Вместе с тем Троцкий настаивал на том, что все репрессии должны проводиться в судебном порядке, напоминая о недопустимости самосудов в отношении пленных. В приказе от 10 декабря 1918 г. указывалось: «Строжайше запрещаю расстреливать пленных рядовых казаков». Это не было лишь фразой для внешнего пользования. В мае 1919 г. Троцкий писал Реввоенсовету 2‑й армии: «Разумеется, в боевой обстановке, под огнем, командиры, комиссары . могут оказаться вынужденными убить на месте изменника, предателя, провокатора . Но за вычетом этого исключительного положения . расстрелы без суда . никоим образом не могут быть допущены». Однако мерой борьбы с этим в обстановке войны были те же расстрелы. В приказе № 92 по войскам Восточного фронта от 1 мая 1919 г. подчеркивалось: «Сдавшихся или захваченных в плен противников ни в коем случае не расстреливать . Самовольные расстрелы . будут беспощадно караться по законам военного времени». Стоит напомнить о приказе А.В. Колчака от 27 марта 1919 г. за № 273, по которому военнопленных красноармейцев двух категорий — «добровольцев из рабочих и бывших моряков и добровольцев из крестьян-хлебопашцев» — требовалось «препроводить . в тюрьмы и лагеря . для последующего предания их . военно-полевому суду за государственную измену».
Большое внимание Троцкий уделял моральным стимулам. На многочисленных митингах отличившимся бойцам Троцкий раздавал серебряные портсигары. Был случай, когда подарков не хватило, нарком одному из красноармейцев вручил свои часы, а другому — свой браунинг. В конце августа 1918 г. он предложил учредить индивидуальный знак отличия. Это стало толчком к созданию первого советского ордена — ордена Красного Знамени. Кстати, моральные меры широко применялись и в борьбе с дезертирством; в результате почти половина сбежавших добровольно вернулись в Красную Армию.
Крупнейшей заслугой Троцкого стало привлечение военных специалистов. В годы гражданской войны в Красной Армии служила почти треть офицерского корпуса, 82 процента командующих армиями и фронтами имели военное образование. Он подчеркивал, что «на одного изменника приходится сотня надежных, на одного перебежчика — два-три убитых». Эти годы были временем наиболее дружной работы Ленина и Троцкого. На VIII съезде партии, в отсутствие Троцкого, который срочно выехал на Восточный фронт, Ленин, отвечая ораторам из «Военной оппозиции», говорил: «Если вы . можете Троцкому ставить обвинения в том, что он не проводит политику ЦК, — это сумасшедшее обвинение. Вы ни тени доводов не приведете». В июле 1919 г., желая поддержать Троцкого в условиях споров в партийном руководстве и даже попытки Троцкого подать в отставку, Ленин на чистом бланке написал следующий текст: «Товарищи! Зная строгий характер распоряжений Троцкого, я настолько убежден, в абсолютной степени убежден в правильности, целесообразности и необходимости для пользы дела даваемого тов. Троцким распоряжения, что поддерживаю это распоряжение всецело». Наконец, 17 октября 1919 г., когда Троцкий находился в Петрограде, отбивавшем атаки Юденича, Ленин в письме к нему, прилагая воззвание, заметил: «Спешил — вышло плохо. Лучше поставьте мою подпись под Вашим». Однажды Ленин сказал: «А вот указали бы другого человека, который способен почти в год организовать почти образцовую армию, да еще завоевать уважение военных специалистов».
Это впоследствии признавали и противники. Лидер эсеров В.М. Чернов писал: «Большевики доказали, что самая суровая, даже самая беспощадная дисциплина в революционной армии возможна, что возможно в ней и безусловное единоначалие . В . армии большевиков было преодолено то, с чем существование армии совершенно несовместимо: разъедающий ее дуализм и стихийная реакция на него в виде революционного самоуправства».
Но в эти же годы обостряются отношения Троцкого и Сталина. Вынужденный в военном отношении подчиняться Троцкому как член Реввоенсовета ряда фронтов, но равный ему в партийных и государственных должностях (оба с марта 1919 г. были членами Политбюро ЦК, с 26 октября 1917 г. — наркомами) Сталин с его самолюбием пытался вмешиваться в военные решения. Не менее самолюбивый и стремившийся приучить подчиненных к беспрекословному исполнению приказов, Лев Давидович не склонен был терпеть подобные вещи. В роли арбитра уже в 1918 г. приходилось выступать Ленину. Он стремился наладить их нормальную совместную работу.
Троцкий одобрял расстрел царской семьи, видя его смысл прежде всего в том, чтобы в условиях марта 1918 г. показать, что пути назад нет. Отношение к казачеству он выразил в тезисах «Руководящие начала ближайшей политики на Дону». Здесь, в частности, говорилось: «Наша политика не есть политика мести за прошлое . Мы строжайше следим за тем, чтобы продвигающаяся вперед Красная Армия не производила грабежей, насилий и проч . В то же время мы требуем от населения всего, что необходимо Красной Армии .»
27 ноября 1919 г. Троцкий и Сталин были награждены орденом Красного Знамени. Весной 1920 г. Троцкий был назначен наркомом железнодорожного транспорта. Он пытался приказом № 1042 ввести жесткий график ремонта паровозов. Жесткие административные меры первоначально дали определенный эффект. Но вскоре Троцкого освободили от этих обязанностей в связи с советско-польской войной. В 1920 г. он делает все, что было в его силах, для укрепления сложившейся военно-бюрократической системы, хотя и испытывает некоторые сомнения. Между тем «военный коммунизм» шел к своему закату.
В конце 1920-начале 1921 г. в партии вспыхнула так называемая дискуссия о профсоюзах. В ходе ее образовалось несколько платформ. При этом Троцкий и Ленин заняли различные позиции. Споры между ними были довольно шумными. Ленин говорил о «гигантских ошибках» и «вопиющих неправильностях» Троцкого, а тот упрекал Ленина в путанице, но оба подчеркивали свое уважение друг к другу. Все эти разногласия были сняты Кронштадтским мятежом и переходом к новой экономической политике. За подавление выступления кронштадтцев Троцкий был награжден вторым орденом Красного Знамени. Он поддержал и идеи НЭПа. Это было для него тем легче, что в феврале 1920 г. он внес в Политбюро предложения в связи с неэффективностью «продовольственной политики, построенной на извлечении излишков». Троцкий предлагал, в частности, заменить «изъятие излишков известным процентным отчислением . с таким расчетом, чтобы более крупная запашка или лучшая обработка представляли выгоду». Тогда против этого возражало большинство во главе с Лениным.
В 1921-1922 гг. Троцкий и Ленин работают в тесном единстве. Идет резкое сокращение армии (к 1924 г. почти в 10 раз), флота. На первое место выдвигается учеба, освоение накопленного опыта. Центральное место в жизни страны занимают экономические проблемы. Шел процесс постепенной нормализации внутреннего и международного положения. Троцкий участвовал в теоретической разработке встающих перед страной вопросов. По его воспоминаниям, они с Лениным внимательно обсудили тезисы доклада о НЭПе на IV конгрессе Коминтерна. Речь шла прежде всего об использовании капиталистических методов и форм для социалистического строительства. Осенью 1922 г. в беседе наедине последовало предложение Ленина Троцкому стать его заместителем по Совнаркому.
Идя на уступки в экономике, советское руководство не собиралось отказываться от монополии коммунистической партии на власть. Для этого началось привлечение интеллигенции, необходимой для развития экономики. Одновременно решительно преследовались те, кто мог представлять потенциальную политическую опасность. Во всех этих случаях Троцкий и Ленин занимали общую позицию.
В это время Троцкий, безусловно, оценивался как «второй человек» в руководстве после Ленина. Сам он достаточно благосклонно воспринимал стремление части печати и окружающих сформировать культ его личности. В 1922 г. в параграфе 41 Политического устава Красной Армии была помещена его биография. Параграф заканчивался словами: «Тов. Троцкий — вождь и организатор Красной Армии. Стоя во главе Красной Армии, тов. Троцкий ведет ее к победе над всеми врагами Советской республики». Одним из первых переименованных населенных пунктов стала Гатчина, получившая название «Троцк».