В соответствии с Законом Российской Федерации "О федеральных органах правительственной связи и информации" ФАПСИ предоставлено право выдачи предприятиям и организациям независимо от форм собственности разрешений на лицензии по созданию и эксплуатации шифротехники, включая средства криптографической защиты технических средств, а также на предоставление услуг засекреченной связи. Защита информации в Российской Федерации должна проводиться организациями, имеющими лицензию ФАПСИ, а средства защиты должны иметь сертификаты агентства.

В статье 1 Закона Российской Федерации "О федеральных органах правительственной связи и информации" о назначении федеральных органов правительственной связи и информации сказано: “Федеральные органы правительственной связи и информации являются составной частью сил обеспечения безопасности Российской Федерации и входят в систему органов федеральной исполнительной власти. Федеральные органы правительственной связи и информации обеспечивают высшие органы государственной власти Российской Федерации, органы государственной власти субъектов Российской Федерации, центральные органы федеральной исполнительной власти, Совет безопасности Российской Федерации (далее - государственные органы), организации, предприятия, учреждения специальными видами связи и информации, а также организуют деятельность центральных органов федеральной исполнительной власти, организаций, предприятий, учреждений по обеспечению криптографической и инженерно-технической безопасности шифрованной связи в Российской Федерации и ее учреждениях за рубежом, осуществляют государственный контроль за этой деятельностью. Федеральные органы правительственной связи и информации в пределах своей компетенции участвуют с Главным управлением охраны Российской Федерации в организации и обеспечении президентской связи.”

Правовую основу деятельности федеральных органов правительственной связи и информации составляют Конституция Российской Федерации, Законы Российской Федерации "О безопасности", "Об обороне", "О внешней разведке", настоящий Закон, другие законы Российской Федерации, а также принимаемые в соответствии с ними нормативные акты Президента Российской Федерации и Правительства Российской Федерации.

Деятельность федеральных органов правительственной связи и информации осуществляется в соответствии с международными договорами и соглашениями, заключенными либо признанными Российской Федерацией.

Федеральные органы правительственной связи и информации издают в соответствии с законодательством Российской Федерации нормативные акты в пределах своей компетенции.

Создание и деятельность политических партий и организаций в федеральных органах правительственной связи и информации не допускается.

Основными направлениями деятельности федеральных органов правительственной связи и информации являются: организация и обеспечение эксплуатации, безопасности, развития и совершенствования правительственной связи, иных видов специальной связи и систем специальной информации для государственных органов; обеспечение в пределах своей компетенции сохранности государственных секретов; организация и обеспечение криптографической и инженерно-технической безопасности шифрованной связи в Российской Федерации и ее учреждениях за рубежом; организация и ведение внешней разведывательной деятельности в сфере шифрованной, засекреченной и иных видов специальной связи с использованием радиоэлектронных средств и методов; обеспечение высших органов государственной власти Российской Федерации, центральных органов федеральной исполнительной власти, Совета безопасности Российской Федерации достоверной и независимой от других источников специальной информацией (материалы внешней разведывательной деятельности, информация по поддержанию управления народным хозяйством в особый период, военное время и при чрезвычайных ситуациях, экономическая информация мобилизационного назначения, информация социально-экономического мониторинга), необходимой им для принятия решений в области безопасности, обороны, экономики, науки и техники, международных отношений, экологии, а также мобилизационной готовности.

Деятельность федеральных органов правительственной связи и информации строится на основе принципов законности; уважения прав и свобод человека и гражданина; сохранности государственных секретов; подконтрольности и подотчетности высшим органам государственной власти Российской Федерации.

Федеральные органы правительственной связи и информации действуют на основе:

единства системы федеральных органов правительственной связи и информации; централизации управления системой федеральных органов правительственной связи и информации; сочетания линейного, территориального и объектового принципов организации деятельности федеральных органов правительственной связи и информации.

Единую систему федеральных органов правительственной связи и информации составляют:

Федеральное агентство правительственной связи и информации при Президенте Российской Федерации (ФАПСИ);

органы правительственной связи и информации (центры правительственной связи, информационно-аналитические органы) в субъектах Российской Федерации;

войска;

учебные заведения, научно-исследовательские организации, предприятия.

Федеральные органы правительственной связи и информации создают структурные подразделения по финансовому, материально-техническому, инженерно-строительному, медицинскому и иному обеспечению своей деятельности.

При Федеральном агентстве действует Академия криптографии Российской Федерации.

ФАПСИ находится в непосредственном ведении Президента Российской Федерации и является центральным органом федеральной исполнительной власти, ведающим вопросами организации и обеспечения правительственной связи, иных видов специальной связи для государственных органов, организации и обеспечения криптографической и инженерно-технической безопасности шифрованной связи, организации и ведения разведывательной деятельности в сфере шифрованной, засекреченной и иных видов специальной связи, специального информационного обеспечения высших органов государственной власти Российской Федерации, центральных органов федеральной исполнительной власти. Возглавляет Федеральное агентство и руководит его деятельностью генеральный директор. Подразделения и части радиоразведки Федерального агентства, обеспечивающие организацию и ведение разведывательной деятельности в сфере шифрованной, засекреченной и иных видов специальной связи, образуют орган внешней разведки Федерального агентства, руководимый генеральным директором и действующий в соответствии с Законом Российской Федерации "О внешней разведке". Федеральное агентство осуществляет государственное регулирование и межотраслевую координацию по вопросам, находящимся в его ведении. Нормативные акты, предписания Федерального агентства в части организации, обеспечения функционирования и безопасности правительственной, шифрованной и иных видов специальной связи обязательны для исполнения государственными органами, а также организациями, предприятиями, учреждениями независимо от их ведомственной принадлежности и организационно-правовых форм с учетом взаимно согласованных требований ведомственных инструкций по организации и обеспечению безопасности шифрованной связи.

Задачи, функции, организация и структура Федерального агентства определяются Положением о Федеральном агентстве правительственной связи и информации при Президенте Российской Федерации, утверждаемым Президентом Российской Федерации по согласованию с Комитетом Верховного Совета Российской Федерации по вопросам обороны и безопасности.

Федеральное агентство организует, руководит и непосредственно проводит работу по направлениям деятельности федеральных органов правительственной связи и информации, издает приказы, указания, положения, инструкции и другие нормативные акты, обязательные для исполнения в системе федеральных органов правительственной связи и информации. )