Единственно приемлемое решение для президента было в отмене отделившимися южными штатами своего заявления о независимости и возвращении в союз - это открыло бы, как недвусмысленно выразился Линкольн, простор для переговоров по вопросу рабства. Прежде всего для него важно было сохранение нации, хотя он и испытывал природную неприязнь к южной общественной системе. 22 августа 1862 года он отвечал радикально-республиканскому издателю "Нью-Йорк Трибюн" Хорасу Грилий на вопрос, почему он медлит с освобождением рабов: "Моей^высшей целью в этой борьбе является сохранение союза, не сохранение или уничтожение рабства. Если бы я смог спасти союз, не освободив ни одного единственного раба, я бы сделал это, и если бы я мог спасти его, освободив всех рабов, я бы сделал это, и если бы мог спасти его, освободив одних рабов, а других не освободив, я бы сделал это. Что я предпринимаю в вопросе рабства и для цветной расы, я делаю потому, что верю, это поможет сохранить союз . Этим я объяснил здесь мое намерение, которое рассматриваю как официальный долг. И не намерен изменять мое часто высказываемое личное желание, что все люди везде должны быть свободны".

Несколько недель спустя после этого письма, 22 сентября 1862 года, когда войска южных штатов после битвы под Антейтэм вынуждены были уйти из Мериленда, Линкольн счел, что наступил подходящий момент для обнародования давно созревшего решения: он издал предварительную декларацию свободы, согласно которой все рабы, находящиеся после 1 января 1863 года в "мятежных штатах", объявлялись свободными. Это географическое ограничение должно было обеспечить лояльность населения в пограничных штатах и в уже занятых областях. Она означала также уступку умеренным избирателям на Севере, для которых уничтожение рабства не являлось мотивом для войны, но которые понимали, что этот шаг может облегчить победу союза.

Часть радикальных республиканцев критиковала декларацию, обосновывая это тем, что она освобождает рабов там, где они в настоящий момент не могут быть освобождены, а именно - на вражеской территории, и не освобождала там, где это было возможно, а именно в оккупированных областях и в пограничных штатах, примкнувших к союзу. Этот безусловно меткий аргумент, однако, не мог скрыть символическую взрывную силу декларации, которая прямо или опосредованно принесла свободу почти трем миллионам рабов.

Декларация свободы действительно революционизировала войну, которая стала борьбой за уничтожение рабства и полное изменение структуры южной общественной системы. Особенно радикальным шагом, ставшим возможным в результате обнародования декларации, был набор негров в армию северных штатов. До конца войны в войска союза вступило почти 180 000 афро-американцев. В основном они были заняты на работах, связанных с укрепительными сооружениями или за линией фронта. Некоторые подразделения, как, например, 54-й полк Массачусетса, отличились храбростью в боях.

Внешнеполитически декларация Линкольна лишила правительства Англии и Франции всякой возможности вступить в войну на стороне Конфедерации. Так как теперь речь шла о войне "за" или "против" рабства, то общественность в обеих странах, которые давно уничтожили рабство в своих колониальных областях, однозначно взяла сторону северных штатов. Линкольн отлично понимал, что декларация свободы не имела прочной конституционно-правовой основы. Только правильно изданное дополнение к конституции могло окончательно решить судьбу рабства еще до окончания войны. Без этого шага рабовладельцы юридически могли бы потребовать назад свое "имущество" - т. е. освобожденных рабов, так как декларация была действительна лишь как военная мера. Поэтому Линкольн сделал все, что было в его власти, чтобы ускорить ратификацию изданного Конгрессом 13-го дополнения к конституции об окончательном уничтожении рабства отдельными штатами.

Среди населения северных штатов после широкой поддержки войны в начале рос ощутимый скепсис, так что "мирные демократы" медленно завоевывали поддержку. Когда в конце 1862 года приблизились промежуточные выборы, то основной задачей момента для Линкольна стало усиление лояльности населения и распространение уверенности в победе. В сентябре, незадолго до декларации свободы, он впервые начал действовать против возрастающих разногласий на "внутреннем фронте". Он отменил право арестованных на судебное слушание - мера, которая юридически позволила быстро и надолго сажать в тюрьму "возмутителей спокойствия", прежде всего дезертиров и коллаборационистов. Это соответствовало лишению основного демократического права, в известной степени - "чрезвычайному закону", но это оказалось чрезвычайно щекотливым и спорным средством, которое "мирные демократы" заклеймили как диктаторское. Фактически "отцы конституции" предвидели, что такой шаг будет необходим в случае мятежа или военного вторжения, чтобы обеспечить общественную безопасность. Но текст конституции не содержал определенных данных о том, кто должен решать: президент или Конгресс. Линкольн интерпретировал положения в духе "президентского руководства" и добился своего, несмотря на возражения Верховного суда, председатель которого Тэни дискредитировал себя участием в приговоре Дрейд-Скотта в 1857 году. До 1864 года Линкольн назначил четырех новых судей. Когда в октябре 1864 года умер Тэни, Линкольн заменил его бывшим министром финансов Салмоном Чейзом, который еще раньше требовал гражданских прав для негров. После этого Верховный суд утвердил право правительства арестовывать гражданских лиц, если этого требуют военные соображения. Так гражданская война - как и другие большие войны в истории США - стала "часом исполнительной власти", и Линкольн дал последующим президентам пример, как можно полностью использовать политические и военные полномочия должности, фактически не переходя границ конституции.

Своими действиями против противников войны на Севере и временной декларацией свободы Линкольн предоставил демократам достаточно аргументов для борьбы на предстоящих выборах Конгресса. Тем временем был уже издан популярный закон о заселении, который облегчал приобретение земли для фермеров на Западе, но последние поражения войск союза в сочетании со спадом производства и быстро растущей инфляцией привели к потерям в республиканской партии. Демократы протестовали против, по их мнению, слишком произвольной интерпретации конституции Линкольном, используя предвыборный лозунг "За конституцию, как она есть, и за союз, каким он был", и требовали возвращения отделившихся штатов без отмены рабства. Хотя отрыв республиканцев в палате представителей уменьшился с 35 до 18 мест, они сохраняли в обеих палатах Конгресса свое большинство.

В январе 1863 года демократы усилили нападки на Линкольна и его стиль ведения войны и потребовали мирных переговоров с конфедератами. На основании таких публичных высказываний был арестован и приговорен военным трибуналом к заключению в тюрьму ведущий лидер этого движения, депутат Конгресса Валландигхэм из Огайо. Линкольн, однако, позволил ему покинуть союз и уехать на Юг. Отмена президентом гарантии Habeas Corpus коснулась в этом случае даже политика. Такие меры предпринимались еще не раз, но это не привело к подавлению оппозиции администрации Линкольна на Севере. Новой внутриполитической искрой послужила военная обязанность, впервые в истории Соединенных Штатов введенная 3 марта 1863 года. Особенно спорными были положения, которые позволяли богатым американцам выставлять вместо себя подставных лиц и откупаться от военной службы. В городах усилилась напряженность, и в июле 1863 года начались волнения и уличные бои, подавленные с применением военной силы. В этих выступлениях протеста погибло более 100 человек, среди них много негров, павших жертвой судов Линча.

Только летом 1863 года Северу удалось эффективно использовать свое огромное материальное и численное преимущество. Перелом наступил в июле 1863 год а в битве под Геттисбергом в Пенсильвании, где столкнулись два войска общей численностью в 160 000 солдат, из которых три дня спустя погибло более одной четверти. Войска союза с трудом смогли удержаться, и конфедераты под руководством генерала Роберта Ли вынуждены были отступить в Виргинию. Почти одновременно войска союза под командованием генерала Улисса Гранта добились успехов на западном фронте и овладели укрепленным городом Виксбергом на Миссисипи. Теперь вся долина Миссисипи находилась в руках Севера, а Конфедерация была разрезана на две части в направлении с севера на юг. 19 ноября 1863 года в Геттисберге Линкольн произнес по поводу открытия большого солдатского кладбища свою самую знаменитую речь, Геттисбергское обращение, вошедшую в мировую литературу. Президент использовал печальный повод для того, чтобы воплотить в слове давно лелеемые мысли о смысле войны. Над могилами погибших он определил значение гражданской войны в десяти предложениях. Используя блестящие формулировки, остановился на фазе основания нации и на основных демократических ценностях, за которые Соединенные Штаты отвечают: равноправие всех людей, их право на свободу и народное правление. Он подчеркнул общность жертв, принесенных северными и южными штатами, и закончил торжественным обещанием, "что эти погибшие умерли не напрасно, что эта нация с божьей помощью переживет возрождение свободы, и что правление народа, благодаря народу и для народа, никогда не исчезнет с лица земли". )