Указом Президента Российской Федерации от 10 января 1994 года №66 «О структуре федеральных органов исполнительной власти» установлено, что государственные комитеты Российской Федерации обладают равным статусом. Но это в полной мере относится к статусу, во-первых, федеральных министерств, во-вторых, федеральных министерств и государственных комитетов. При этом равенство статуса не исключает различий в объёме и характере конкретных полномочий отдельных министерств и государственных комитетов, определяемых особенностями выполняемых ими задач и функций.

Однако федеральные министерства и государственные комитеты — это конкретные разновидности государственных органов, их правовой статус наряду с общими включает и специфические моменты, главным образом организационно-правового характера.

Федеральные министерства являются единоначальными органами. Они возглавляются министрами, которые по должности входят в состав Правительства и обладают решающими полномочиями по всем вопросам компетенции возглавляемых ими министерств.

В федеральном министерстве образуется коллегия в составе министра (председатель коллегии), его заместителей по должности, а также других руководящих работников системы министерства. Члены коллегии, кроме лиц, входящих в её состав по должности, утверждаются Правительством Российской Федерации.

Коллегия рассматривает наиболее важные вопросы деятельности министерства и принимает соответствующие решения большинством её членов в форме постановлений. Решения коллегии проводятся в жизнь, как правило, приказами министра. В случае разногласий между коллегией и министром министр проводит в жизнь своё решение. Вместе с тем докладывает о разногласиях, в зависимости от формы подчинения министерства, Президенту и Правительству Российской Федерации, либо лишь Правительству, если оно находится только в его прямом подчинении. Члены коллегии вправе сообщить этим лицам своё особое мнение по принятому решению.

Министр издаёт приказы и инструкции, даёт указания по вопросам деятельности министерства и подведомственных организаций.

Юридические особенности функций и полномочий федеральных министерств определяются, во-первых, прежде всего, тем, является ли министерство органом отраслевого или межотраслевого управления; во-вторых, спецификой порученных им сфер и отраслей. Министерства межотраслевой компетенции осуществляют преимущественно функции координации и регулирования, а также решают конкретные вопросы в порядке реализации данной функции.

Министерства отраслевой компетенции осуществляют разноплановые функции, «привязанные» к функционированию и развитию соответствующей отрасли. Они участвуют в формировании государственной политики, а также обеспечивают её проведение в отрасли; разрабатывают и реализуют федеральные целевые и отраслевые программы по развитию отрасли; выступают государственными заказчиками продукции, используемой в отрасли и т.д.

Вместе с тем каждое отраслевое министерство выполняет разнообразные задачи и функции соответствующего отраслевого профиля.

Государственные комитеты по определению должны быть и многие из них действительно являются коллегиальными органами. Государственный комитет возглавляется его председателем, который по должности не входит в состав Правительства. Только в тех случаях, когда статус комитета приравнивается к статусу федерального министерства, а его председателя — к статусу министра, председатель входит в состав Правительства.

Наряду с решающим коллегиальным органом в государственном комитете образуется коллегия в составе председателя комитета (председатель коллегии), его заместителей, руководящих работников комитета и подведомственных ему организаций.

В положениях о такого рода государственных комитетах дифференцируется компетенция комитета как коллегиального органа, его председателя, коллегии, в том числе и правовые формы их решений. Чаще всего комитеты принимают по вопросам своей компетенции постановления, а их председатели — приказы, инструкции, дают указания. Постановления являются межведомственными актами, а акты председателя издаются по внутриведомственным вопросам.

Государственные комитеты, являющиеся единоначальными органами, строятся обычно по модели министерств.

Федеральные ведомства (комитеты, службы и т.д.). Помимо министерств и государственных комитетов к федеральным органам исполнительной власти относятся ведомства в их разнообразных формах — комитеты, службы, агентства. Правовое положение их большинства также имеет общие черты. Перечень ведомств утверждается Президентом Российской Федерации. Он же образует их и утверждает положения о них, либо поручает решение данного вопроса Правительству. Руководители ведомств назначаются на должность и освобождаются Президентом, как правило, не входят по должности в состав Правительства.

Ведомства являются самостоятельными органами исполнительной власти и не могут входить в состав министерств и государственных комитетов. Они, за установленными исключениями, осуществляют свою деятельность под руководством Правительства Российской Федерации.

Среди ведомств имеются органы отраслевой, межотраслевой компетенции, по конкретным проблемам, имеющим значение для Российской Федерации в целом или её субъектов (например, космическое агентство). Среди них имеются коллегиальные и единоначальные органы.

Характерным для правового положения большинства федеральных органов исполнительной власти является то, что они находятся в ведении Правительства Российской Федерации (за исключением органов, подведомственных Президенту Российской Федерации по вопросам, закреплённым за ним Конституцией Российской Федерации, либо в соответствии с законодательными актами Российской Федерации).

В положениях о конкретных федеральных органах вопрос о подчинении их Президенту Российской Федерации решается по-разному. В одних случаях применяется вышеизложенная формулировка, в других устанавливается, что тот или иной орган подведомственен Президенту по вопросам, закреплённым за ним Конституцией Российской Федерации, и подчиняется Правительству Российской Федерации. Следует иметь в виду, что независимо от различий в формулировках во всех случаях, когда руководитель федерального органа входит в состав правительства, такой орган в той или иной степени ему подчиняется.

К федеральным органам исполнительной власти, подведомственным Президенту Российской Федерации по вопросам, закреплённым за ним Конституцией Российской Федерации, либо в соответствии с законодательными актами Российской Федерации относятся, например, министерства обороны, внутренних дел, иностранных дел, юстиции, Федеральная служба охраны Российской Федерации, Служба внешней разведки Российской Федерации, Федеральное агентство правительственной связи и информации, Федеральная пограничная служба Российской Федерации, Федеральная служба налоговой полиции Российской Федерации и др.

Таким образом, Президенту Российской Федерации напрямую подчинены в основном органы, представляющие атрибуты государства как политической организации, обладающей аппаратом принуждения.

Однако характер конституционных полномочий Президента таков, что в силу необходимости их осуществления в сфере его ведения оказываются другие федеральные органы исполнительной власти. Не оговорены также ограничения для законодательного решения этого вопроса. Формальность проступает особенно ярко при понимании того, что Президент Российской Федерации назначает и освобождает от должности руководителей этих органов.

Проблема в другом: прямое подчинение федеральных органов исполнительной власти Президенту Российской Федерации ограничивает полномочия Правительства Российской Федерации по руководству соответствующими органами, ослабляет его влияние на них и контроль их деятельности.

Руководители федеральных органов (министерств и др.) обладают рядом однородных полномочий в решении определённых вопросов. Они утверждают структуру и штатное расписание центрального аппарата данного органа; в пределах предоставленной компетенции назначают и освобождают работников; утверждают положения о структурных подразделениях органа и решают другие вопросы. )