Менее успешной была деятельность Витте в сфере аграрного сектора экономики, хотя полностью возлагать вину за это на него, очевидно, нельзя. При всем своем неприятии дворянских претензий к правительству он предпринял немало усилий но обеспечению помещиков средствами для модернизации их имений. Продолжая линию своих предшественников, он активизировал деятельность кредитных учреждений по выдаче ссуд землевладельцам и сельским хозяевам. За 1895-1905 годы объем долгосрочных ссуд, выданных ипотечными банками под залог земли, превысил миллиард рублей. К выдаче краткосрочных кредитов (соловексельных, подтоварных и т. п.) помимо Государственного банка были привлечены частные кредитные учреждения (акционерные банки, общества взаимного кредита). Условиями кредита и строгим контролем за их выполнением Витте пытался форсировать капиталистическую перестройку помещичьих хозяйств. Однако этот процесс в силу сохранения крепостнических пережитков, последствий мирового аграрного кризиса, ряда тяжелых неурожаев и т. д. шел крайне медленно.
В крестьянском вопросе Витте долгое время оставался ярым сторонником консерваторов славянофильской закваски, полностью разделяя законодательные меры Александра III по сохранению патриархально-попечительных начал в российской деревне. Так, в 1893 году он выступал горячим сторонником указа о сохранении общины и неотчуждаемости надельных земель. По его мнению, «общинное землевладение наиболее способно обеспечить крестьянство от нищеты и бездомности» . Вместе с тем он считал, что положение крестьянства не так уж и тягостно, как это описывалось в литературе. Даже голод 1891 года он склонен был приписать изъянам статистики.
Однако но прошло и пяти лет, как Витте понял, что тяжелое экономическое положение деревни ведет к падению платежеспособности крестьян и что это, в свою очередь, подрывает государственный бюджет и внутренний рынок промышленности. Выход из обострявшегося кризиса он видел в ликвидации правовой обособленности крестьян, их имущественной и гражданской неполноправности. В октябре 1898 года он обращается к Николаю II с запиской, в которой уговаривает царя «завершить освобождение крестьян», сделать из крестьянина «персону», освободить его от давящей опеки местных властей и общины. Проведение реформы сулило, по его расчетам, блестящие перспективы — 3—4 миллиарда рублей ежегодных поступлений бюджетных доходов, что укрепило бы мощь России .
Но предложение главы финансового ведомства создать специальную комиссию по этому вопросу тогда не было принято. Царь даже не ответил на его обращение. Это и понятно. Дела, казалось, шли блестяще, экономическая конъюнктура шла в гору. И Витте пришлось временно отступить. Когда государственный секретарь А. А. Половцев в апреле 1900 года в частной беседе напомнил ему о записке, тот ответил, что сомневается, «чтобы нашелся человек, который решился бы произвести необходимый для экономического подъема переход от общинного владения к подворному» . Лишь разразившийся финансовый и промышленный кризис, неурожаи 1899 и 1901 годов, крупные крестьянские выступления 1902 года заставили Николая II создать ряд комиссий и совещаний для пересмотра крестьянского законодательства и выработки мер по подъему сельского хозяйства.
Витте возглавил один из важнейших таких межведомственных органов — Особое совещание о нуждах сельскохозяйственной промышленности (1902—1905 годы), сыгравшее заметную роль в разработке нового курса аграрно-крестьянской политики правительства. И опять свою программу ему пришлось разрабатывать и отстаивать в ожесточенной борьбе с реакционно-консервативными помещичьими и бюрократическими кругами, настроения которых выражала Редакционная комиссия по пересмотру крестьянского законодательства, возглавлявшаяся тем же В. К. Плеве, ставшим к тому времени министром внутренних дел. Борьба между ними шла с переменным успехом, носила подчас ожесточенный характер, с применением всего арсенала средств, особенно характерных для абсолютистских режимов,— интриги, клевета, использование придворной камарильи и т. п., когда все решалось завоеванием расположения монарха. Витте проиграл и вынужден был оставить пост министра финансов. Но разработанная им программа по крестьянскому вопросу сыграла немаловажную роль в процессе выработки правительством нового курса аграрной политики, предвосхитив в основных чертах последующее столыпинское законодательство.
Основные положения своей программы Витте изложил в известной «Записке по крестьянскому делу» (Спб., 1904). В ней он утверждал, что главным тормозом развития деревни и модернизации сельскохозяйственного производства является правовое «неустройство» крестьян, их имущественная и общественная неполноправность, это крайне отрицательно сказывается на ведении ими личного хозяйства. Одним из важнейших таких депрессивных факторов являлась, по его мнению, община, сковывавшая крестьянскую предприимчивость, тормозившая рационализацию хозяйства. На каком-то историческом этапе, отмечал он, община сыграла свою роль, «естественную и даже полезную в условиях примитивного земледелия и неразвитого гражданского общества .» (с. 84—85). Но в условиях становления такого общества и развития товарно-денежных отношений она утратила свое первоначальное назначение. Несостоятельными оказались и расчеты правительства использовать общину в фискальных целях и как средство предотвращения пролетаризации крестьянства и либеральнонароднические надежды на использование ее в качестве переходной формы к кооперативным союзам, посредством которых на Западе решались многие экономические и социальные проблемы. К тому же, указывал он, община служит одним из важных пунктов в теоретических построениях сторонников социалистических и коммунистических учений. Эти построения, на его взгляд, с экономической точки зрения совершенно нереальны, утопичны. «По моему убеждению, — писал Витте,— общественное устройство, проповедуемое этими учениями, совершенно несовместимо с гражданской и экономической свободой и убило бы всякую хозяйственную самостоятельность и предприимчивость». Но с точки зрения политической они представляют определенную опасность для режима, потому что «уравнительные порядки расшатывают понятия о твердости и неприкосновенности прав собственности и представляют самое удобное поприще для распространения социалистических понятий» (с. 85).
Панацею от всех бед он видел в укреплении крестьянской земельной собственности и постепенном уравнивании крестьян в правовом отношении с остальным населением империи. С этой целью, полагал он, необходимо предоставить крестьянам, внесшим выкупные платежи, право свободного выхода из общины с выделением причитающегося им надела, как это и предусматривалось Крестьянским положением 1861 года. Община должна со временем превратиться в простой союз земельных собственников, объединенных чисто хозяйственными интересами. Все остальные ее функции перейдут к специально созданной мелкой земской единице - волостному земству или всесословной волости. Волостные же суды и обычное право должны быть заменены со временем общегражданскими установлениями.
Вместе с тем, излагая свою программу, Витте обязан был исходить из противоречивых установок Николая II, данных им в манифесте от 26 февраля 1903 года и в указе Сенату от 8 февраля 1904 года, согласно которым, с одной стороны, в основу трудов комиссии и совещания должен был быть положен принцип сохранения неприкосновенности общины и незыблемости надельного землевладения, а с другой стороны -- «изысканы способы к облегчению отдельным крестьянам выхода из общины». И, видимо, эта противоречивость его не смущала. Наоборот, и сословной обособленности надельного землевладения он видел наилучший способ сохранения мелкой земельной собственности. Неприкасаемость же общины он трактовал как запрещение любых способов насильственного воздействия на выход из общины, так и принудительного удержания в ней ее членов. В практической своей деятельности он добился отмены наиболее архаичных статей крестьянского законодательства, таких, как круговая порука, телесные наказания крестьян по приговору волостных судов. Не без его участия были облегчены условия переселения крестьян на свободные земли, расширена деятельность Крестьянского банка, изданы законы и нормативные правила о мелком кредите. Так в аграрной программе Витте причудливо переплетались буржуазные начала и феодальные пережитки. )