться как слабая, поверхностная и близорукая». Размышляя о том, как оценивали его управление, Джефферсон отмечал: «Правительства, которое бы регулировало свою деятельность исходя их того, что разумно и справедливо для многих, не подверженного влиянию местнических и своекорыстных интересов тех немногих, кто направляет его дела, возможно, еще не существовало и на земле. И если оно и существовало на какой-то момент при рождении нашего правительства, то не очень-то легко было бы определить продолжительность его существования. И все же я полагаю, что оно существует здесь в большей мере, чем где бы ни было .»

День инаугурации Мэдисона завершил большую, сложную, противоречивую главу в жизни Томаса Джефферсона. Он отказался проехать к месту церемонии в экипаже Мэдисона, заявив ему: «Все почести с этого дня принадлежат вам». Джефферсон ехал верхом безо всякого сопровождения, теряясь в толпе поздравляющих. Он вошел под Купол Капитолия, чтобы сказать: «В этот день я возвращаюсь к народу, и мое место среди него». Своему другу Дюпону он писал: «Никогда еще узник, освобожденный из своих цепей, не чувствовал такого облегчения, какое испытал я, сбросив оковы власти. Природа предназначала меня для спокойных занятий наукой, отдав им мой высший восторг. Но требования времени, в которое я жил, принудили меня сопротивляться моим естественным побуждениям и погрузить себя в бурный океан политический страстей. Благодарю Бога за возможность выйти из него».

Таким образом, Томас Джефферсон вышел из активной политической борьбы в 60 лет. В одиночестве, подавляемый психологическим грузом недавних испытаний, он находит опору в философских взглядах, которые он выработал на протяжении всей жизни. У истоков его моральной философии стояли Эпикур и стоики. Учение Эпикура он называет впитавшим все рациональное из того, что оставила моральная философия Греции и Рима. Стоиков античности, по его мнению, полным и верным образом отразило учение Эпиктета, заключившее в себе суть стоицизма, «все остальное – лицемерие и гримаса».

Идеализм Платона, популярного в то время, начисто отвергается Джефферсоном. Идеи Платона, считает он, выведены из мистицизма, непостижимого человеческому разуму. Некоторые из направлений христианской религии восприняли идеи Платона, чтобы держать паству тумане отвлеченных догм.

Сократа Джефферсон воспринимает только в изложении Ксенофонта, а наиболее превратным его толкованием считает пересказ Платона. Сенека, по мнению Томаса Джефферсона, был выдающимся моральным философом. Как одно из ответвлений античной мысли рассматривает он учение Иисуса Назарета. «Эпиктет и Эпикур дают законы управления собой, Иисус дополняет их обязанностями в отношении других». Христианство воспринимается Джефферсоном как этап в развитии философской мысли. Религия для него скорее сумма жизненных правил и поведения, как пишет он в одном из писем: «Я всегда судил о религии других по их жизни». И добавляет: «Меня тоже мир должен судить по этому же критерию» .

Отойдя от государственных дел он продолжает свою разностороннюю деятельность, в частности, продолжает усовершенствование агротехники: смену удобрений, применение плугов различной формы, различный цикл смены культур на одном участке.

Также он продолжает сбор книг для своей библиотеки, которая считалась культурным оазисом США того времени и послужила основанием Библиотеки конгресса, ныне одной из крупнейших в мире.

Вплоть до 1814 года Томас Джефферсон оставался президентом Американского философского общества – практически американской академии наук. Его вкладом в работу общества явилась критика философии Юма и Белкстона, разбор философии эпикурейцев, сравнительный анализ классификаций органического мира Линнея, Кювье и Блюменбаха, описание и характеристика американских и сибирских, разбор новой испанской конституции, работы по математике, стандартам мер и весов, языкознанию.

В политическом плане большая часть письменного наследия тех лет была направлена против Верховного суда США. Томас Джефферсон считал, что пожизненное назначение судей, узурпированное (как он полагал) право судить о конституционности тех или иных законов представляют собой первостепенную опасность для демократических процессов.

Другая важнейшая тема – соотношение прав федеральной власти и власти штатов. Земледелец не получает в буржуазном государстве должного влияния, и Томас Джефферсон предлагает ввести систему дробления графств – наименьших административных единиц на еще более мелкие части. «Это будут простые, чистые в политическом смысле республики, сумма которых, взятая вместе, образует штат и воссоздает подлинную демократию, вникающую в ежедневные ближайшие заботы самых мелких своих частей» 27. Подобное предположение – одна из последних попыток обосновать возможность в Америке аграрной демократии. Он и сам слабо верит в проект децентрализации: «У меня мало надежд на то, что поток консолидации может быть оставлен» .

Одной из важнейших национальных проблем США того времени был вопрос о рабстве.

Находясь в сердцевине края, где рабовладение отстаивает истину, что цвет кожи не влияет на умственные и душевные качества, что все расы равны. В 1809 году Томас Джефферсон пишет своему европейскому корреспонденту аббату Грегуару: «Никто из живущих не желает искренне, чем я, видеть полное развенчание сомнений, которые я сам ранее разделял выражал, о степени понятливости, присущей им (неграм) от природы, я пришел к выводу, что в этом отношении они нам равны». Здесь нетрудно обнаружить отвлеченную философия Джефферсона, трудно совместить с ней практическую деятельность владельца Монтиселло. Пользуясь трудом рабов, Джефферсон видит путь их эмансипации в долгой эволюции от поколения к поколению. Семена, породившие такое отношение к рабству, впитаны им с детства, все его вирджинское окружение не мыслимо себе иной системы жизни для «чернокожих». Это вопрос – один из тех пунктов, где чувство справедливости у Томаса Джефферсона тускнеет и доходит до моральной слепоты. )