n Уничтожить деление в мирное время на армии и корпуса, высшей тактической единицей считать дивизию.
n Разделить территорию всего государства на несколько военных округов.
n Во главе округа поставить начальника, на которого возложить надзор за действующими войсками и командование местными войсками, а также поручить ему заведывание всеми местными военными учереждениями.
Таким образом Милютин предложил создать территориальную, окружную систему, при которой снабжение и материально-технические функции возлагались на штаб округа, а оперативное командование сосредоточивалось в руках дивизионных командиров. Новая система заметно упрощала военное управление и устранялся существенный недостаток - крайняя централизация управления в министерстве.
В соответствии с этим указывалось на необходимость создания 15 военных округов: Финляндского, С - Петербургского, Балтийского (Рига), Северо-Западного (Вильно), Царства Польского, Юго-Западного (Киев), Южного (Одесса), Московского, Харьковского, Верхневолжского (Казань), Нижневолжского (Саратов), Кавказского (Тифлис), Оренбургского, Западно-Сибирского (Омск), Восточно-Сибирского (Иркутск).
Структура главного окружного управления должна была включать в себя: Общее командование и штаб, Окружное интендантство, Артиллерийское управление, Инженерное управление и Врачебно-госпитальное управление.
Уже летом 1862 г. вместо Первой армии были учреждены Варшавский, Киевский и Виленский военные округа а в конце 1862 г. - Одесский.
В августе 1864 г. было утверждено “Положение о военных округах”, на основании которого Командующему войсками округа подчинялись все расположенные в округе воинские части и военные учреждения, таким образом он становился единоличным начальником, а не инспектором, как это планировалось раньше (при этом все артиллерийские части в округе подчинялись непосредственно начальнику артиллерии округа). В пограничных округах на Командующего возлагались обязанности генерал-губернатора и в его лице сосредотачивалась вся военная и гражданская власть. Структура окружного управления осталась без изменений.
В 1864 г. было создано еще 6 военных округов: Петербургский, Московский, Финляндский, Рижский, Харьковский и Казанский. В последующие годы были образованы: Кавказский, Туркестанский, Оренбургский, Западно-Сибирский и Восточно-Сибирский военные округа.
В результате организации военных округов создалась относительно стройная система местного военного управления, устранила крайнюю централизацию Военного министерства, функции которого теперь в осуществлении общего руководства и наблюдения. Военные округа обеспечивали быстрое развертывание армии в случае войны, при их наличии стало возможно приступить к составлению мобилизационного расписания.
Наряду с реформой местного военного управления на протяжении 60-х годов происходила и реорганизация Военного министерства, которая назрела так как в Военном министерстве отсутствовало единство управления и одновременно с этим господствовала доведенная до абсурда централизация. На протяжении пяти лет - с 1862 по 1867 год происходила реорганизация Военного министерства.
Уже в 1862 г. были созданы два главных управления: артиллерийское и инженерное. Эти главные управления по прежнему возглавлялись лицами императорской фамилии.
В 1863 г. была произведена реорганизация департамента генерального штаба. Он был объединен с военно-топографическим депо и Николаевской академией генерального штаба, с наименованием его главным управлением генерального штаба.
В связи с введением военно-окружной системы, в 1866 г. главное управление генерального штаба и инспекторский департамент были объединены в одно управление под названием Главный штаб. Он состоял из шести отделений, азиатской и судовой части, при Главном штабе находился военно-топографический отдел и Главному штабу была непосредственно подчинена Николаевская академия генерального штаба.
В 1868 г. преобразование Военного министерства было закончено, и с 1 января 1869 г. было введено Положение о Военном министерстве, согласно которого оно состояло из императорской Главной квартиры, военного совета, главного военного суда, канцелярии Военного министерства, Главного штаба и семи главных управлений (интендантское, артиллерийское, инженерное, военно-медицинское, военно-учебных заведений, военно-судовое, иррегулярных войск), а также управления генерал - инспектора кавалерии и инспектора стрелковых батальонов и комитета о раненых.
Права военного министра были значительно расширены. Он являлся главным начальником всех отраслей военно-сухопутного управления, однако по ряду вопросов, находившихся в ведении военного совета, руководил не единолично, а лишь как его председатель.
Военный совет также претерпел изменения. Как состав, так и его функции были расширены. Помимо решения законодательных и хозяйственных вопросов, военному совету подведомственно также и инспектирование войск. При нем состоял ряд комитетов: военно-кодификационный, по устройству и образованию войск, военно-учебный, военно-госпитальный и военно-тюремный.
Главному артиллерийскому управлению подчинялись непосредственно артиллерийская академия и училища. При нем состоял артиллерийский комитет, который ведал обсуждением вопросов, касающихся теории, техники и практики артиллерии и ручного оружия, новых изобретений в этой области и распространением научных знаний среди офицеров артиллерии. Начальник главного артиллерийского комитета подчинялся генерал-фельдцехмейстеру (великому князю Михаилу Николаевичу).
По новому штату состав Военного министерства был уменьшен на 327 офицеров и 607 солдат. Значительно сократился и объем переписки. Как положительное можно отметить и тот факт, что военный министр сосредоточил в своих руках все нити военного управления, однако войска не находились в полном его подчинении, т.к. начальники военных округов зависели непосредственно от царя, который и возглавлял верховное командование вооруженными силами.
Вместе с этим организация центрального военного управления содержала в себе и ряд других слабых сторон:
n Структура Главного штаба была построена таким образом, что функциям собственно генерального штаба отводилось немного места.
n Подчинение главного военного суда и прокурора военному министру означало подчинение судебных органов представителю исполнительной власти.
n Подчинение лечебных заведений не главному военно-медицинскому управлению, а начальникам местных войск, отрицательно влияло на постановку лечебного дела в армии.
Одним из направлений в военной реформе являлась военно-судебная реформа. Основной причиной её внедрения было стремление приспособить военные суды к разбору дел, связанных с революционным движением в армии.
15 мае 1867 г. был принят проект военно-судебного устава, на основании которого устанавливались три рода военно-судебных инстанций: полковые суды, военно-окружные суды и главный военный суд.
Полковые суды учреждались в каждом полку. Он состоял из 3-х человек: председателя - штаб-офицера и 2-х членов - обер-офицеров. Состав суда назначался командиром полка и рассматривал дела, аналогичные мировому суду (о нижних чинах). Дела слушались по приказу командира полка и приговор утверждался командиром полка. Процесс судопроизводства в полковых судах исключал состязательность.
Военно-окружные суды создавались при военных округах. Ему были подведомственны все дела о генералах, штаб- и обер-офицерах, чиновниках военного ведомства. Отдача под суд решалась командиром части. Процесс судопроизводства предполагал состязательность.
Главный военный суд создавался при Военном министерстве, в качестве “верховного кассационного суда”. Председатель и члены суда назначались из генералов непосредственно царем. Функции главного военного суда заключались в следующем: обсуждение дел в связи с кассационными жалобами и протестами, рассмотрение дел о о пересмотре приговоров по вновь открывшимся обстоятельствам, решения о передаче суду лиц в генеральском звании, обсуждение законодательных вопросов, наложение дисциплинарных взысканий на лиц военно-судебного ведомства. )