Несмотря на свою одаренность, Алик не был из числа отличников, замкнутых и неспособных к общению. Он участвовал в жизни класса и так же как книгами, был окружен друзьями. Интересы у него были самые широкие, он любил литературу, поэзию, музыку, живопись. Позже, сам стал заниматься живописью и рисунком. Писал он и иконы. Ходил в зоопарк рисовать животных.
"В лес или в палеонтологический музей я ходил, словно в храм" - писал он.
Сначала Алик думал, что выполнит свою миссию христианина, занимаясь наукой или искусством. А тем временем мало-помалу иное призвание зрело в нем. Чтобы оно стало явным, нужна была личная встреча с Христом. Этот личный зов он услышал в возрасте двенадцати лет и решил, что должен служить Богу как священник. Матушка Мария благословила его на это.
Он отправился в семинарию, инспектор которой сказал, что охотно внесет его в списки, как только Алик достигнет совершеннолетия.
Александр, насколько это было возможно, продолжал самообразование. Читал великих философов. Случайно открыл для себя сочинения русских религиозных мыслителей первой половины века, изгнанных из страны по приказу Ленина, и о которых тогда забыли, таких как Н.А.Бердяев, С.Н.Булгаков, Н.О.Лосский, С.Л.Франк. Был у него период увлечения Хомяковым.
В возрасте примерно пятнадцати лет, однажды на барахолке, среди гвоздей, старой обуви и замков, он обнаружил том Владимира Соловьева, мыслителя, который поистине был первопроходцем русской религиозной мысли ХХ века. Жадно проглотил он этот том, а позже раздобыл и другие. Это было для него открытием. Александра привлекла главная идея, что в центре реальности действует динамизм, соединяющий в единый процесс природу, человека и самого Бога.
Раз в неделю Александр пополнял свой запас книг у профессора-химика Николая Пестова. Однажды у него на письменном столе Александр увидел фотографию Терезы из Лизье. На стенах висели образы католических святых. Кажется, Пестов пришел к встрече с католичеством от контактов с баптистами. Именно он помог Александру узнать западное христианство. Чтобы лучше понять Библию, Александр также изучал римскую античность но, главным образом, Древний Восток. В этом же возрасте он уже начал прислуживать в алтаре в Церкви Рождества Иоанна Предтечи на Пресне. Там он читал и пел в хоре.
Писать Александр начал очень рано. К двенадцати годам он написал статью о природе и пьесу о святом Франциске Ассизском. И только в пятнадцать лет свое первое богословское эссе. Это был еще труд чисто ученический, но при этом он содержал в себе как бы каркас его позднейших работ.
В 1953 году, по окончании школы, самостоятельно освоив программу семинарии, Александр решил поступать в Московский пушно-меховой институт, так как его происхождение стало препятствием для поступления в Университет.
Будучи студентом, он продолжал изучать богословие, но теперь уже на уровне программы духовной академии. Начал писать краткую историю Церкви, но затем переключился на свою первую книгу и довел ее до конца: "О чем говорит Библия и чему она учит". В первый год обучения в институте во время скучных лекций Александр читал огромный труд отца П.Флоренского о Церкви, а чтобы это не было заметно, он разрезал ее на листочки. Александр всегда был хорошим товарищем и всегда принимал участие в деятельности группы, поэтому его соученики не видели ничего дурного в том, что он интересуется "высокими материями". На втором курсе он начал делиться своими мыслями с некоторыми студентами. На третьем курсе, что он православный, знали уже все.
В эту пору он сблизился с отцом Николаем Голубцовым, человеком общительным и демократическим, способным вести диалог с неверующими. Для Александра он являл собой тот же идеал священника, что и отец Серафим, каким он виделся ему по рассказам матери и тети. Александр выбрал о. Николая себе в духовные отцы.
В 1955 году институт закрыли и студентов перевели в соответствующий институт в Иркутск. Там Александр прожил три года. Он познакомился с епископом и стал выполнять для него разные поручения. Ему постоянно приходилось бегать из института в церковь, которая находилась как раз напротив. К этому его товарищи относились спокойно. Вспоминая об этом, отец Александр скажет позже: "Вообразите себе, что бы произошло, если бы я в первый день после поступления в институт стал бы демонстративно креститься! Надо было их подвести к пониманию того, что один из них может быть верующим".
В первый год своей жизни в Иркутске Александр делил маленькую квартиру с Глебом Якуниным, который позже станет одной из крупных фигур в борьбе за религиозную свободу.
В 1956 году Александр женился на студентке Наталии Григоренко.
Это было время, когда открывалась новая страница в истории страны.
Начало служения
В феврале 1956 года состоялся ХХ Съезд Коммунистической Партии, во время которого Хрущев, при закрытых дверях, прочитал свой знаменитый доклад о преступлениях Сталина. Результат всколыхнул страну. Тот, кого народ три года назад оплакивал как самого великого гения всех времен и народов, был, как оказалось, просто негодяем. Миллионы мужчин и женщин были освобождены из ГУЛАГа. Цензура разжала свои объятия. Были восстановлены контакты с внешним миром . Этот период вошел в историю под названием оттепели.
Верующие тоже почувствовали результаты десталинизации, - начали возвращаться многие священнослужители. Однако, в отличие от остального общества, Церковь оттепелью пользовалась недолго. В 1958 году коммунистическая партия решила начать большую антирелигиозную компанию. Хрущев заявил, что ко времени построения коммунистического общества, - лет через двадцать, - религия должна исчезнуть. Лавина антирелигиозной пропаганды обрушилась на страну. Совет по делам Русской Православной Церкви потребовал, чтобы Церковь согласовала свой Устав с гражданским законодательством. В результате, в 1961 году было принято постановление Архиерейского Собора, который был проведен с нарушением всех правил Церкви, о передаче руководства приходами под начало органа, состоящего из трех светских лиц, а священникам прелагалось заниматься исключительно богослужением. Таким образом, они были низведены до положения наемных работников для совершения служб в храме.
Когда началось наступление на религию, Александр Мень заканчивал свою учебу в Иркутске. Он знал, что в течение трех лет после института будет должен работать по специальности, а затем поступит в Загорскую семинарию. Между тем, в момент, когда начиналась последняя экзаменационная сессия, его неожиданно исключили из института. В ректорате стало известно о его связях с епархией. Пришлось уехать, не получив диплома.
В этом он увидел знак провидения и понял, что на этот раз настал час осуществить свое призвание. Возвратившись в Москву, он получил благословение о. Николая Голубцова и 1 июля 1958 года, на Троицу в церкви, где служил отец Николай, Александра посвятили в сан диакона, невзирая на то, что он не закончил семинарии. В приходе возле станции Одинцово под Москвой, куда его направили, о.Александр прослужил два года. Материальные условия были трудными, а зарплата нищенской. С женой и годовалой дочкой его поселили в обветшалый дом. Верующих обычно было мало. Для настоятеля, бывшего бухгалтера, литургия заключалась прежде всего в самом скрупулезном исполнении Устава. Однако именно в этой церкви молодой отец Александр начал серию бесед о жизни Христа.
В эти годы он заочно учился в Ленинградской семинарии. 1 сентября 1960 года он был рукоположен в священники. Хиротония состоялась в Донском монастыре. Александр был назначен вторым священником в Алабино, в 50-ти километрах от Москвы; год спустя он заменил настоятеля храма.
С его умением налаживать отношения с людьми, Александру удалось найти общий язык с городскими властями, приход и поссовет жили в мире. Храм был в весьма скверном состоянии, иконостас и настенная живопись очень плохи. Отец Александр разработал целую программу по реставрации и ремонту. Из храма в притвор был перемещен свечной ящик, чтобы во время служба прихожанам не мешал звон монет. Вокруг церкви был участок земли с домиком, где оборудовали комнату для посетителей и жилище священнику, оно и приютило семью отца Александра, у которого недавно родился сын. В свободное время отец устраивался в саду, где писал свои книги. Благодаря Анатолию Ведерникову, он опубликовал около 20 статей в "Журнале Московской Патриархии". Поэтому в журнале "Наука и религия" появилась разгромная статья.