В марте 1864 года Линкольн назначил главнокомандующим Гранта, в котором нашел наконец убедительного военного вождя. Вместе с Уильямом Шерманом и Филипом Шериданом Грант осуществил план Линкольна - широкомасштабное и хорошо скоординированное наступление. Сам Линкольн, который обычно до позд ней ночи просиживал над военными книгами, взятыми из библиотеки Конгресса, разработал для Соединенных Штатов совершенно новую концепцию главного командования, согласно которой его начальник Генерального штаба (Халлек), военный министр (Стентон заменил Камерона) и главнокомандующий (Грант) получали от него самого координирующие указания. Военная гениальность Линкольна в сочетании с недогматичным подходом к комплексным, новым проблемам современного ведения войны была позже многократно оценена.
Выборы президента 1864 года вошли в историю Америки как самые важные. Народ должен был решать, нужно ли продолжать войну или нет - образованная демократами администрация должна была предложить Югу мир. Соперничество внутри республиканского лагеря и появление влиятельных претендентов на пост президента, прежде всего министра финансов Салмона Чейза, не позволяли определенно сказать, будет ли Линкольн переизбран. К тому же один срок пребывания на посту президента стал почти политической традицией, после Эндрю Джексона ни одному президенту не удалось попасть в Белый дом второй раз. В июле Линкольн был выбран кандидатом Партии союза, но еще сомневался в своем переизбрании. Настроение на Севере склонялось к компромиссному решению, и поэтому не исключалась победа демократов, чей кандидат был никто иной, как уволенный Линкольном в конце 1862 года генерал МакКлелан.
Решающей оказалась победа в сражении: взятие Атланты в Джорджии войсками союза под командованием генерала Шермана 2 сентября 1864 года резко изменило общественное настроение, успокоило внутрипартийные разногласия республиканцев и оттеснило в политический тупик демократическую партию с пропагандируемым ею предложением мира. Победу Линкольна можно было рассматривать как однозначное полномочие для продолжения войны и полного освобождения рабов. Президент быстро представил в Конгресс 13-е дополнение к конституции, где оно было принято необходимым большинством в две трети.
К моменту нового введения президента в должность гражданская война была почти выиграна. В своей второй инаугурационной речи 4 марта 1865 года Линкольн вновь затронул темы Геттисбергского обращения и протянул южным штатам руку примирения: "Без зла к кому-либо и с любовью к ближнему для всех, твердо стоя на праве, данном нам богом, будем же и дальше стремиться к тому, чтобы довести до конца начатое нами дело; перевязать раны нации . сделать все, что может дать и сохранить справедливый и длительный мир у нас самих и со всеми нациями". Так он обозначил свою позицию к реинтеграции южных штатов: снисхождение и примирение, а не наказание и расплата должны определять послевоенную фазу.
Между тем наступление Гранта на Ричмонд и еще более пресловутый "бросок к морю" Шермана, оставивший после себя следы опустошения, деморализовали Конфедерацию и положили начало ее поражению. Сначала Линкольн скептически противостоял планам Шермана, потому что, как и Грант, не понимал стратегический принцип "выжженной земли", который придал войне на заключительной фазе "тотальный" характер. 9 апреля 1865 года генерал Ли капитулировал со своей армией в Виргинии, а несколько недель спустя прекратили борьбу остатки войск Юга.
В своей последней речи Линкольн настойчиво высказывался за мирное восстановление южных штатов в союзе. Их реконструкция включала в себя, помимо уничтожения рабства, и начало конфронтации американского общества с положением освобожденных негров. Линкольн понимал фундаментальную задачу правового и политического уравнивания рабов, но еще не знал, как это практически осуществить ввиду расистских позиций на Юге, да и на Севере. Избирательного права для черных мужчин на юге можно было добиться только принуждением, что противоречило идее Линкольна о соглашении и примирении. В этой дилемме потерпел поражение и его преемник Эндрю Джонсон. Но, возможно, и сам Линкольн не был в состоянии справиться с этим чрезвычайным историческим требованием.
Несколько дней спустя после окончания войны, 14 апреля 1865 года, в ложе театра Линкольн был сражен несколькими выстрелами и в ту же ночь умер от ран. Это было первое покушение на американского президента. Покушавшийся - фанатичный и, возможно, душевнобольной южанин, актер Джон Уилкс Бут, который вместе с другими заговорщиками хотел убить ведущих политиков союза.
Время покушения - почти ровно четыре года назад раздались первые выстрелы в форте Самтер - в Страстную пятницу - значительно способствовало созданию мифа о мученике Линкольне. Начало апофеоза его личности обозначилось еще при его жизни и поддерживалось в равной степени белыми соотечественниками и афроамериканцами, которые обожествляли его как "нового мессию". Похоронная процессия, проходившая через многие штаты союза до его родного города Спрингфилда и наблюдавшаяся миллионами людей, стоявшими вдоль дороги, стала манифестацией американской "гражданской религии". К этой светской, гражданской религиозности Линкольн часто взывал в своих речах. Она уже со времен Вашингтона содействовала социальной интеграции однородного населения и еще десятилетия после Линкольна помогала излечить раны гражданской войны. Благодаря примеру Линкольна идея жертвы, которую должен принести каждый и американский народ в целом для сохранения демократических ценностей и принципов, стала значительной составной частью этой "гражданской религии". Не случайно после Геттисберга Линкольн все чаще заменял понятие "союз" словом "нация". Он хотел укрепить внутреннюю сплоченность этой общности, направить людей посредством "мистических звуков памяти", как это было сказано в первой речи при вступлении в должность президента, к общему центру. Высокий, часто кажущийся беспомощным мужчина, иногда меланхоличный до депрессии, но всегда с узнаваемым, хотя и сдержанным чувством юмора, объединял в своем лице важнейшие американские идеалы и добродетели: Линкольн мог по праву считаться спасителем нации, потом освободителем рабов, при этом постоянно настоящий человек из народа и блестящий пример человека, сделавшего себя. К тому же он представлял собой "надрегионального" американца: человек Запада, родившийся на Юге и родственно связанный с ним, он был, однако, типичным "янки".
При всем этом не следует забывать, что во время своего президентства Линкольн подвергался резкой критике. "Мирные демократы" называли его тираном, аболиционисты упрекали в том, что он использует освобождение рабов только как тактическое средство, чтобы ослабить боевую силу Юга. Даже среди его республиканских друзей по партии было много таких, которые тосковали по "сильному мужчине", как Эндрю Джексон. Нет сомнения в том, что Линкольн постоянно совершенствовался в функции президента гражданской войны. После его вторичного избрания смолкли почти все критики, потому что поняли, что никакая другая личность не была бы в состоянии выполнить исторически поставленную задачу.
Президентство Линкольна совпало с войной, имевшей Самые большие потери в истории Соединенных Штатов, потребовавшей более 600 000 убитых (360 000 со стороны союза, 260 000 на Юге). По мобилизации всех имеющихся резервов солдат, материалов и технических возможностей американская гражданская война предвосхитила, по определенным структурным признакам, современные тотальные войны XX века. В конституционном отношении она явилась двигателем централизации, как это доказали создание новой банковской системы на основе Закона о Национальном банке, развитие образования и участие федерального правительства в строительстве железной дороги. Экономически исход войны укрепил пре восходство промышленного Севера, вступившего в стадию ускоренного роста, над аграрным Югом, который не выдерживал этого темпа. )