Стали собирать приношения, давали «третью деньгу», то есть третью часть имущества, как «порешил мир». Набрав достаточно денег, решили искать воеводу. По указанию Минина избрали князя Д. М. Пожарского, который жил в ста верстах от Нижнего в своей вотчине, лечась от полученных ран. Пожарский согласился с тем, чтобы кто-нибудь из пасадских людей ведал хозяйственной частью ополчения - «у того великого дела были и казну собирал», при чем указал на Минина.
Недостаток военной силы и денег заставил нижегородцев написать окружную грамоту к другим городам. На их призыв откликнулось много городов, и первым был г. Коломна. Когда известие о новом ополчении дошло до Кремля, то сидевшие там взаперти московские бояре увещевали народ грамотами в Кострому и Ярославль, быть верными Владиславу и грозили вместе с поляками пaтриapxy, чтобы он убедил нижегородцев также остаться верными Владиславу. Но Гермоген был непреклонен и сказал: «Да будет над ними милость от Господа Бога и от нашего смирения благословление». Это были последние слова патриарха , которому поляки перестали спускать в подземелье пищу, и он 17 февраля 1612 г. скончался мученически, голодною смертью.
Медленно продвигался Пожарский к Москве, так как он не один управлял войском, при кото-ром был земский собор, что ясно видно из грамоты от 7 апреля посланной из Ярославля во все города, в которой князь просил прислать ему «выборных для царскаго обирания», то есть избрания. 14 августа 1612 г. народное ополчение, под предводительством князя Пожарскаго, прибыло к Троице-Сергеевской Лавре, где было встречено архимандритом Дионисием, любимцем погибшего Гермогена, со всею братией и расположилось тут на последний стан перед Москвой.
Десять дней спустя, 24 августа, произошел самый страшный бой, когда бились с рассвета до сумерек. Окопы и остроги по шести раз переходили из рук в руки. Со страшным уроном гетман Хоткевич принужден был отступить к Воробьевым горам и боле не дерзнул подступать к Москве.
Засевшие в Кремле поляки ужасно голодали. Вместе с ними ту же участь несли и захваченные ими русские бояре, в числе которых находился и боярин Иван Никитич Романов с своим племянником Михаилом Федоровичем и его матерью инокинею Марфою.
Наконец, после долгих переговоров, 22 октября 1612 г. ополчение двинулось на приступ, и казаки взяли Китай-город, но поляки решились еще держаться в Кремле, выжидая прихода подмоги. А шедший к ним на выручку король Сигизмунд, три раза подступал к Волоколамску, три раза был отражен и ушел обратно. Узнав об этом, поляки вышли из Кремля с условием, чтобы им была сохранена жизнь.
Ополчение, очистив Москву, должно было заключить свою победу избранием царя, для чего Пожарский призвал по 10 выборных от каждого города, но были города, приславшие большее число своих представителей, так Нижний-Новгород прислал 19 человек.
Всего было 277 подписей под грамотой избрания Михаила Федоровича , из них 57 принадлежат духовенству, 136 боярам и высшим служебным чинам, а остальные 84 - городским выборным.
Вначале собор распался на партии и по выражению летописца: «на многие дни бысть собрания людям, дела же утвердити не могут и всуе метутся смо и овамо». Какой-то дворянин из Галича подал письменное мнение, что ближе всех по родству к прежним царям стоит Михаил Романов, а потому его и надо выбрать в цари. Раздались голоса противников, но в это время из рядов выборщиков подошел к столу донской атаман и положил на него писание. «Какое это писание ты подал атаман?» - спросил его князь Пожарский. «О природном царе Михаиле Федоровиче», ответил атаман, который будто бы и решил дело. Это было 7 февраля на предварительном избрании, а окончательный выбор был отложен до 21 числа, и в города были отправлены люди, чтобы узнать мнение народа. Посланные вернулись с известием, что у всех одна мысль: «быть государем Михаилу Федоровичу Романову, а опричь его никак никого на государство не хотеть». В неделю православия, первое воскресенье Великого поста, 21 февраля 1613 года, были назначены окончательные выборы. Каждый чин подал письменное мнение, и во всех их значилось одно имя - Михаила Федоровича.
Тогда несколько духовных лиц с боярином во главе посланы были на Красную площадь, и не успели они с возвышенного места спросить народ, кого хотят в цари, как все закричали: «Михаила Федоровича»!
Летописец отмечает, что Михаила Федоровича просили на царство «сродственного его ради соуза (союза) царских искр», а Авраамий Палицын называл Михаила «избранным от Бога прежде его рождения».
Но чуть было новое злодейство не разрушило мечты русского народа. Михаил Федорович с матерью своей, после московской осады, уехал в свою Костромскую вотчину, село Домнино, где едва не подвергся нападению шайки поляков, которая в 1613 году пробралась в Галицкий и Костромской уезды. Факт пребывания поляков в Железно-Боровском монастыре, всего в 15-20 верстах от Домнина установлен историей. Отсюда они искали дороги в Домнино, чтобы убить новоизбранного царя и тем самым вызвать смуту, выгодную для них. Они не дошли до Домнина каких-нибудь 2-х верст, встретившийся им домнинский крестьянин Иван Сусанин, бывший доверенным лицом Романовых, чувствуяя опасность, повел их в противоположную сторону – к селу Исупову, а в Домнино послал своего зятя, Богдана Сабинина, к царю Михаилу Федоровичу с известием о грозящей опасности и советом укрыться в Ипатьевском монастыре, близ самой Костромы, построенном в XIV столтетии мурзой Четом, предком Годунова. Этот монастырь поддерживался вкладами Бориса, а при Лжедмитрии был подарен последним Романовым, как полагают, за все то, что они потерпели от Бориса. Нарочно бродя по Исуповскому болоту и соседним лесам целую ночь и утро следующего дня, несмотря на пытки, Сусанин не открыл злодеям местопребыния Михаила Федоровича и был ими изрублен в селе Исупов. Другой крестьянин, оставшийся безымянным совершил такой же подвиг близ Волоколамска.
В 1839 г. во время царствования императора Николая I в Костроме сооружен памятник царю Михаилу Федоровичу и крестьянину Ивану Сусанину.
Итак Михаил Федорович после московской осады жил в Костромской вотчине, и в Москве не знали, где он находится. Поэтому, посольство, состоявшее из Феодорита, архиепископа Рязанского и Муромского, Авраамия Палицына, Шереметьева и др., отправилось сперва в Ярославль, а оттуда в Кострому, куда приехав, 14-го марта, сопровождаемое крестным ходом, при. огромном стечении народа, пошло в Ипатьевский монастырь уведомить об избрании и бить челом Михаилу Федоровичу и его матери инокине Mapфе. Но послы встретили сильное нежелание согласиться на избрание со стороны, как сына, так и его матери. Инокиня Марфа не хотела видеть своего сына на престоле, а юный избранник отвечал послам: «с великим гневом и плачем», что он государем быть не желает. Марфа говорила послам, «что сын её не в совершенных летах, да и Московскаго государства всяких чинов люди измалодушествовались: дав свои души прежним государям, не прямо служили». Затем, опасаясь за сына, она указывала, что в такое время, «когда совершился ряд измен вокруг престола и прирожденному государю трудно быть в Московском государстве». Послы уверяли, что Михаилу Федоровичу нечего опасаться чего-нибудь подобного, потому что теперь люди Московского государства «наказались и пришли в соединение». Долго пришлось послам уговаривать и мать, и сына, наконец, усилия их увенчались успехом - Михаил дал свое согласие, а мать благословила его иконою.
Из Костромы Михаил Федорович с матерью уехал в Ярославль. Оттуда он писал земскому собору о своем соглашении на избрание, а также о том, чтобы ему все «верой и правдой служили». Земский собор отвечал, что люди со слезами благодарят Бога, молятся о царском здоровье и просят его скорее приехать в Москву: «тебе бы великому государю нас сирых пожаловать быть в царствующий град поскорей». Но Михаил Федорович не торопился в Москву, так как хотел, чтобы земский собор немного устроил дела, водворив порядок, а также позаботился приведением в исправность дворцов в Кремле. Лишь 16 апреля царь «пошел» к Москве, ведя переписку с собором, а также с боярами, которые доносили, что приготовили для государя комнаты царя Ивана, да Грановитую палату, а для матери его хоромы в Вознесенском монастыре, где жила царица Марфа; «тех же хором, что государь приказал приготовить, отстроить нельзя - денег в казне нет, плотников мало, палаты и хоромы все без кровли, мостов, лавок, дверей и окошек нет - надобно делать все новое, а лесу пригодного скоро не добыть». )