У электронных документов, как и у любой технологии, есть свои недостатки, которые приходится принимать во внимание:

• быстрое моральное устаревание технологий, что заставляет организации постоянно совершенствовать используемые методы работы, регулярно перемещать документы и информацию из одних систем в другие, проводить их миграцию с устаревших носителей и форматов на новые;
• короткий срок службы носителей информации и их многообразие, что приводит к достаточно частому их обновлению, что требует от организации постоянного контроля за сохранностью информации;
• нерешенные юридические проблемы и прежде всего вопрос о законодательном признании юридической силы реально используемых электронных документов;
• сложность не только обеспечения сохранности, но и уничтожения электронных документов по сравнению с бумажными документами;
• необходимость использования высококвалифицированного персонала, чья зарплата автоматически увеличивает затраты на управление документами и информацией.

Кроме того, совершенно отказаться от бумаги и других аналоговых носителей информации сейчас невозможно по целому ряду причин:

• прежде всего это существующие требования законодательства и нормативных актов к оформлению ряда документов на бумаге. Это в первую очередь относится к наиболее значимым в деловой деятельности документам, таким как уставные документы, документы на собственность, лицензии и т.п., правила оформления которых весьма строги;
• сколько бы мы ни говорили о преимуществах электронных документов, следует учитывать и то, что многим руководителям и специалистам при принятии ответственных решений удобнее работать с бумагой;
• не менее важно то, что за несколько столетий сложилась отлаженная технология создания, обработки, долговременного хранения и уничтожения документов на бумажных носителях, существует как полноценная законодательно-нормативная база, так и методические разработки и рекомендации, которые можно использовать в практической работе;
• для работы с бумагой и микропленкой не требуется никаких специальных технических средств, что делает эти виды носителей предпочтительными для хранения дубликатов или копий тех документов, которые могут срочно понадобиться в случае разного рода чрезвычайных происшествий и катастроф, когда электронные документы могут оказаться недоступными.

Несмотря на то что полностью отказываться от бумажных документов мировое сообщество пока не готово, все чаще дают о себе знать их недостатки, которые усугубляются вследствие постоянно растущих требований к скорости обработки информации и принятия решений:

• низкая скорость создания, обработки и передачи документов и информации на бумажных носителя хуже несовместима с потребностями деловой деятельности и государственного управления, в которых все активнее используются информационные технологии. Документировать «электронную» деятельность только на бумаге практически невозможно;
• гораздо сложнее и медленнее идет поиск информации в бумажных документах, что крайне неудобно при оперативной работе;
• для хранения бумажных документов требуются значительные площади, что требует постоянно увеличивающихся затрат на аренду или приобретение помещений, их оборудование и на увеличение численности персонала, обслуживающего эти хранилища;
• управление бумажными документами (включая управление доступом к ним) обычно идет на уровне дел, что все чаще оказывается недостаточным как при решении задач основной деловой деятельности, так и при обеспечении информационной безопасности.